New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4110015 = | 31 (0.620) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 9.2% | coding (1837/2991 nt) | PP_3616 | membrane protein |
? | NC_002947 | 4110075 = | 30 (0.640) | coding (1897/2991 nt) | PP_3616 | membrane protein |
GGCGGCGCGCTATCGAATCACCGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATA > NC_002947/4109867‑4110160 | tgaccaacgttgccgccgctgcaccgatcaccccgaacacagatgaagcgaaccccagggtgtattccggtgcatcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaacca < 2:320851‑M1/1‑1 (MQ=255) gcgcgcTATCGAATCACCGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGaccac > 8:145008/1‑149 (MQ=32) gcgcgcTATCGAATCACCGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGaccac < 7:19483/149‑1 (MQ=32) caacgttgccgccgctgcaccgatcaccacgacacagatgaagcgaaccccagggtgtattccggtgcatcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccaccacc < 6:205879‑M1/6‑1 (MQ=255) tCGAATCACCGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTgc < 7:145008/147‑1 (MQ=32) aaTCACCGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTg > 7:113473/1‑149 (MQ=32) ccGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGaaa > 8:44687/1‑149 (MQ=32) ccGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGaaa < 8:248788/149‑1 (MQ=32) cAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCaa > 8:38831/1‑149 (MQ=32) gCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACtt > 4:279214/1‑149 (MQ=32) ttACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGATGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAACGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCtt < 7:54786/149‑1 (MQ=17) ccgaacacagatgaagcgaaccccagggtgtattccggtgcatcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccac > 1:34789‑M1/117‑118 (MQ=255) ccgaacacagatgaagcgaaccccagggtgtattccggtgcatcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccac < 2:34789‑M1/2‑1 (MQ=255) cGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTggg < 2:201343/149‑1 (MQ=32) cGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTgg < 8:219770/148‑1 (MQ=32) aCCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTc < 1:87973/149‑1 (MQ=31) aggTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCggtggt < 7:44687/149‑1 (MQ=32) ggTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCggtggtg < 3:84833/149‑1 (MQ=32) catcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAAcgcg > 2:28454‑M1/77‑148 (MQ=255) atcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccaccacc > 7:156247‑M1/76‑81 (MQ=255) atcgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccaccacc < 8:156247‑M1/6‑1 (MQ=255) cgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCggtggtggtg < 5:61654‑M1/61‑1 (MQ=255) cgctcttctgcaggctgttgtaggccgtcttgagcgataagatgttgaaccacagcatccccgcgtttaaaccACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCggtggtggtg > 6:61654‑M1/74‑134 (MQ=255) cGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGCGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCgg > 6:156680/1‑143 (MQ=17) cGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGCGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCgg < 5:156680/143‑1 (MQ=17) aTGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCtgtg > 7:85918/1‑149 (MQ=32) gcgcAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGt < 8:113473/148‑1 (MQ=32) gcgcAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGt > 3:115541/1‑148 (MQ=32) agagATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTAt > 5:284864/1‑149 (MQ=32) gagaTGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATc > 7:302752/1‑149 (MQ=32) gcgcATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGcc > 3:145102/1‑148 (MQ=32) cATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACg < 7:159318/142‑1 (MQ=32) cATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACg > 8:159318/1‑142 (MQ=32) gggTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGc < 8:302752/148‑1 (MQ=32) tAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGc < 3:279214/149‑1 (MQ=32) cGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCag > 5:52120/1‑147 (MQ=32) gCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGc > 4:93578/1‑144 (MQ=32) gCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGc < 3:93578/144‑1 (MQ=32) caGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGc < 7:230347/149‑1 (MQ=34) tCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTAACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATg > 5:137116/1‑148 (MQ=21) cATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCAc < 7:217484/149‑1 (MQ=34) cATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCAc > 5:205879/1‑149 (MQ=34) aGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGttt < 3:264399/70‑1 (MQ=35) aGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGttt > 4:264399/1‑70 (MQ=35) aGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGaa < 8:85918/149‑1 (MQ=34) tGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATa > 5:110239/1‑148 (MQ=34) | GGCGGCGCGCTATCGAATCACCGAGCAGGCCATTACGGAAAACCCCTTTAGCCAGGAGGTGCAGCGGTATTTGAAGAGCGGCATGGCGCAGGTTGAAGAGATGAAAGCGTTGCGCATCTCGGGTAGCCGCACAGTGTCCATCGAGCTGACCACCACTGCGCGTGCGAAACCCAACTTCCTTGGGTTACTCACCTCCGGCGGTGGTGGTGGTTTAAACGCGGGGATGCTGTGGTTCAACATCTTATCGCTCAAGACGGCCTACAACAGCCTGCAGAAGAGCGATGCACCGGAATA > NC_002947/4109867‑4110160 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |