| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1456018 | 27 (0.500) | 3 (0.060) | 3/236 | NT | 8.1% | intergenic (+97/+152) | PP_1273/PP_1274 | multidrug MFS transporter outer membrane protein/short‑chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase |
| ? | NC_002947 | = 1456062 | 44 (0.910) | intergenic (+141/+108) | PP_1273/PP_1274 | multidrug MFS transporter outer membrane protein/short‑chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase | |||||
GAGGCTGGCAGGCGTTTGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCG > NC_002947/1455875‑1456164 | gAGGCTGGCAGGCGTTTGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGc < 8:71651/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCAGGCGTTTGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCt < 5:275204/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCAGGCGTTTGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCt > 4:235343/1‑149 (MQ=255) tttGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAaccac < 4:9551/149‑1 (MQ=255) tttGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAaccac < 2:21698/149‑1 (MQ=255) gatgaGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGa > 3:80163/1‑149 (MQ=255) aCGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCt > 1:253005/1‑147 (MQ=255) aCGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCt < 2:253005/147‑1 (MQ=255) cGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGt > 1:259887‑M2/1‑148 (MQ=255) ggTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTAGTGGCCTCTTCGC‑GGGTGTACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtg < 1:107041‑M2/149‑3 (MQ=255) ggTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtg > 3:235343‑M2/1‑147 (MQ=255) gagagGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCAGCTCCTACAGCGTCCTGGGTCCAACCACCGATGTGGGTCCACCACCAATCTGGtgtag < 8:248832‑M2/147‑6 (MQ=255) agagGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggag > 3:308160‑M1/1‑97 (MQ=255) ggACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcg < 4:308160‑M1/148‑55 (MQ=255) gACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcggg < 3:192269‑M1/149‑57 (MQ=255) gACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtag < 6:236235‑M2/142‑6 (MQ=255) gACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtag > 5:236235‑M2/1‑137 (MQ=255) gTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGAATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCAGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGAGGGGTTACCcg > 2:141077/1‑149 (MQ=255) gTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGACCATGGAATGATGCTTTACAGCCTGTACAGGCCTCTTAGC‑GCGTGAACCAGCACCTACAGCCGACTGTGTCCAAACCCAGATGTGTGTCCACCACCAATCTCCTCTAG‑GAGCGGGTTTAccag > 2:146063/1‑147 (MQ=255) gAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATAc > 4:90652/1‑149 (MQ=255) gTACGGGGGTCCATGGCTTTTTGCTTTACCGCCTGTACTGGCCTCTTGGC‑GGGTTAACCCGCTCCTACCGCGGCCTGTTTCCAACCACCGTTGTGTGTCCACCACCAATCTGGTTTTG‑GAGGGGTTTTACCCGGGCAATACGGTAgcgg < 4:154470/149‑1 (MQ=255) cTGCGGTCCATGGAATGATGTTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTTAACCCGCTCCTACTGCGGCGTGTGTCCAACCACCGTTGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTTG‑GCGCGGTTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCggcggc < 4:303400/149‑1 (MQ=25) ggTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACg > 1:159100/1‑149 (MQ=255) gTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACgg > 8:309794/1‑149 (MQ=255) tCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGt > 5:186578/1‑149 (MQ=255) cATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTg > 4:203004/1‑148 (MQ=255) gatgCTTTACAGCCTGTACTGGACTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑TAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCggg > 5:34278/1‑149 (MQ=255) gCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCAGGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGt > 1:19745/1‑148 (MQ=255) tttACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCACCGGTGAACGGCGGGTGaa > 4:241748/1‑148 (MQ=255) tttACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGaa > 4:246088/1‑148 (MQ=255) gCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTCAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTTTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTc < 7:248832/149‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAggcc > 2:25810/1‑149 (MQ=255) gTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCAGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTcgcg > 6:163680/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtc < 3:192269‑M2/149‑94 (MQ=255) cccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGAAAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTa > 1:267063/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTa > 4:239527/1‑147 (MQ=255) ccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTa > 1:292105/1‑147 (MQ=255) cGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcc < 4:308160‑M2/148‑95 (MQ=255) gCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTAcagg > 8:95306/1‑149 (MQ=255) cTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcctct > 3:308160‑M2/1‑52 (MQ=255) cTACAccagattggtggtggacccacatcggtggttggacccaggacgctgtaggagctggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcctctc < 8:248832‑M1/147‑143 (MQ=255) cTACAccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtc < 6:236235‑M1/142‑138 (MQ=255) cTACAccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtc > 5:236235‑M1/1‑5 (MQ=255) caccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcctctctaacc > 3:235343‑M1/1‑2 (MQ=255) caccagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcgggtacacccgcgaagaggccactacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcctctctaacc < 1:107041‑M1/149‑148 (MQ=255) accagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgctgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcctctctaaccg > 1:259887‑M1/1‑1 (MQ=255) | GAGGCTGGCAGGCGTTTGATGAGCCGCCGCCGAATGCTCACGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCG > NC_002947/1455875‑1456164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |