New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4904206 = | 55 (1.090) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 5.8% | coding (628/663 nt) | PP_4312 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4904254 = | 46 (0.970) | coding (580/663 nt) | PP_4312 | hypothetical protein |
ACCGTTACCCGCTGCTTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAGGCCGTGTAGATGGTCGCATTG > NC_002947/4904107‑4904399 | aCCGTTACCCGCTGCTTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGt > 2:158783/1‑148 (MQ=255) aCCGTTACCCGCTGCTTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTc < 8:301652/149‑1 (MQ=255) atcaacaccgtggccggcaaggccctgggggaggagcgggtgatcaccgaggactggagcggcgaagacttcgacaccctctacgtattgaccctgaCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCa > 1:19101‑M1/98‑148 (MQ=255) ttACCCGCTGCTTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAggg < 2:198222/149‑1 (MQ=255) gctgctTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATa < 3:20376/149‑1 (MQ=255) ctgctTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGCGGGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATa > 1:241435/1‑149 (MQ=255) ctTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTa < 2:170223/149‑1 (MQ=255) ctTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTa > 5:170301/1‑149 (MQ=255) ttCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACg > 2:109174/1‑146 (MQ=255) tCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAggg < 5:320661/149‑1 (MQ=255) gCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTAAGGGTCAATACGTAGAGGgtg > 7:250684/1‑149 (MQ=255) cTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGgtgt < 2:241435/149‑1 (MQ=255) aTCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCg < 6:147724/148‑1 (MQ=255) cccTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCCGCAGGCTGGCTTTGCCAGCGCGCCAGGGCAGGGTCCATACGTAGAGGGTGTCGagg > 2:188341/1‑147 (MQ=255) cccTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCaa > 8:108187/1‑130 (MQ=255) cccTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCaa < 7:108187/130‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAg < 8:43467/122‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAg > 7:43467/1‑122 (MQ=255) aaaCAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCg > 3:17658/1‑149 (MQ=255) aaCAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCgg < 5:289470/149‑1 (MQ=255) tACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCgg > 6:106525/1‑144 (MQ=255) tACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCgg < 5:106525/144‑1 (MQ=255) aCCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATc < 3:65279/148‑1 (MQ=255) ccAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCAc > 6:242528/1‑149 (MQ=255) gC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCg > 3:96972/1‑149 (MQ=255) gC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCg < 6:170301/149‑1 (MQ=255) aTCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGctcc > 5:70502/1‑149 (MQ=255) aTCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGctcc < 4:17658/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTc > 6:224240/1‑121 (MQ=255) ggTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTccc > 2:223071/1‑149 (MQ=255) ggTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTGTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTc < 5:224240/121‑1 (MQ=255) gTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTcccc > 8:116175/1‑149 (MQ=255) cTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCtt > 4:7931/1‑149 (MQ=255) tATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCtcctcc < 7:143070/137‑1 (MQ=255) tATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCtcctcc > 8:143070/1‑137 (MQ=255) gcgcACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCg > 5:80500/1‑149 (MQ=255) cGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACg < 3:7931/149‑1 (MQ=255) gTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCATGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACgg < 8:250684/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGtt < 6:80500/149‑1 (MQ=255) tgacctggcgcgatggcaaagccagcctgctgagccgcaatgtgcgccaggTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGAt > 1:19101‑M2/52‑148 (MQ=255) ggcgcgatggcaaagccagcctgctgagccgcaatgtgcgccaggTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTcc > 7:246911‑M2/46‑149 (MQ=255) acaTTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAg < 5:242528/149‑1 (MQ=255) ggCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCg > 7:105278/1‑149 (MQ=255) ccagcctgctgagccgcaatgtgcgccaggTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTgg < 2:19101‑M2/119‑1 (MQ=255) cagcagGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTggg > 5:91400/1‑149 (MQ=255) agcagGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTgg < 8:105278/147‑1 (MQ=255) agcagGCTGGCGTTGCCATCGCGCCAGGGCAGGGTCACTACGTAGCGGGGTGCGCCGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCTCTCCTCCCCCAGGGCCTGGCCGGCCACGGGGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTgg < 1:188341/147‑1 (MQ=255) agGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCTAGTCCTCGGTGATCACCAGCTCCTCCCCCAGGGCAGTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGGCGTGGGAc > 8:139194/1‑147 (MQ=255) ggctggctTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAg < 6:91400/149‑1 (MQ=255) gctTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAGGcc < 6:70502/147‑1 (MQ=255) tttGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCg > 4:64045/1‑122 (MQ=255) tttGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCg < 3:64045/122‑1 (MQ=255) tttGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAGGCCg < 4:309261/146‑1 (MQ=255) tttGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAGGCCg > 3:309261/1‑146 (MQ=255) cATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAGGCCGTGTAGATg > 7:97099/1‑149 (MQ=255) aggTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCTGTGGGACCAGGCCGTGTAGATGGTCGCATTg > 2:221948‑M2/4‑149 (MQ=255) | ACCGTTACCCGCTGCTTCATCGCTCATCCCTGTTCCGGCTTCCTTGCCAAACAGTACCAGC‑GGATCAGGTCGGGCAGCTATGCGCACCGTCATTCAGGCCCTGGCGCACATTGCGGCTCAGCAGGCTGGCTTTGCCATCGCGCCAGGTCAGGGTCAATACGTAGAGGGTGTCGAAGTCTTCGCCGCTCCAGTCCTCGGTGATCACCCGCTCCTCCCCCAGGGCCTTGCCGGCCACGGTGTTGATCAGTTCCGGCAGGTAGCCGTGGGACCAGGCCGTGTAGATGGTCGCATTG > NC_002947/4904107‑4904399 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |