New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5811876 | 35 (0.710) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 7.5% | coding (1204/2220 nt) | priA | primosome assembly protein |
? | NC_002947 | = 5811907 | 41 (0.880) | coding (1235/2220 nt) | priA | primosome assembly protein |
AACATCCCGATCCTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCC > NC_002947/5811729‑5812020 | aaCATCCCGATCCTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGC > 6:209365‑M1/1‑148 (MQ=255) cATCCCGATCCTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCAc > 1:44162/1‑149 (MQ=255) tCCCGATCCTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTg < 4:232475/149‑1 (MQ=255) cccGATCCTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTg > 5:40536/1‑148 (MQ=255) cTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCgg > 1:156024/1‑149 (MQ=255) ggTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATc < 6:310693/147‑1 (MQ=255) gCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcagg > 6:50427‑M2/1‑144 (MQ=255) gCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcagg > 6:232523‑M2/1‑144 (MQ=255) gCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcagg > 2:281836‑M2/1‑144 (MQ=255) cTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcaggc > 5:209365‑M2/1‑143 (MQ=255) aaaCCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCCCTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATc > 6:207062/1‑149 (MQ=255) aaCCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcaggctcttc < 5:135518‑M1/149‑43 (MQ=255) aTAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCACGCTGCAGCAGGCTATCCCACAGAcc > 3:70925/1‑149 (MQ=255) aCGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTg > 6:255467/1‑149 (MQ=255) gCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTg > 7:299685/1‑147 (MQ=255) gCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGa < 5:207062/149‑1 (MQ=255) ccTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAgg < 8:299685/149‑1 (MQ=255) cTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGc < 6:40536/149‑1 (MQ=255) cTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGc > 4:215050/1‑149 (MQ=255) ccGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGc < 3:215050/149‑1 (MQ=255) cGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGcc < 5:255467/149‑1 (MQ=255) cGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGc > 6:64932/1‑148 (MQ=255) cGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGc > 2:199355/1‑148 (MQ=255) gCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTg < 2:44162/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTg < 2:156024/149‑1 (MQ=255) tATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGc > 1:247546/1‑127 (MQ=255) tATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGc < 2:247546/127‑1 (MQ=255) aacggtccGGAGGGGCACGCCCGCCGCGTATGCTGCTCCTTGATGTGAAGTGCCTGCCAGTGTACAGCGGGATCTGTGGCGCGCTGCATCAGGCTATCCGAGAGACCCTGGAGGCTGTCCAACATGTGCTGGTGTTCCTCAACcgccgc < 4:70925/143‑1 (MQ=255) aaCGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCTTCAACcgccgc > 3:135034/1‑149 (MQ=255) ggAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTAGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGc > 1:33396/1‑149 (MQ=255) gAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGcc < 1:199355/149‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCACCCGACGCGGCTTTGcccc > 8:72987/1‑148 (MQ=255) ggCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCaa < 5:64932/149‑1 (MQ=255) gCACGCCCGCCGCGCAGGCTGCGCCTTGCTGGGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTACCCGACAGACCCTGGAGGCTg < 7:296819/103‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcagg < 2:14890‑M1/77‑37 (MQ=255) aCGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGAAGTGAAGAGCCTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcagg > 1:14890‑M1/1‑41 (MQ=255) cccgccGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGc < 2:33396/149‑1 (MQ=255) cgcATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCa > 6:150738/1‑149 (MQ=255) aTGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATACGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACAGCCGCGGCGTTGCCCCAGCCTTGCTGTGCCACGa > 7:232652/1‑149 (MQ=255) ctgcGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTg > 2:245156/1‑149 (MQ=255) cgcCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCgg > 1:57279/1‑149 (MQ=255) cTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCggctg > 6:171019/1‑149 (MQ=255) cTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCggc < 1:70425/147‑1 (MQ=255) cTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCggc > 2:70425/1‑147 (MQ=255) cTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTCCTGTGCCACGATTGCggctg > 3:9362/1‑149 (MQ=255) gAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcaggctcttcacatcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgtgcccctccggcgcgttggttcatacgcagcaggcggtagcggccggtcagggcgttatgcagggtt < 5:135518‑M2/149‑108 (MQ=255) ctgatGCCGCTGTCCAGTGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATg > 4:288601/5‑149 (MQ=255) gCCTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcaggctcttcacatcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgtgcccctccggcgcgttggttcatacgcagcaggcggtagcggccggtcagggcgttatgcagggtttccag > 5:209365‑M1/1‑6 (MQ=255) gCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGc < 3:130575/149‑1 (MQ=255) ccTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcaggctcttcacatcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgtgcccctccggcgcgttggttcatacgcagcaggcggtagcggccggtcagggcgttatgcagggtttccagc > 6:50427‑M1/1‑5 (MQ=255) ccTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcaggctcttcacatcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgtgcccctccggcgcgttggttcatacgcagcaggcggtagcggccggtcagggcgttatgcagggtttccagc > 6:232523‑M1/1‑5 (MQ=255) ccTGCtgcagcgggccactgatgccgctgtccagtggcaggctcttcacatcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgtgcccctccggcgcgttggttcatacgcagcaggcggtagcggccggtcagggcgttatgcagggtttccagc > 2:281836‑M1/1‑5 (MQ=255) ccTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcaggctcttcacttcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgt > 1:14890‑M2/1‑36 (MQ=255) ccTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAgcaggctcttcacatcaaggcgcagcatgcgcggcgggcgt < 2:14890‑M2/77‑42 (MQ=255) | AACATCCCGATCCTGCTCGGTTCCGCCACACCGTCGCTGGAAACCCTGCATAACGCCCTGACCGGCCGCTACCGCCTGCTGCGTATGAACCAACGCGCCGGAGGGGCACGCCCGCCGCGCATGCTGCGCCTTGATGTGAAGAGCCTGCCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCC > NC_002947/5811729‑5812020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |