New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1724428 | 33 (0.660) | 4 (0.080) | 4/244 | NT | 9.3% | coding (3061/3066 nt) | PP_1517 | RND family transporter |
? | NC_002947 | = 1724498 | 47 (0.990) | coding (671/687 nt) | PP_1518 | hypothetical protein |
ATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGACCAGCCCCAGGC > NC_002947/1724359‑1724642 | aTCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTg < 8:284724/148‑1 (MQ=255) tCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGc > 4:109142/1‑149 (MQ=255) tGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAg > 4:131178/1‑149 (MQ=255) gCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAgg < 5:297497/148‑1 (MQ=255) cGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGt < 2:202959/149‑1 (MQ=255) ttACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAgccgc > 5:168298/1‑149 (MQ=255) acTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGcc > 4:278684/1‑131 (MQ=255) acTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGcc < 3:278684/131‑1 (MQ=255) ttCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGt > 7:161238/1‑149 (MQ=255) tGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTg > 6:148350/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGc < 8:161238/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCg > 7:32725/1‑148 (MQ=255) gTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGtt > 4:217826/1‑148 (MQ=255) gTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGtt < 3:217826/148‑1 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttct < 5:108660‑M2/104‑7 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttct > 6:108660‑M2/1‑98 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCACTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGACTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCt > 5:127352/1‑149 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGttt > 1:58763/1‑148 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGttt < 2:58763/148‑1 (MQ=255) aGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGa < 3:131178/149‑1 (MQ=255) ggTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGat > 8:56526/1‑148 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttcttcaccctgaaccacgccgcatacaacgccggcaggaacagcagt < 7:136256‑M2/130‑51 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttcttcaccctgaaccacgccgcatacaacgccggcaggaacagcagt > 8:136256‑M2/1‑80 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGaa < 4:207161/125‑1 (MQ=255) gTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGaa > 3:207161/1‑125 (MQ=255) gaagaaGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCAGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatcatc > 4:166799/1‑149 (MQ=255) aagaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtct < 8:32725/149‑1 (MQ=255) agaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGGCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc > 7:37639/1‑149 (MQ=255) ggCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGGCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACa < 8:37639/149‑1 (MQ=255) cTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttcttcaccctgaaccacgccgcatacaacgccggcaggaacagcagtgtaagcaccgtggccacgatcagcccgcc < 5:96968‑M2/148‑80 (MQ=255) cTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAgg > 5:262785/1‑149 (MQ=255) ggCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATc < 7:71844/149‑1 (MQ=255) ggCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATc < 5:148350/149‑1 (MQ=255) gcgaagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCt < 2:200656/112‑1 (MQ=255) gcgaagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCt > 1:200656/6‑117 (MQ=255) agggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCt > 5:243847/2‑149 (MQ=255) gAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTtc > 8:150967/1‑148 (MQ=255) ggCTTAGCACTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCg < 6:168298/148‑1 (MQ=255) ccctccctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTa > 6:47994/1‑149 (MQ=255) ccctccctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTa < 3:109142/149‑1 (MQ=255) cctccctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAg > 7:67465/1‑149 (MQ=255) ctccctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGt > 3:171454/1‑149 (MQ=255) cctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGAccttcttcaccctgaaccacgccgcatacaacgccggcaggaacagcagtgtaagcaccgtggccacgatcagcccgcccatgatcgccaccgccatcggcccgtagaa > 6:96968‑M2/1‑38 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCg < 7:56526/147‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGatat > 1:145636/1‑149 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGCCCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGCTCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATAtt > 8:238612/1‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTg < 2:145636/149‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTgg > 1:236431/1‑149 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGc < 2:236431/149‑1 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCg > 4:65832/1‑149 (MQ=255) cTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGa < 4:171454/149‑1 (MQ=255) cTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGa > 5:167441/1‑149 (MQ=255) tACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGa > 2:171964/1‑148 (MQ=255) cAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTCGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGa < 1:171964/146‑1 (MQ=255) gcgcgcCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGACCAGc < 7:150967/149‑1 (MQ=255) cgcgcCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGACCAGcc < 3:166799/149‑1 (MQ=255) cgcCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGACCAGcccc < 6:127352/149‑1 (MQ=255) gAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGACCAGCCCCAGGc > 3:51596/1‑149 (MQ=255) | ATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGCTGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGTCACGTAGTTCTCGATATTGGCGTCATCCTTGACCAGCCCCAGGC > NC_002947/1724359‑1724642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |