New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1724428 | 33 (0.660) | 4 (0.080) | 4/244 | NT | 9.3% | coding (3061/3066 nt) | PP_1517 | RND family transporter |
? | NC_002947 | = 1724498 | 47 (0.990) | coding (671/687 nt) | PP_1518 | hypothetical protein |
GCGGCGGTGCTGGCCATGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACA > NC_002947/1724281‑1724576 | gcggcgGTGCTGGCCATGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAggg > 6:294333/1‑149 (MQ=255) cggcggTGCTGGCCATGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGc < 3:54820/149‑1 (MQ=255) gCCATGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCg > 6:297497/1‑147 (MQ=255) cATGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAgg < 5:294333/149‑1 (MQ=255) tGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAgggg < 3:61053/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGaa > 3:242463/1‑130 (MQ=255) ttGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGaa < 4:242463/130‑1 (MQ=255) gcgTAGTGTGTTCTTCTGGCGGATGTCGGTGGCGATCATGGGCGTGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTTCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAATTGATGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGcc < 6:161763/148‑1 (MQ=255) tAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccctc > 1:108528/1‑148 (MQ=255) ttCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGtcttcggcgcgctgtaggagcgggtttacccgcgaagg > 6:96968‑M1/1‑109 (MQ=255) gCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAAcc > 1:202959/1‑149 (MQ=255) cATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGcc < 2:108528/148‑1 (MQ=255) ggcgggcTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGtcttcggcgcgctgtaggagcgggtttacccgcgaagggagggctaagccctccccctgcggccttcag < 5:96968‑M1/148‑70 (MQ=255) aTCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTg < 8:284724/148‑1 (MQ=255) tCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGc > 4:109142/1‑149 (MQ=255) tGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAg > 4:131178/1‑149 (MQ=255) gCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAgg < 5:297497/148‑1 (MQ=255) cGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGt < 2:202959/149‑1 (MQ=255) ttACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAgccgc > 5:168298/1‑149 (MQ=255) acTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGtcttcggcgcgctgtaggagcgggtttacccgcgaagggagggctaagccctccccctgcggccttcagcccttcttcac < 7:136256‑M1/130‑81 (MQ=255) acTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGtcttcggcgcgctgtaggagcgggtttacccgcgaagggagggctaagccctccccctgcggccttcagcccttcttcac > 8:136256‑M1/1‑50 (MQ=255) acTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGcc > 4:278684/1‑131 (MQ=255) acTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGcc < 3:278684/131‑1 (MQ=255) ttCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGt > 7:161238/1‑149 (MQ=255) tGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTg > 6:148350/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGc < 8:161238/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCg > 7:32725/1‑148 (MQ=255) gTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGtt > 4:217826/1‑148 (MQ=255) gTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGtt < 3:217826/148‑1 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttct < 5:108660‑M2/104‑7 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttct > 6:108660‑M2/1‑98 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCACTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGACTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCt > 5:127352/1‑149 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGttt > 1:58763/1‑148 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGttt < 2:58763/148‑1 (MQ=255) aGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGa < 3:131178/149‑1 (MQ=255) ggTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGat > 8:56526/1‑148 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttcttcaccctgaaccacgccgcatacaacgccggcaggaacagcagt < 7:136256‑M2/130‑51 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttcttcaccctgaaccacgccgcatacaacgccggcaggaacagcagt > 8:136256‑M2/1‑80 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGaa > 3:207161/1‑125 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGaa < 4:207161/125‑1 (MQ=255) gaagaaGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCAGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatcatc > 4:166799/1‑149 (MQ=255) aagaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtct < 8:32725/149‑1 (MQ=255) agaagGtcttcggcgcgctgtaggagcgggtttacccgcgaagggagggctaagccctccccctgcggccttcagcccttcttcaccctgaaccacgccgcata > 6:108660‑M1/1‑6 (MQ=255) agaagGtcttcggcgcgctgtaggagcgggtttacccgcgaagggagggctaagccctccccctgcggccttcagcccttcttcaccctgaaccacgccgcata < 5:108660‑M1/104‑99 (MQ=255) agaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGGCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc > 7:37639/1‑149 (MQ=255) ggCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGGCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACa < 8:37639/149‑1 (MQ=255) | GCGGCGGTGCTGGCCATGATCCCGTTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACA > NC_002947/1724281‑1724576 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |