New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1109505 | 44 (0.820) | 4 (0.080) | 4/256 | NT | 7.9% | coding (171/651 nt) | PP_0969 | GntR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 1109543 | 50 (0.960) | coding (209/651 nt) | PP_0969 | GntR family transcriptional regulator |
TCCCTGGTGGAGTTGGCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTC > NC_002947/1109359‑1109652 | tCCCTGGTGGAGTTGGCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGcc > 2:257822‑M1/1‑147 (MQ=255) ccTGGTGGAGTTGGCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTTTTGGGAGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACAGAGCCAGAGCATGCCTTGCAGCTGGGAATCAGCCGCAACAACGTGCGAGAGGCCAAGCGC‑‑GT‑GCTGGCGt > 2:247839/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGAGTTGGCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGtt < 2:232458/149‑1 (MQ=255) tggAGTTGGCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGt < 1:34413/149‑1 (MQ=255) gCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCNTTGNANCTGGNCATCNGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt < 5:275883/149‑1 (MQ=255) gCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt > 6:1872/1‑149 (MQ=255) gCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt < 5:271204/149‑1 (MQ=255) gCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt < 5:272568/149‑1 (MQ=255) gCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt < 4:284379/149‑1 (MQ=255) gCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGGTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt < 4:57881/149‑1 (MQ=255) agCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt > 7:249290/1‑142 (MQ=255) agCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCtggt < 8:249290/142‑1 (MQ=255) gcgcATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTc < 5:1872/149‑1 (MQ=255) gcgcGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTg < 3:11616/128‑1 (MQ=255) gcgcGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTg > 4:11616/1‑128 (MQ=255) cgcgAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAggg < 8:154834/149‑1 (MQ=255) tCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGccgtcgccctggcgaatttccaccaggccactgaacgccag > 5:122309‑M1/1‑107 (MQ=255) gtgtTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGccgtcgccctggcgaatttccaccaggccactgaacgccagca < 1:257822‑M1/148‑44 (MQ=255) ttGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGccgtcgccctggcgaatttccaccaggccactgaacgccagcacgc < 6:122309‑M1/148‑47 (MQ=255) cGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGGTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCa < 6:320312/149‑1 (MQ=255) gATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTAc < 2:183495/141‑1 (MQ=255) gATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTAc > 1:183495/1‑141 (MQ=255) gCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGcc > 3:299071/1‑148 (MQ=255) gCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAAATCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGcc > 1:278577/1‑148 (MQ=255) gtcggtcAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGa > 3:259176/1‑149 (MQ=255) ggtcAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGAccc > 2:289658/1‑149 (MQ=255) tcAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGc > 5:280217/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTg > 4:256674/1‑148 (MQ=255) ccGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGc > 2:297588/1‑138 (MQ=255) cGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGCAGGTAGCTGccgtcgccctggcgaatttccaccaggccactgaacgccagcacgcgcat < 2:101535‑M1/120‑51 (MQ=255) cGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCgg < 7:305066/143‑1 (MQ=255) cGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCgg > 8:305066/1‑143 (MQ=255) cGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCAcg > 8:82052/1‑149 (MQ=255) tgccttgcAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGgt > 3:40833/1‑149 (MQ=255) gccttgcAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGgt < 4:299071/148‑1 (MQ=255) ccttgcAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGgtgt < 4:196684/149‑1 (MQ=255) cATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAgg < 6:280217/149‑1 (MQ=255) aGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCa > 4:294393/1‑116 (MQ=255) aGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCa < 3:294393/116‑1 (MQ=255) gCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAg < 4:238242/137‑1 (MQ=255) gCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAgatcgga > 3:238242/1‑140 (MQ=255) gCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGa > 5:105534/1‑148 (MQ=255) gCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGa > 4:225420/1‑148 (MQ=255) acCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCg < 4:259176/149‑1 (MQ=255) gtgAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCACCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATAtt > 6:197857/1‑149 (MQ=255) gAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCACTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATtct > 8:242538/1‑149 (MQ=255) gCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCAGGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATtctc > 1:278043/1‑147 (MQ=255) gCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATtctc > 6:336394/1‑147 (MQ=255) cATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAgg < 3:256674/149‑1 (MQ=255) cATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAgg < 4:40833/149‑1 (MQ=255) aTGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGcagctacctgcgcatggcctcacgcacggtgttgcggctgatgcccagctgcaaggcaagctctggctcg < 2:101535‑M2/120‑71 (MQ=255) gc‑‑gT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGcagcacgcgcatggcctcacgcacggtgttgcggctgatgcccagctgcaaggcaagctctggctcggtaggcaggcgctgaccgacctgccaatcgcccaa < 6:122309‑M2/148‑103 (MQ=255) gc‑‑gT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAg < 7:137654/149‑1 (MQ=255) t‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGcagcacgcgcatggcctcacgcacggtgttgcggctgatgcccagctgcaaggcaagctctggctcggtaggcaggcgctgaccgacctgccaatcgcccaacac < 1:257822‑M2/148‑106 (MQ=255) cTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGcagcacgcgcatggcctcacgcacggtgttgcggctgatgcccagctgcaaggcaagctctggctcggtaggcaggcgctgaccgacctgccaatcgcccaacacga > 5:122309‑M2/1‑41 (MQ=255) tGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTc > 8:303074/1‑149 (MQ=255) | TCCCTGGTGGAGTTGGCGGTAGAGCGCATGCGCGAATGCATCGTGTTGGGCGATTGGCAGGTCGGTCAGCGCCTGCCTACCGAGCCAGAGCTTGCCTTGCAGCTGGGCATCAGCCGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGC‑‑GT‑GCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTC > NC_002947/1109359‑1109652 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |