New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1572471 | 44 (0.820) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 8.3% | coding (593/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
? | NC_002947 | = 1572538 | 47 (0.940) | coding (660/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
CTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGC > NC_002947/1572334‑1572616 | cTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGgcgc < 7:291460/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGgcgc > 2:228272/1‑149 (MQ=255) cTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGgcgc < 8:7133/149‑1 (MQ=255) ggTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTg > 6:254283/1‑149 (MQ=255) gTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCt < 4:147209/147‑1 (MQ=255) aaCACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCTTGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGgcagc < 1:85284/149‑1 (MQ=255) aaCACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCTTGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGgcag > 2:85284/1‑148 (MQ=255) cacGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGgcagc > 3:46500/1‑147 (MQ=255) gCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGc < 2:52071/149‑1 (MQ=255) aCCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTGCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGggtcagcttgagctgttcggccagcgc > 7:77260‑M1/1‑122 (MQ=255) gTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGt < 5:130503/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCTGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGCTGGcc > 8:109452/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGcc > 5:334294/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCg < 6:73558/149‑1 (MQ=255) aTGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGACTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCt > 3:87955/1‑149 (MQ=255) gAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCTGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTgg > 5:333820/1‑149 (MQ=255) ggCCGGTGGACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGGCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAAc < 7:236976/149‑1 (MQ=255) gtACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTc > 1:134171/1‑147 (MQ=255) tACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAg < 2:46344/149‑1 (MQ=255) cTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGgcag > 2:218360/1‑104 (MQ=255) ggTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGAc > 3:39566/1‑149 (MQ=255) tttGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgc < 5:66657‑M2/149‑5 (MQ=255) ttGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGggtcagcttgagctgttcggccagcgcttcggccaccggcatcgccttgctgcccagcgccgccaggctgcc > 3:123450‑M1/1‑77 (MQ=255) aCCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGggtcagcttgagctgttcggccagcgcttcggccaccggcatcgccttgctgcccagcgccgccaggctgcccga < 4:123450‑M1/149‑76 (MQ=255) cccGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTGCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGggtcagcttgagctgttcggccagcgcttcggccaccggcatcgccttgctgcccagcgccgccaggctgcccgag < 8:77260‑M1/149‑77 (MQ=255) ccGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgag < 7:167321‑M2/148‑10 (MQ=255) cTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACAcc > 7:129156/1‑147 (MQ=255) cTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACAcc > 1:223233/1‑147 (MQ=255) gCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTggg < 2:73495/69‑1 (MQ=255) gCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTggg > 1:73495/1‑69 (MQ=255) cAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAgc < 8:129156/148‑1 (MQ=255) cAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAgc < 6:334294/148‑1 (MQ=255) aCTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGAcc > 3:44485/1‑149 (MQ=255) aCTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGAcc < 6:66657/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGc < 6:333820/147‑1 (MQ=255) gcCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCtg > 1:162630/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCtggt > 2:190022/1‑149 (MQ=255) cTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTg < 5:165333/148‑1 (MQ=255) tGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGcc > 2:251189/1‑149 (MQ=255) gTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGc < 5:254283/146‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCt < 2:223233/148‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCt < 1:228272/148‑1 (MQ=255) cTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCgg > 5:308287/1‑148 (MQ=255) tGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTa > 4:99319/1‑149 (MQ=255) aGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTg < 6:98680/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGCCCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTgg > 5:186484/1‑149 (MQ=255) ggTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGt < 4:46500/149‑1 (MQ=255) gTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGtt < 1:251189/149‑1 (MQ=255) ccTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGcc > 7:292965/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGCAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGc < 1:190022/148‑1 (MQ=255) cTCGGGCAGggtcagcttgagctgttcggccagcgcttcggccaccggcatcgccttgctgcccagcgccgccaggctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagaaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgg < 7:167321‑M1/148‑140 (MQ=255) cTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagcaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcggg < 8:77260‑M2/149‑74 (MQ=255) tCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagaaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgggt < 4:123450‑M2/149‑75 (MQ=255) ggCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagaaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgggtcaa > 3:123450‑M2/1‑72 (MQ=255) gCAGggtcagcttgagctgttcggccagcgcttcggccaccggcatcgccttgctgcccagcgccgccaggctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagaaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgggtcaaa < 5:66657‑M1/149‑146 (MQ=255) gCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGc > 5:146836/1‑149 (MQ=255) aGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTg > 6:160209/1‑135 (MQ=255) aGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTg < 5:160209/135‑1 (MQ=255) | CTGGTTGCAACACGCCACCCCGGTGACCCTGGGCATGAAACTGGCCGGTGTACTGGGTGCTTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGC > NC_002947/1572334‑1572616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |