New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1456018 | 27 (0.500) | 3 (0.060) | 3/236 | NT | 8.1% | intergenic (+97/+152) | PP_1273/PP_1274 | multidrug MFS transporter outer membrane protein/short‑chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase |
? | NC_002947 | = 1456062 | 44 (0.910) | intergenic (+141/+108) | PP_1273/PP_1274 | multidrug MFS transporter outer membrane protein/short‑chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase |
CGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTGCGCAG > NC_002947/1455915‑1456205 | cGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGt > 1:259887‑M2/1‑148 (MQ=255) ggTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTAGTGGCCTCTTCGC‑GGGTGTACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtg < 1:107041‑M2/149‑3 (MQ=255) ggTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtg > 3:235343‑M2/1‑147 (MQ=255) gagagGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCAGCTCCTACAGCGTCCTGGGTCCAACCACCGATGTGGGTCCACCACCAATCTGGtgtag < 8:248832‑M2/147‑6 (MQ=255) gACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtag > 5:236235‑M2/1‑137 (MQ=255) gACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtag < 6:236235‑M2/142‑6 (MQ=255) gTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGAATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCAGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGAGGGGTTACCcg > 2:141077/1‑149 (MQ=255) gTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGACCATGGAATGATGCTTTACAGCCTGTACAGGCCTCTTAGC‑GCGTGAACCAGCACCTACAGCCGACTGTGTCCAAACCCAGATGTGTGTCCACCACCAATCTCCTCTAG‑GAGCGGGTTTAccag > 2:146063/1‑147 (MQ=255) gAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATAc > 4:90652/1‑149 (MQ=255) gTACGGGGGTCCATGGCTTTTTGCTTTACCGCCTGTACTGGCCTCTTGGC‑GGGTTAACCCGCTCCTACCGCGGCCTGTTTCCAACCACCGTTGTGTGTCCACCACCAATCTGGTTTTG‑GAGGGGTTTTACCCGGGCAATACGGTAgcgg < 4:154470/149‑1 (MQ=255) cTGCGGTCCATGGAATGATGTTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTTAACCCGCTCCTACTGCGGCGTGTGTCCAACCACCGTTGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTTG‑GCGCGGTTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCggcggc < 4:303400/149‑1 (MQ=25) ggTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACg > 1:159100/1‑149 (MQ=255) gTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACgg > 8:309794/1‑149 (MQ=255) tCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGt > 5:186578/1‑149 (MQ=255) cATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTg > 4:203004/1‑148 (MQ=255) gatgCTTTACAGCCTGTACTGGACTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑TAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCggg > 5:34278/1‑149 (MQ=255) gCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCAGGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGt > 1:19745/1‑148 (MQ=255) tttACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCACCGGTGAACGGCGGGTGaa > 4:241748/1‑148 (MQ=255) tttACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGaa > 4:246088/1‑148 (MQ=255) gCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTCAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTTTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTc < 7:248832/149‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAggcc > 2:25810/1‑149 (MQ=255) gTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCAGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTcgcg > 6:163680/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtc < 3:192269‑M2/149‑94 (MQ=255) cccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGAAAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTa > 1:267063/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTa > 4:239527/1‑147 (MQ=255) ccGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTa > 1:292105/1‑147 (MQ=255) cGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcc < 4:308160‑M2/148‑95 (MQ=255) gCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTAcagg > 8:95306/1‑149 (MQ=255) cTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGtgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccagtacaggctgtaaagcatcatgccatggaccgcagtaccccgccctccagatactgcgcgtcctct > 3:308160‑M2/1‑52 (MQ=255) cGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCa < 2:107041/149‑1 (MQ=255) ggCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCAc < 3:90652/149‑1 (MQ=255) ggCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCAc < 1:25810/149‑1 (MQ=255) gCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACt > 6:257453/1‑149 (MQ=255) gtCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCaga > 1:121856/1‑147 (MQ=255) tCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGc < 2:292105/148‑1 (MQ=255) cAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCggg > 7:129358/1‑149 (MQ=255) aaCCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGgc < 2:19745/149‑1 (MQ=255) aTGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCggg > 5:219132/1‑140 (MQ=255) aTGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCggg < 6:219132/140‑1 (MQ=255) gtgtgtCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCg < 5:94304/123‑1 (MQ=255) gtgtgtCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCg > 6:94304/1‑123 (MQ=255) gtgtCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCgcagc > 3:286433/1‑142 (MQ=255) gtgtCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCgcagc < 4:286433/142‑1 (MQ=255) tgtCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCaaa < 7:309794/149‑1 (MQ=255) caccaccaATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAgcgc > 6:206445/1‑149 (MQ=255) accaccaATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCa > 6:62325/1‑119 (MQ=255) accaccaATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCa < 5:62325/119‑1 (MQ=255) ccaccaATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCtt < 2:267063/149‑1 (MQ=255) caccaATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTg > 6:158741/1‑149 (MQ=255) caATCTGGTGTTG‑GTGGGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGAGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTgcgc < 4:80163/149‑1 (MQ=255) caATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTgcgc < 3:246088/149‑1 (MQ=255) caATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTgcgc < 3:241748/149‑1 (MQ=255) aaTCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTgcg > 6:191710/1‑147 (MQ=255) aTCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTGCgcag > 5:18896/1‑149 (MQ=255) tCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTGCgcag > 6:87639/1‑148 (MQ=255) | CGGTTAGAGAGGACGCGCAGTATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCATGATGCTTTACAGCCTGTACTGGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCGCTCCTACAGCGGCCTGTGTCCAACCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAG‑GAGCGGGTTTACCCGCG‑AATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGAAAATTGTCCTGCAGGCCCGGCCCTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGCAGCAGGCCAAAGCGCTTGCGCAG > NC_002947/1455915‑1456205 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |