New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 693275 | 39 (0.770) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 7.5% | coding (767/918 nt) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 693320 | 37 (0.780) | coding (722/918 nt) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
TTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAG > NC_002947/693184‑693466 | tttGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCt > 7:302313/1‑149 (MQ=255) cGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTcgcg < 4:267285/149‑1 (MQ=255) gTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGTTGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTc < 3:1025/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAg < 1:164517/148‑1 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAg < 8:92570/149‑1 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGACTTGCTGCACACAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGAGGTCAGAAg > 2:45554/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGACATGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGAGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGTTCAGAAg > 1:228281/1‑149 (MQ=255) aggctcaggTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGc > 5:81600/1‑149 (MQ=255) aggTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGc < 6:145366/148‑1 (MQ=255) cATAAAAACGCTCCTTGGGTTTTAGCGCACGCAAACGGGCTTGCTGCACCCAGAAGATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCtgt < 4:30091/142‑1 (MQ=255) cATAAAAACGATCCTTGGGTTTGAGCGCACGAAAACGGCCTTGCTGCACCAAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCtgtgagatcg > 3:30091/1‑143 (MQ=255) tCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTgg > 4:252333/1‑147 (MQ=255) ttGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTg > 5:228009/1‑149 (MQ=255) gggTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTgc < 1:113917/148‑1 (MQ=255) aGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGAt < 3:252333/149‑1 (MQ=255) aaCGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTcggccgg > 5:6256/1‑148 (MQ=255) gcACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg > 3:98343/1‑125 (MQ=255) gcACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg < 4:98343/125‑1 (MQ=255) ccAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTggggg > 3:202060/1‑149 (MQ=255) aaCATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAacgccatgttctgggtgcagcaaggccgtttgcgtgcgctcaaacccaaggagcgtttttatgacctgagcctgagctggattacccgcaaagg < 7:278777‑M2/149‑95 (MQ=255) aCATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAacgccatgttctgggtgcagcaaggccgtttgcgtgcgctcaaacccaaggagcgtttttatgacctgagcctgagctgggttacccgcaaaggc < 2:222054‑M2/149‑96 (MQ=255) cttGGCGTTGTGGTCGGGCAGGTTGCCGATATAGGGCCCGGTAATGATGAGATACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGGACTGTCTGTGAAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGTGGGTGATgg < 2:228281/147‑1 (MQ=255) cGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg < 2:103390/110‑1 (MQ=255) cGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGCCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTgg > 1:103390/1‑110 (MQ=255) gTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGc > 4:191223/1‑149 (MQ=255) tGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCt < 4:202060/149‑1 (MQ=255) gTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGaa < 1:133398/123‑1 (MQ=255) gTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCAGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGaa > 2:133398/1‑123 (MQ=255) tCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGtt < 8:302313/149‑1 (MQ=255) tCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGtt < 6:81600/149‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAg < 3:191223/149‑1 (MQ=255) aGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAacgccatgttctgggtgcagcaaggccgtttgcgtgcgctcaaacccaaggagcgtttttatgacctgagcctgagctgggttacccgcaaaggccggcgccccaacctggtgtt > 1:222054‑M2/1‑34 (MQ=255) ccGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCTGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCtcgtc < 1:45554/149‑1 (MQ=255) cGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCtcgtcg > 8:107416/1‑149 (MQ=255) aGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATc > 7:4673/1‑149 (MQ=255) gcCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATctgc < 6:228009/149‑1 (MQ=255) gcCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATctgc > 2:235080/1‑149 (MQ=255) cccGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATctgct < 6:6256/149‑1 (MQ=255) ggATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGtcgtcg < 7:107416/149‑1 (MQ=255) ggATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGtcgtcg > 7:35961/1‑149 (MQ=255) ggATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGNCTATCTGCTGGtcgtcg > 7:41002/1‑149 (MQ=255) gagaANCGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGTCGTCGGCg > 7:177561/1‑148 (MQ=255) gaAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGa < 4:153532/96‑1 (MQ=255) gaAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGTCGTCGGCg > 6:119991/1‑146 (MQ=255) gaAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGAGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGa > 3:153532/1‑96 (MQ=255) aaaCGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAg > 1:323728/1‑148 (MQ=255) | TTTGCGGGTAACCCAGCTCAGGCTCAGGTCATAAAAACGCTCCTTGGGTTTGAGCGCACGCAAACGGCCTTGCTGCACCCAGAACATGGCGTAGTGGTCGGGCAGGTAGCCGATATAGCGCCCGGTAAGGATGAGAAACGCCATGCCCTCGCGGTCAGAAGCACTGGCTGTGCAATTCAGCGCCTGGTAGTGCGCCTGGATGTCGGCCGGCAGGCGGAAGGTGGGGGTGATGGCTTCCTGGCTGTTGAGGCGCTCGTCGTCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAG > NC_002947/693184‑693466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |