New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 60129 | 54 (1.090) | 4 (0.090) | 4/240 | NT | 7.5% | coding (480/1293 nt) | PP_0051 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 60157 | 48 (1.040) | coding (452/1293 nt) | PP_0051 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
ACAACGACTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCTTGCCCTGCTCATCCAGGATCGGCC > NC_002947/60011‑60298 | acaacGACTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACgc < 2:268620‑M2/149‑3 (MQ=255) aacGACTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACgctg < 1:251167‑M2/149‑5 (MQ=255) aacGACTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACAAACACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGAACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCACCGACTCCACCTGCAGCAACACCGGGATCTTCGCCGGTGCCGCACgctg < 4:58707‑M2/149‑5 (MQ=255) cGACTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACgctg < 6:323738‑M2/147‑5 (MQ=255) aCTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTCCGCCGGTGCCGCACgctgcagg < 8:21040‑M2/149‑9 (MQ=255) tCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCt > 4:147012/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGcc > 5:223898/1‑149 (MQ=255) tGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGcc < 2:13100/149‑1 (MQ=255) cAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCt < 2:245973/148‑1 (MQ=255) attCGACCACCACCATTGGGCCGTTGTCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTTCCGTTCCCCGACTCCCACTGCAGCAACACCTGTATCTGCGCAGTTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCtt < 3:58707/146‑1 (MQ=255) gTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGa < 8:125688/149‑1 (MQ=255) tCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGaa < 2:55245/149‑1 (MQ=255) gcGACCACCCCCAGTGGGCCGTTGGGCCCGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGaa < 6:231350/148‑1 (MQ=255) cGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAg < 6:223898/149‑1 (MQ=255) cGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAg > 5:172739/1‑149 (MQ=255) ccaccaccaGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGtt > 2:88316/1‑149 (MQ=255) accaccaGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAAGTTgg > 2:82771/1‑149 (MQ=255) ccaccaGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGgc > 5:307304/1‑149 (MQ=255) ccaccaGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGgc > 2:18060/1‑149 (MQ=255) 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cccATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAg > 4:55075/1‑148 (MQ=255) ccATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGc > 6:217092/1‑149 (MQ=255) tgcactgcacGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTgcg < 1:88316/148‑1 (MQ=255) actgcacGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCcga < 2:251167/149‑1 (MQ=255) tgcacGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCcgagg > 2:27567/1‑149 (MQ=255) acGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCcgaggcga < 5:323738/149‑1 (MQ=255) acGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCcgaggcga < 5:217092/149‑1 (MQ=255) gAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGa < 1:27567/149‑1 (MQ=255) cAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGAtgg > 7:27160/1‑149 (MQ=255) gCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGAtgg‑tg < 5:157507/149‑1 (MQ=255) 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3:262452‑M2/122‑86 (MQ=255) cccTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCAc < 6:212261/149‑1 (MQ=255) ccTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCAc > 7:280866/1‑148 (MQ=255) cTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACgctgcagggggagtcggggaccggcaaggagctgttcgcccgtgcagtgcacatgggcagccccagggccaacggcccactggtggtggtcgactgcaccggcct < 7:103766‑M2/140‑106 (MQ=255) cTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACgctgcagggggagtcggggaccggcaaggagctgttcgcccgtgcagtgcacatgggcagccccagggccaacggcccactggtggtggtcgactgcaccggcct > 8:103766‑M2/1‑35 (MQ=255) agcaACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCtt > 3:294003/1‑149 (MQ=255) cGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTc > 6:1817/1‑81 (MQ=255) cGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTc < 5:1817/81‑1 (MQ=255) gATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCTTGCCCTGCTCAt < 6:266454/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCcgagg < 7:355/90‑1 (MQ=255) gcgcCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCcgagg > 8:355/1‑90 (MQ=255) cgcCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCTTGCCCTGCTCATc < 3:142534/144‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCTTGCCCTGCTCATCCAGGATc < 8:27160/149‑1 (MQ=255) ccGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAAGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGGTTGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCTTGCCCTGCTCATCCAGGATCGGcc < 1:82771/148‑1 (MQ=255) | ACAACGACTCGGTCAGGCCGGTGCAGTCGACCACCACCAGTGGGCCGTTGGCCCTGGGGCTGCCCATGTGCACTGCACGGGCGAACAGCTCCTTGCCGGTCCCCGACTCCCCCTGCAGCAACACCGGGATCTGCGCCGGTGCCGCACGCTGCAGGCTGGCCAGCGCGGCCTTGAAGGTTGGCGCGCGGCCGACCAACCCTTGCTCCTGAGGCTGCGCCGAGGCGAGGGTGATGG‑TGGTGAGGCGTTCGACAAAGGCCACTACCTTGCCCTGCTCATCCAGGATCGGCC > NC_002947/60011‑60298 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |