New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 693275 | 39 (0.770) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 7.5% | coding (767/918 nt) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 693320 | 37 (0.780) | coding (722/918 nt) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
CGTGTCGCAGCCAGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGG > NC_002947/693128‑693416 | cGTGTCGCAGCCAGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTa < 7:107186/149‑1 (MQ=255) tCGCAGCCAGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTg < 1:1329/148‑1 (MQ=255) tCGCAGCCAGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTg < 6:249662/148‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGc < 4:65689/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAg > 5:55294/1‑149 (MQ=255) tttCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGc > 5:258589/1‑143 (MQ=255) tttCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGc < 6:258589/143‑1 (MQ=255) gAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGc < 7:240756/146‑1 (MQ=255) gAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGc > 8:240756/1‑146 (MQ=255) gAGGAAGCTTTCCAACACCAGGGTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGt < 8:121574/131‑1 (MQ=255) gCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAgc < 2:41379/149‑1 (MQ=255) tttCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAgcgc > 7:92570/1‑149 (MQ=255) aaCACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTttctcatccttaccgggcgctatatcggctacct > 1:222054‑M1/1‑115 (MQ=255) aaCACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCgg > 2:113917/1‑148 (MQ=255) cacCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAg < 2:113183/115‑1 (MQ=255) cacCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAg > 1:113183/1‑115 (MQ=255) cAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGt > 7:299875/1‑125 (MQ=255) cAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGt < 8:299875/125‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGa < 6:55294/149‑1 (MQ=255) aGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGAt < 2:297860/149‑1 (MQ=255) ggggCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATga < 2:42868/146‑1 (MQ=255) ggggCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATga > 1:42868/1‑146 (MQ=255) gCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTttctcatccttaccgggcgctatatcggctacctgcccgaccactacgccatgt < 2:222054‑M1/149‑55 (MQ=255) ccTTTGCGGGTAATCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTttctcatccttaccgggcgctatatcggctacctgcccgaccactacgccatgtt < 7:278777‑M1/149‑56 (MQ=255) tttGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCt > 7:302313/1‑149 (MQ=255) cGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTcgcg < 4:267285/149‑1 (MQ=255) gTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGTTGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTc < 3:1025/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAg < 1:164517/148‑1 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAg < 8:92570/149‑1 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGACTTGCTGCACACAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGAGGTCAGAAg > 2:45554/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGACATGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGAGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGTTCAGAAg > 1:228281/1‑149 (MQ=255) caggctcaggTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAg > 1:144568/1‑111 (MQ=255) caggctcaggTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAg < 2:144568/111‑1 (MQ=255) aggctcaggTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGc > 5:81600/1‑149 (MQ=255) aggTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGc < 6:145366/148‑1 (MQ=255) cATAAAAACGCTCCTTGGGTTTTAGCGCACGCAAACGGGCTTGCTGCACCCAGAAGATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCtgt < 4:30091/142‑1 (MQ=255) cATAAAAACGATCCTTGGGTTTGAGCGCACGAAAACGGCCTTGCTGCACCAAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCtgtgagatcg > 3:30091/1‑143 (MQ=255) tCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTgg > 4:252333/1‑147 (MQ=255) ttGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTg > 5:228009/1‑149 (MQ=255) gggTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTgc < 1:113917/148‑1 (MQ=255) aGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGAt < 3:252333/149‑1 (MQ=255) aaaCGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAg < 3:245079/68‑1 (MQ=255) aaaCGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAg > 4:245079/1‑68 (MQ=255) aaCGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTcggccgg > 5:6256/1‑148 (MQ=255) gcACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg > 3:98343/1‑125 (MQ=255) gcACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg < 4:98343/125‑1 (MQ=255) ccAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTggggg > 3:202060/1‑149 (MQ=255) aaCATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAacgccatgttctgggtgcagcaaggccgtttgcgtgcgctcaaacccaaggagcgtttttatgacctgagcctgagctggattacccgcaaagg < 7:278777‑M2/149‑95 (MQ=255) aCATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAacgccatgttctgggtgcagcaaggccgtttgcgtgcgctcaaacccaaggagcgtttttatgacctgagcctgagctgggttacccgcaaaggc < 2:222054‑M2/149‑96 (MQ=255) cttGGCGTTGTGGTCGGGCAGGTTGCCGATATAGGGCCCGGTAATGATGAGATACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGGACTGTCTGTGAAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGTGGGTGATgg < 2:228281/147‑1 (MQ=255) cGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg < 2:103390/110‑1 (MQ=255) cGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGCCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg > 1:103390/1‑110 (MQ=255) | CGTGTCGCAGCCAGGCTTTCGAGGAAGCTTTCCAACACCAGGTTGGGGCGCCGGCCTTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGG > NC_002947/693128‑693416 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |