New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3042377 | 41 (0.810) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 8.1% | coding (280/315 nt) | PP_5537 | membrane protein |
? | NC_002947 | = 3042402 | 51 (1.050) | coding (305/315 nt) | PP_5537 | membrane protein |
CATCGACCTGTACCTGATGGCCGGGCTGGCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCC > NC_002947/3042235‑3042524 | cATCGACCTGTACCTGATGGCCGGGCTGGCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGAc > 6:160360/1‑147 (MQ=255) aTGGCCGGGCTGGCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAggg < 7:96993/149‑1 (MQ=255) cGGGCTGGCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGc < 6:7858‑M2/148‑2 (MQ=255) cGGGCTGGCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACAGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGCCCAGCGGCGTTGACGAGGGGCGc < 6:187591‑M2/148‑2 (MQ=255) ggCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCAt < 3:70918/149‑1 (MQ=255) cGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAg > 4:124307/1‑149 (MQ=255) cTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGc > 1:226401/1‑149 (MQ=255) ggTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGcgcccctcggcaacgcctctggtcaccagg < 4:247725‑M1/131‑31 (MQ=255) ggTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGcgcccctcggcaacgcctctggtcaccagg > 3:247725‑M1/1‑101 (MQ=255) ggTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTg > 3:14589/1‑147 (MQ=255) tGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAgg > 5:78321/1‑149 (MQ=255) gaCAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGcgcccctcggcaacgcctctggtcacca > 5:267000‑M1/1‑94 (MQ=255) gaCAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGcgcccctcggcaacgcctctggtcacca < 6:267000‑M1/122‑29 (MQ=255) gaCAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTAt < 1:278328/149‑1 (MQ=255) cGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtg > 4:60214/1‑149 (MQ=255) gCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgt < 4:232366/149‑1 (MQ=255) aTGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgtgt < 5:57529/149‑1 (MQ=255) agagCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTgtggtggtg < 8:277383/149‑1 (MQ=255) agagCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTgtggtggtg > 7:277383/1‑149 (MQ=255) gagCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGc > 3:227373/1‑149 (MQ=255) ccGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGt > 2:211137/1‑149 (MQ=255) gggATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTc > 8:59855/1‑149 (MQ=255) gATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCt < 2:226401/149‑1 (MQ=255) gcgGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCaa < 3:124307/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGCCTTACCTGCTGCTGGCCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGAc > 8:249836/1‑149 (MQ=255) ttACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGt > 6:313114/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGttt < 3:60214/148‑1 (MQ=255) ctgctgctgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTcc > 2:172433/1‑149 (MQ=255) tgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgtgtgt < 4:194264/108‑1 (MQ=255) tgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgtgtgt > 3:194264/1‑108 (MQ=255) aCCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCa < 5:7858/148‑1 (MQ=255) cgtcgtGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAggg > 7:283488/1‑149 (MQ=255) gtTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTgtggtg > 2:306876/1‑102 (MQ=255) gtTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTgtggtg < 1:306876/102‑1 (MQ=255) gtTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCa > 2:143079/1‑115 (MQ=255) gtTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCa < 1:143079/115‑1 (MQ=255) ttCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCAc < 5:313114/149‑1 (MQ=255) cGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCAcc < 7:59855/148‑1 (MQ=255) tttCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGtt > 4:160491/1‑149 (MQ=255) gCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTgcg < 8:283488/149‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTACCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTgc < 1:211137/148‑1 (MQ=255) tGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCt > 2:142149/1‑149 (MQ=255) gggCGGTTGCTGTACCTGGTGTCCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGTGCAGTGCCTTGCAGGGCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTtc < 5:174571/149‑1 (MQ=255) gggCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTtc > 8:246920/1‑149 (MQ=255) gCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCt < 4:266762/110‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCt > 3:266762/1‑110 (MQ=255) tGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGt > 7:63794/1‑130 (MQ=255) tGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGt < 8:63794/130‑1 (MQ=255) ccTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcacc < 4:247725‑M2/131‑102 (MQ=255) ccTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcacc > 3:247725‑M2/1‑30 (MQ=255) tGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtc < 6:267000‑M2/122‑95 (MQ=255) tGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtc > 5:267000‑M2/1‑28 (MQ=255) gcgcccctcgtcaacgccgctgggcaccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgactgtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcaccatccagcaaccggccagcccg < 6:187591‑M1/148‑148 (MQ=255) gcgcccctcggcaacgcctctggtcaccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcaccatccagcaaccggccagcccg < 6:7858‑M1/148‑148 (MQ=255) | CATCGACCTGTACCTGATGGCCGGGCTGGCCGGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCC > NC_002947/3042235‑3042524 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |