New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5480390 = | 46 (0.910) | 4 (0.080) | 3/244 | NT | 8.1% | coding (914/993 nt) | prmA | ribosomal protein L11 methyltransferase |
? | NC_002947 | 5480474 = | 47 (0.990) | intergenic (+5/‑38) | prmA/PP_4819 | ribosomal protein L11 methyltransferase/hypothetical protein |
CCGGCGATGCAGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTCGTCACCCAGT > NC_002947/5480245‑5480536 | ccGGCGATGCAGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCcgccg‑c > 6:64483/1‑149 (MQ=255) ggCGATGCAGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑Ctt < 8:786/149‑1 (MQ=255) gCGATGCAGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTa < 6:19628/149‑1 (MQ=255) gATGCAGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATg < 7:283506/149‑1 (MQ=255) aGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATgccgcc > 7:276947/1‑149 (MQ=255) gCCGACGTGCTGGTTGCCAGCATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGa > 5:35254/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTg > 2:233020/1‑148 (MQ=255) gTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGa > 1:213181/1‑149 (MQ=255) cacgggccacgcccaactggtggtgggtgacgcgaaagctggtctggcaatgcgggcactgggtgacgaaactgtcggtcatgcggcgatccgggagctgtgcagaaaagtattctaggcCCG‑CTTa > 4:274495‑M1/121‑127 (MQ=255) cacgggccacgcccaactggtggtgggtgacgcgaaagctggtctggcaatgcgggcactgggtgacgaaactgtcggtcatgcggcgatccgggagctgtgcagaaaagtattctaggcCCG‑CTTa < 3:274495‑M1/7‑1 (MQ=255) cAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGa > 2:145094/1‑149 (MQ=255) cAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGa > 5:165768/1‑149 (MQ=255) aTCCTCGCCGGGCCGGTTGTGTCGCTTGCGGCACATTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGGCTGCTGGCGCTTTAGGTCATCCTTGGCGTTCAAGGTGAAGACGTTGCCGCCGCCTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGAtcg < 1:39067/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCACCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTg > 5:88672/1‑149 (MQ=255) ccGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGTTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTgcgc < 8:36319/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACgg > 4:195008/1‑149 (MQ=255) gCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGCGCacg‑acgatc < 5:127801/149‑4 (MQ=255) cTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTg > 1:211971/1‑149 (MQ=255) gtgtCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGt > 2:275168/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTgcg < 1:100831/134‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTgcg > 2:100831/1‑134 (MQ=255) tCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTgc < 5:256770/148‑1 (MQ=255) gcCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTgc > 5:99059/1‑140 (MQ=255) gcCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTgc < 6:99059/140‑1 (MQ=255) gcCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTg > 1:175391/1‑149 (MQ=255) cacaGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGt < 6:171870/149‑1 (MQ=255) acaGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTc > 4:312336/1‑149 (MQ=255) aGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCgg > 3:112331/1‑149 (MQ=255) gTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGc < 5:40377/149‑1 (MQ=255) gcaatgcgggcactgggtgacgaaactgtcggtcatgcggcgatccgggagctgtgcagaaaagtattctaggcCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTc < 3:91446‑M1/75‑1 (MQ=255) ggCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCt > 1:222299/1‑148 (MQ=255) ccTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAg > 2:264902/1‑149 (MQ=255) gggcactgggtgacgaaactgtcggtcatgcggcgatccgggagctgtgcagaaaagtattctaggcCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGc > 4:91446‑M1/68‑149 (MQ=255) gggcactgggtgacgaaactgtcggtcatgcggcgatccgggagctgtgcagaaaagtattctaggcCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGc > 5:148437‑M1/68‑149 (MQ=255) cactgggtgacgaaactgtcggtcatgcggcgatccgggagctgtgcagaaaagtattctaggcCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCggg > 5:168962‑M1/65‑149 (MQ=255) gCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTa < 3:312336/149‑1 (MQ=255) cAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGaa < 3:195008/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCCCGGCGAGCCAGGGGAAGACCTGGCCGCCG‑CTTAAGCCCCCGCCTTTGAACTGGACCCCCTCGGCCTGCGCGCCCGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAAt < 1:233020/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACtt < 4:55739/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACtt < 8:276947/148‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACtt < 6:35254/148‑1 (MQ=255) ctgctgGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTc > 5:87103/1‑149 (MQ=255) ctgGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCt < 2:211971/147‑1 (MQ=255) gcgcTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGcaca < 1:145094/149‑1 (MQ=255) tttCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAg > 1:1322/1‑103 (MQ=255) tttCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAg < 2:1322/103‑1 (MQ=255) tttCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTc > 5:81061/1‑149 (MQ=255) gCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCAt < 6:81061/149‑1 (MQ=255) aGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACa < 6:87103/149‑1 (MQ=255) aaGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTc > 2:156340/1‑149 (MQ=255) aaGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGAAGCATGACCGACAATTTc > 6:226801/1‑149 (MQ=255) gTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTCGTCAc < 2:222299/149‑1 (MQ=255) tGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTCGTCAcc < 5:64483/149‑1 (MQ=255) gccgccG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTCGTCACCCa < 4:112331/149‑1 (MQ=255) cgccg‑cTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTCGTCACCCAGt < 2:175391/149‑1 (MQ=255) | CCGGCGATGCAGGCCGACGTGCTGGTTGCCAACATCCTCGCCGGCCCGCTGGTGTCGCTGGCGCCACAGTTGTCCGGCCTGGTTCGCCCAGGTGGCCTGCTGGCGCTTTCGGGCATCCTCGCCGAGCAAGGTGAAGACGTGGCCGCCG‑CTTATGCCGCCGACTTTGAACTGGACCCGATCGTCGTGCGCG‑ACGGCTGGGTGCGCATCAGTGGTCGGCGTCGCTAAGCGGGCCTAGAATACTTTTCTGCACAGCTCCCGGATCGCCGCATGACCGACAGTTTCGTCACCCAGT > NC_002947/5480245‑5480536 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |