New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1388660 | 43 (0.800) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 6.5% | intergenic (‑171/‑111) | PP_1209/dps | cold‑shock protein/DNA‑binding stress protein |
? | NC_002947 | = 1388703 | 45 (0.870) | intergenic (‑214/‑68) | PP_1209/dps | cold‑shock protein/DNA‑binding stress protein |
GCCGATCACAGGAAGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTGAAGAAGATCGCA > NC_002947/1388513‑1388807 | gCCGATCACAGGAAGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAt > 8:9532‑M1/1‑148 (MQ=255) acaGGAAGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGgccgcc > 6:287807/1‑148 (MQ=255) aGGAAGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAg > 6:299471/1‑149 (MQ=255) aGGAAGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAg > 4:179737/1‑149 (MQ=255) aaGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTgg < 3:179737/149‑1 (MQ=255) gcagcaCGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAAt > 8:184007/1‑146 (MQ=255) gcagcaCGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAAt < 7:184007/146‑1 (MQ=255) gcagcaCGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTa > 5:294152/1‑149 (MQ=255) gcagcaCGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCAACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTa > 5:47582/1‑149 (MQ=255) taGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCAcatgcggca > 4:111411/1‑149 (MQ=255) gagCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAtgccgcatgtgacatggcgcaatacattgcccactgggcggcctg < 7:9532‑M1/149‑46 (MQ=255) gcgAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAtgccgcatgtgacatggcgcaatacattgcccactgggcggcctgcggt < 4:140328‑M1/149‑50 (MQ=255) cgAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGCGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAtgccgcatgtgacatggcgcaatacattgcccactgggcggcctgcggtt < 8:178296‑M1/149‑51 (MQ=255) gAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACatgcggcatgcggc > 1:207306/1‑147 (MQ=255) gTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAgt < 2:288137/145‑1 (MQ=255) gTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAgt > 1:288137/1‑145 (MQ=255) tGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGc < 3:111411/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGc > 7:100520/1‑149 (MQ=255) ggCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGc > 8:297655/1‑148 (MQ=255) aGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCCCACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTa > 1:316771/1‑147 (MQ=255) gCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGt > 5:139957/1‑149 (MQ=255) aGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGt < 8:100520/149‑1 (MQ=255) tGCACCCGGCAATGACAGTCCGGACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCAACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGc < 6:47582/147‑1 (MQ=255) tGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCa < 2:37796/148‑1 (MQ=255) aCCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCg > 3:225111/1‑149 (MQ=255) tCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGcc > 7:156022/1‑149 (MQ=255) cACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTtgt < 7:297655/149‑1 (MQ=255) cACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTtgt < 3:142670/149‑1 (MQ=255) cGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTtgtg > 1:167432/1‑148 (MQ=255) gCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAggg > 8:46072/1‑149 (MQ=255) acacTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGa < 6:139957/149‑1 (MQ=255) aTTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATgg > 5:149489/1‑149 (MQ=255) aaCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCa < 4:249136/103‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAAt < 6:149489/148‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATc < 6:294152/149‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATc < 4:225111/149‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATc < 4:259656/149‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATc < 2:207306/149‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATc > 5:73926/1‑149 (MQ=255) aaGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATc < 5:287807/149‑1 (MQ=255) aGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTAt > 4:128737/1‑147 (MQ=255) cTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTga < 5:299471/147‑1 (MQ=255) tCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTgaag > 1:313149/1‑148 (MQ=255) tCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTgaag > 8:306733/1‑148 (MQ=255) cAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTtg < 3:14442/103‑1 (MQ=255) cAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTtg > 4:14442/1‑103 (MQ=255) cAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTgaag > 5:240978/1‑147 (MQ=255) aaCCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCAtgcggtttgagtaggctgcggctttactgttaaataggcagtgtgccgcccgtgcggactgtcattgccgggtgcataggctggcctgccacgtgttcg < 8:178296‑M2/149‑100 (MQ=255) aCCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCAtgcggtttgagtaggctgcggctttactgttaaataggcagtgtgccacccgtgcggactgtcattgccgggtgcataggctggcctgccacgtgttcgc < 4:140328‑M2/149‑101 (MQ=255) ccGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTGAAGAAGATc < 6:73926/149‑1 (MQ=255) cGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGa > 4:79592/1‑109 (MQ=255) cGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGa < 3:79592/109‑1 (MQ=255) cAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCAtgcggtttgagtaggctgcggctttactgttaaataggcagtgtgccacccgtgcggactgtcattgccgggtgcataggctggcctgccacgtgttcgcgctc < 7:9532‑M2/149‑105 (MQ=255) | GCCGATCACAGGAAGAGCTGGCAGCACGGTGCGCATGAGATATAGAGCGCGAACACGTGGCAGGCCAGCCTATGCACCCGGCAATGACAGTCCGCACGGGTGGCACACTGCCTATTTAACAGTAAAGCCGCAGCCTACTCAAACCGCAGGCCGCCCAGTGGGCAATGTATTGCGCCATGTCACATGCGGCATGCGGCAAGTGTTGCTACAGTGGTCGGCACCCGCTTGAGTCTCAAGCCTTGTGGAAAGGGGAGCTTCATGGCAATCGATATCGGTATCAGTGAAGAAGATCGCA > NC_002947/1388513‑1388807 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |