New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2129661 = | 44 (0.870) | 6 (0.130) | 6/244 | NT | 13.0% | intergenic (‑15/+42) | PP_1888/fimD | fimbrial protein/type I pili subunit FimD |
? | NC_002947 | 2129695 = | 39 (0.820) | intergenic (‑49/+8) | PP_1888/fimD | fimbrial protein/type I pili subunit FimD |
GCAGCGGGTCTGGTCTACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGTTGCTCCTGGCTGGGGTTGGT > NC_002947/2129548‑2129837 | gCAGCGGGTCTGGTCTACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTg > 6:148800/1‑148 (MQ=255) cAGCGGGTCTGGTCTACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGaa < 2:3742/149‑1 (MQ=255) cGGGTCTGGTCTACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGATTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGt < 4:280945/149‑1 (MQ=255) cGGGTCTGGTCTACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGt < 5:199924/149‑1 (MQ=255) gtctACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGa > 6:39474/1‑148 (MQ=255) ccGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAgg > 2:301387/1‑149 (MQ=255) gccatggcGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGtt > 8:260469/1‑149 (MQ=255) gccatggcGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGtt > 3:68559/1‑149 (MQ=255) atggcGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGc > 6:7185/1‑149 (MQ=255) gCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAg > 4:163969/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGc < 5:7185/149‑1 (MQ=255) ccGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGt < 5:148800/149‑1 (MQ=255) cGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTc < 5:108785/149‑1 (MQ=255) tGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGCGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCgacgac < 1:263453/149‑1 (MQ=255) cAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACgg > 2:318397/1‑148 (MQ=255) agagTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGa < 3:163969/149‑1 (MQ=255) cgcCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATc < 4:68559/149‑1 (MQ=255) gcCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCg < 7:260469/149‑1 (MQ=255) ccTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATc > 6:304849/1‑147 (MQ=255) gggTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTg < 2:97162/102‑1 (MQ=255) gggTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTg > 1:97162/1‑102 (MQ=255) gggTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCt < 1:301387/149‑1 (MQ=255) gTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTgg < 1:64935/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTc > 1:202215/1‑111 (MQ=255) tCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTc < 2:202215/111‑1 (MQ=255) tCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTgg > 5:255403/1‑148 (MQ=255) ttgATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCg > 6:70327/1‑149 (MQ=255) ttgATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCg < 5:39474/149‑1 (MQ=255) tttttCATGGGTGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTg < 8:12078/149‑1 (MQ=255) tttttCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGtt < 4:241851/148‑1 (MQ=255) ttCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTggg < 5:70327/148‑1 (MQ=255) ttCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTggg < 1:318397/148‑1 (MQ=255) acgcggtgcagccttacccacggccgtaccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTc < 1:263293‑M2/59‑1 (MQ=255) acgcggtgcagccttacccacggccgtaccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTc > 2:263293‑M2/35‑93 (MQ=255) cgcggtgcagccttacccacggccgtaccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGtt < 7:161305‑M2/92‑1 (MQ=255) cgcggtgcagccttacccaccgccgtaccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGtt > 8:161305‑M2/34‑125 (MQ=255) CGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCAGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTg < 2:76685‑M1/147‑1 (MQ=255) GGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTAGCCCCAACTCACCTGCAg < 2:102265‑M1/149‑1 (MQ=255) aCGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCgg > 5:97655/1‑149 (MQ=255) cagccttacccacggccgtaccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTggg > 6:51346‑M2/27‑121 (MQ=255) cagccttacccacggccgtaccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTggg < 5:51346‑M2/95‑1 (MQ=255) ggCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGtt > 3:27456/1‑149 (MQ=255) gCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTAATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGTTg < 6:97655/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGccc > 4:234017/1‑128 (MQ=255) ccGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGccc < 3:234017/128‑1 (MQ=255) ccGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCGGCAGCGGTTGc > 4:222900/1‑149 (MQ=255) aGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGTTGCTCctggctg < 6:255403/149‑1 (MQ=255) ggCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGcc < 3:263207/117‑1 (MQ=255) ggCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGcc > 4:263207/1‑117 (MQ=255) ccgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGTTGCTCCTGGCTGGGGTTGGt < 4:27456‑M2/143‑1 (MQ=255) cgcgtGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGTTGCTCCTGGCTGGGGTTGGt > 8:148724‑M2/6‑148 (MQ=255) | GCAGCGGGTCTGGTCTACCGGCATGGCCATGGCGTTTGCAGCCGGCCATGCCAGAGTGGCGAGCAGCGCCTGGAAAAGGGTCTTGTTGATGTTTTTCATGGGGGTCCTGAAAGACGCGGTACGGCCGTGGGTAAGGCTGCACCGCGTGAAGGTTGCTAGATACAGGTCAGGGTTTGCTGGCGATAGCCGTCGACGACGGGAGCGTCCAGTTCATCGAGATGCACCTGGCAGCCGGCGTTGGGCTGTTCGCCCCAACTCACCTGCAGCGGTTGCTCCTGGCTGGGGTTGGT > NC_002947/2129548‑2129837 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |