New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2690807 = | 39 (0.770) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 7.5% | coding (147/594 nt) | PP_2357 | type I pili subunit CsuB |
? | NC_002947 | 2690853 = | 37 (0.770) | coding (193/594 nt) | PP_2357 | type I pili subunit CsuB |
CGTTTCGATAAGGATAACAAGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCGGATACGCCCTATCAGGTGCGCGT > NC_002947/2690706‑2690998 | ggacgctggctcaacagcacaccactcaagggcgcgccagggccatccaggcgcgccgtcgcccctaggtcgatacgtcccagggcctgagctcccgcatcGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGa > 5:289178‑M1/102‑149 (MQ=255) gacgctggctcaacagcacaccactcaagggcgcgccagggccatccaggcgcgccgtcgcccctaggtcgatacgtcccagggcctgagctcccgcatcGCGTGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGAt > 1:138165‑M1/101‑149 (MQ=255) cGATAAGGATAACAAGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCCTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCg < 1:103206/148‑1 (MQ=255) gATAAGGATAACAAGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCgg < 4:307735/148‑1 (MQ=255) gATAACAAGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCt > 8:131552/1‑147 (MQ=255) cAAGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGccc > 1:40159/1‑149 (MQ=255) aGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCCGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTg > 7:92017/1‑149 (MQ=255) aGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTg < 8:76376/149‑1 (MQ=255) ggTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTgg < 8:39377/149‑1 (MQ=255) gtaGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGGTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGTTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTa < 3:26476/147‑1 (MQ=255) gAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTAt < 8:240208/149‑1 (MQ=255) gAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTAt > 2:303219/1‑149 (MQ=255) gcgcATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGGTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCg > 1:33681/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAgggg > 6:240719/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCTGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAggg < 6:248774/147‑1 (MQ=255) cgcgCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGa > 5:11724/1‑138 (MQ=255) cgcgCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGa < 6:11724/138‑1 (MQ=255) tgttgtTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGAt > 4:205443/1‑149 (MQ=255) aGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCTGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGcc < 8:92017/149‑1 (MQ=255) cGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGc < 3:1123/133‑1 (MQ=255) cGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGc > 4:1123/1‑133 (MQ=255) cggcggATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAgtggt < 1:303219/149‑1 (MQ=255) ctcGTGGAAGTGCGGGAACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAg > 2:285785/1‑149 (MQ=255) tcGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATgg < 4:246719/115‑1 (MQ=255) tcGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATgg > 3:246719/1‑115 (MQ=255) tcGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGc > 2:73873/1‑149 (MQ=255) gTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGc < 7:131552/147‑1 (MQ=255) gTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGc < 2:33681/147‑1 (MQ=255) gAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCg < 5:240719/149‑1 (MQ=255) atcgcgggtctggttgaccagcatgcagccacgctgcaccagtacacgcGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTc > 1:138165‑M2/50‑149 (MQ=255) tcgcgggtctggttgaccagcatgcagccacgctgcaccagtacccgcGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTcc > 5:289178‑M2/49‑149 (MQ=255) CGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGcc > 5:20988‑M1/1‑116 (MQ=255) CGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGcc > 5:25541‑M1/1‑116 (MQ=255) CGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGcc < 6:25541‑M1/116‑1 (MQ=255) CGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGcc < 6:20988‑M1/116‑1 (MQ=255) aCTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATg > 4:55506/1‑98 (MQ=255) ttgaccagcatgcagccacgctgcaccagtacccgcGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGa < 6:289178‑M2/113‑1 (MQ=255) gTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGa < 3:205443/149‑1 (MQ=255) agccacgCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTg > 1:278641/7‑148 (MQ=255) tGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCACGCCTGGAGTGCAAcc > 5:93772/1‑149 (MQ=255) ggCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAgt < 3:114719/105‑1 (MQ=255) ggCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATAGACCTAGGGGCGACCGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCCCCCTTGAgt > 4:114719/1‑105 (MQ=255) gCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCTAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCg < 1:285785/149‑1 (MQ=255) gCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCg > 2:103607/1‑149 (MQ=255) gTCAACCAGACCCGCGATTCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCGGATACGCCCTa > 4:55416/1‑149 (MQ=255) aaCCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGTACGTATCGACCTAGCTGCGACGGCGCTCCAGGATGCCCCAGGCGAGCCCTTGAATCTTTTGCTGTTTAGCCAGCGTCAGCCGCGCCAGGTCTGCAAACCGGATACACCCTAt > 2:190236/1‑147 (MQ=255) aCCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCCGATACCCCCTATCAg > 2:151177/1‑149 (MQ=255) cAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCGGATACGCCCTATCAgg > 1:116311/1‑148 (MQ=255) cAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCGGATACGCCCTATCAGGt < 2:40159/149‑1 (MQ=255) acccgcGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGGGCCACCCGGATACGCCCtatcagtggct > 6:272261‑M2/7‑144 (MQ=255) cgcGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCGGATACGCCCTATCAGGTGCGCGt > 5:238597‑M2/4‑149 (MQ=255) | CGTTTCGATAAGGATAACAAGGTGACGGAGCGCATGCTGGCCGCGCTGTTCGGCCTGTTGTTCAGCGGCAGTACCGTGGCGGCGGATTTTCTCGTGGAAGTGCGGGTACTGGTGCAGCGTGGCTGCATGCTGGTCAACCAGACCCGCGATGCGGGAGCTCAGGCCCTGGGACGTATCGACCTAGGGGCGACGGCGCGCCTGGATGGCCCTGGCGCGCCCTTGAGTGGTGTGCTGTTGAGCCAGCGTCCGCCGCGCCTGGAGTGCAACCCGGATACGCCCTATCAGGTGCGCGT > NC_002947/2690706‑2690998 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |