| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4035542 | 46 (0.910) | 5 (0.110) | 5/242 | NT | 9.9% | coding (593/2145 nt) | PP_3557 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| ? | NC_002947 | = 4035554 | 48 (1.020) | coding (605/2145 nt) | PP_3557 | methyl‑accepting chemotaxis transducer | |||||
CGAAACCGGGCGCTTTGCCCTGTACTGGTCGCAGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCT > NC_002947/4035399‑4035683 | cGAAACCGGGCGCTTTGCCCTGTACTGGTCGCAGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCg < 4:62698/149‑1 (MQ=255) tGCCCTGTACTGGTCGCAGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGTCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACaccttgccggaggtgcgtg < 2:256359‑M1/148‑20 (MQ=255) tGCCCTGTACTGGTCGCAGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTgtgcgt > 3:315871‑M2/1‑141 (MQ=255) tGCCCTGTACTGGTCGCAGCCACGCGCAGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTgtgcgtg > 3:194305‑M2/1‑141 (MQ=255) tACTGGTCGCAGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGc < 7:34097/148‑1 (MQ=255) aGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCAGGTGGGTATTACCCCGC‑ACaccgttccggaggtgcgtgggcatacccaccacgtgt > 6:80982‑M1/1‑112 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCTACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTAc < 1:206387/140‑1 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTAc > 8:82579/1‑139 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTAc < 7:82579/139‑1 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTAc > 2:206387/1‑139 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACa < 1:125342/149‑1 (MQ=255) aCGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACa > 3:217984/1‑149 (MQ=255) cgcCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACCTGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACACCTTGCCGGAGgtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccgg > 5:80982‑M2/1‑117 (MQ=255) cGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATg > 7:67095/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATg < 7:160299/149‑1 (MQ=255) gCCAGTTGACCTCGATGGCACTGCCCGAACATGTCATGGCCAACACCTAGATCGGCCCCAGCGGGCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCAACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGc < 8:282713/149‑1 (MQ=255) aCCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGAt < 4:240762/138‑1 (MQ=255) aCCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGAt > 3:240762/1‑138 (MQ=255) gATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCtg < 7:168175/148‑1 (MQ=255) gATGGCCCTGCCCGAACAAGACATGGCCAACACCGAGATCCGCCCCAGCGGCCAGCCGGCAAACACCTGGTGGTTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCtg < 4:56220/148‑1 (MQ=255) ggCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCtgatg < 8:67095/148‑1 (MQ=255) cccTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACaccttgccggaggtgcgtggg < 1:70326‑M1/103‑22 (MQ=255) cccTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACaccttgccggaggtgcgtggg > 2:70326‑M1/1‑82 (MQ=255) cccGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCAt > 7:131397/1‑149 (MQ=255) atgacatgGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTc > 4:26787/1‑149 (MQ=255) atgGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACtt < 7:59356/98‑1 (MQ=255) atgGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACtt > 8:59356/1‑98 (MQ=255) gCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGc < 3:26787/149‑1 (MQ=255) ccAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCg < 4:6020/149‑1 (MQ=255) cacCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTc > 3:264584/1‑148 (MQ=255) acCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCTTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCTTGTTCCCGCTGGCGGTCaa > 2:269999/1‑149 (MQ=255) acCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCaa > 3:258506/1‑149 (MQ=255) cGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATgg > 5:111373/1‑102 (MQ=255) cGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATgg < 6:111373/102‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACgg < 4:264584/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATc > 8:48654/1‑123 (MQ=255) aTCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATc < 7:48654/123‑1 (MQ=255) tCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGc > 4:141044/1‑146 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGACAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAtt > 1:76611/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTg > 3:249230/1‑149 (MQ=255) ccGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACctccggcaaggtgtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccaggtcatgttcgggcagggccatcgaggtcaactggccggcg > 5:80982‑M1/1‑32 (MQ=255) gCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCAt > 1:89871/1‑149 (MQ=255) cAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATc > 6:89773/1‑148 (MQ=255) acacGTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGAACGGTgtgcggggtaatacccacctggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccatgtcatgttcgggcagggccatcgaggtcaactggccggcgcgtggct > 6:80982‑M2/1‑37 (MQ=255) acCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACAt < 2:76611/149‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATc > 1:303313/1‑148 (MQ=255) cTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATc > 8:296322/1‑148 (MQ=255) gtggGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCaa < 4:217984/147‑1 (MQ=255) gggTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCt > 6:301304/1‑148 (MQ=255) ggTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTc < 3:141044/148‑1 (MQ=255) cccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTgtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccatgtcatgttcgggcaggg > 2:70326‑M2/1‑21 (MQ=255) cccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTgtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccatgtcatgttcgggcaggg < 1:70326‑M2/103‑83 (MQ=255) cccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGa < 6:175918/132‑1 (MQ=255) cccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGa > 5:175918/1‑132 (MQ=255) cccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGc < 4:258506/148‑1 (MQ=255) ccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCaa > 8:17800/1‑137 (MQ=255) ccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATa < 7:281451/145‑1 (MQ=255) ccACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATa > 8:281451/1‑145 (MQ=255) cACGC‑ACaccttgccggaggtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccatgtcatgttcgggcagggccatcgaggtcaactggcctgcgcgtggctgcgaccagtacagggca > 3:194305‑M1/1‑7 (MQ=255) cACGC‑ACCTCCGGCAAGGTgtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccatgtcatgttcgggcagggacatcgaggtcaactggccggcgcgtggctgcgaccagtacagggca < 2:256359‑M2/148‑130 (MQ=255) aCGC‑ACaccttgccggaggtgcgtgggcatacccaccaggtgttggccggctggccgctggggccgatctcggtgttggccatgtcatgttcgggcagggccatcgaggtcaactggccggcgcgtggctgcgaccagtacagggca > 3:315871‑M1/1‑6 (MQ=255) | CGAAACCGGGCGCTTTGCCCTGTACTGGTCGCAGCCACGCGCCGGCCAGTTGACCTCGATGGCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGC‑ACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCT > NC_002947/4035399‑4035683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |