New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 557898 = | 49 (0.970) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 6.4% | coding (28/534 nt) | rplF | 50S ribosomal protein L6 |
? | NC_002947 | 557943 = | 41 (0.860) | coding (73/534 nt) | rplF | 50S ribosomal protein L6 |
ATGACTGATCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGTACCACCCGCG > NC_002947/557796‑558078 | gtcaccattgcgagcgacgaaacgcagctcaccagactcttcggtaacttcaacagacgagtgaacgttcagttcgagagtacctttggcacccttcaccgaAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTGAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTc > 3:249420‑M1/103‑149 (MQ=255) atgaCTGATCGCACTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCttt < 2:156962/148‑1 (MQ=255) tgaCTGATCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCg > 4:67574/1‑149 (MQ=255) aCTGATCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCgg < 5:102384/148‑1 (MQ=255) aCTGATCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCgg < 3:250126/148‑1 (MQ=255) aTCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCGGGTCAGCAGCATTCGGtctac > 3:238985/1‑145 (MQ=255) aTCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGaa < 3:42295/148‑1 (MQ=255) aTCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGaa < 6:306136/148‑1 (MQ=255) gcTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCTGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGTATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGc < 5:106808/149‑1 (MQ=255) gcgcgcTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCCTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAg > 7:120615/1‑149 (MQ=255) gaaacgcagctcaccagactcttcggtaacttcaacagacgagtgaacgttcagttcgagagtacctttggcacccttcaccgaAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCg > 4:200900‑M1/85‑132 (MQ=255) gaaacgcagctcaccagactcttcggtaacttcaacagacgagtgaacgttcagttcgagagtacctttggcacccttcaccgaAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCg < 3:200900‑M1/48‑1 (MQ=255) gcTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTAc > 7:302115/1‑149 (MQ=255) ccGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACtctc < 4:13233/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCGGAGAACTTCTGTGAACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACGCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCg > 8:131638/1‑148 (MQ=255) gtgtCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGaa < 5:59669/149‑1 (MQ=255) gtgtCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGaa > 6:59669/1‑149 (MQ=255) tgtCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAAc < 3:306408/149‑1 (MQ=255) gAAGTTCTGAGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGtt < 3:13817/147‑1 (MQ=255) gAAGTTCTGAGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGtt > 4:13817/1‑147 (MQ=255) aattttCTGTGCTCTGTGTTTTTATGTGGGATAGACATGTTTCGGGTGTCTATGATGCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTGGAAGTCAATTTGGCCGGTCAGCTGCTTTCGGTGAAGGTTGGGAATGGTACTCTCGAACTGAACGttga < 4:238985/145‑3 (MQ=255) cTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGt < 8:65262/148‑1 (MQ=255) tgtTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCAGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGt > 8:46898/1‑148 (MQ=255) aGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCg > 5:276767/1‑146 (MQ=255) ggggATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGACCTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGt > 6:330807/1‑149 (MQ=255) aCATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGaa > 7:240651/1‑137 (MQ=255) aCATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGaa < 8:240651/137‑1 (MQ=255) cgcgTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGttt > 2:170457/1‑149 (MQ=255) gcgTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAAGGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACTGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTtc < 7:46898/149‑1 (MQ=255) gTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCt < 7:66458/140‑1 (MQ=255) gTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCt > 8:66458/1‑140 (MQ=255) gTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTtcgt < 1:170457/149‑1 (MQ=255) gCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGtcgc < 6:276767/149‑1 (MQ=255) tAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCTGGGGTCGCTGTTGTAGTTTGAGAAGAGTGTGGTGAGCTGCGTTTAGtcgc > 1:268827/1‑149 (MQ=255) aaGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGtcgc > 5:87153/1‑146 (MQ=255) aaGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGtcgc < 6:87153/146‑1 (MQ=255) ccccGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATg < 3:67574/149‑1 (MQ=255) cccGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATgg > 7:176879/1‑149 (MQ=255) ccGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGt > 2:179239/1‑149 (MQ=255) cGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTg < 8:176879/149‑1 (MQ=255) cgaaagctgctgaccggcgaatttgacttcgacaccggatggcagcttTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTtc > 4:200900‑M2/49‑132 (MQ=255) cgaaagctgctgaccggcgaatttgacttcgacaccggatggcagcttTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTtc < 3:200900‑M2/84‑1 (MQ=255) gaaagctgctgaccggcgaatttcacttcgacaccggatggcagcttTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGAc > 3:249420‑M2/48‑149 (MQ=255) AGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAg > 7:131638‑M1/1‑149 (MQ=255) TGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGc < 2:255939‑M1/147‑1 (MQ=255) CCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGc < 6:126033‑M1/149‑1 (MQ=255) cgttgtCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCGCGAACTGATCGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGt < 8:302115/145‑1 (MQ=255) tCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCgg > 7:165855/1‑148 (MQ=255) tCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGCTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGt < 1:179239/149‑1 (MQ=255) tCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTCATGTTACCGAAGAGACTGGTAAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCgg > 1:264721/1‑148 (MQ=255) tCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTGGAAGTTACAGAAGAAACTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCgg > 1:261108/1‑148 (MQ=255) aaaTTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGTac < 5:126033/149‑1 (MQ=255) atgcGCCGGTCAGCAGCGTTCCGTGCAGGCTGCCAAAGGTACTCCCGAACTGACCGTTCACTCGT‑‑CTGTTGCAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGGGCCATGGCCGGTacca < 8:165855/146‑1 (MQ=255) aTTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGTacca > 2:57453/1‑149 (MQ=255) ttCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGTaccac < 1:57453/149‑1 (MQ=255) ctgTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGTACCACCcgcg < 8:120615/147‑1 (MQ=255) | ATGACTGATCGCGCTGCGCGCGCTGCCGGTGTCGGCGGCGAAGTTCTGTGCACAGTGTTCTAAGGGGGGATAGACATGTCTCGCGTCGCTAAGAACCCCGTTAAGCTGCCATCCGGTGTCGAAGTCAAATTCGCCGGTCAGCAGCTTTCGGTGAAGGGTGCCAAAGGTACTCTCGAACTGAACGTTCACTCGT‑‑CTGTTGAAGTTACCGAAGAGTCTGGTGAGCTGCGTTTCGTCGCTCGCAATGGTGACCAGCAAGCTCGTGCCATGGCCGGTACCACCCGCG > NC_002947/557796‑558078 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |