New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1572471 | 44 (0.820) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 8.3% | coding (593/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
? | NC_002947 | = 1572538 | 47 (0.940) | coding (660/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
TTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTG > NC_002947/1572394‑1572686 | tttGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgc < 5:66657‑M2/149‑5 (MQ=255) ccGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgag < 7:167321‑M2/148‑10 (MQ=255) cTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACAcc > 1:223233/1‑147 (MQ=255) cTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACAcc > 7:129156/1‑147 (MQ=255) cAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAgc < 6:334294/148‑1 (MQ=255) cAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAgc < 8:129156/148‑1 (MQ=255) aCTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGAcc < 6:66657/149‑1 (MQ=255) aCTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGAcc > 3:44485/1‑149 (MQ=255) cgcCTGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGc < 6:333820/147‑1 (MQ=255) gcCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCtg > 1:162630/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCtggt > 2:190022/1‑149 (MQ=255) cTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTg < 5:165333/148‑1 (MQ=255) tGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGcc > 2:251189/1‑149 (MQ=255) gTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGc < 5:254283/146‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCt < 2:223233/148‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCt < 1:228272/148‑1 (MQ=255) cTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCgg > 5:308287/1‑148 (MQ=255) tGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTa > 4:99319/1‑149 (MQ=255) aGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTg < 6:98680/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGCCCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTgg > 5:186484/1‑149 (MQ=255) ggTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGt < 4:46500/149‑1 (MQ=255) gTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGtt < 1:251189/149‑1 (MQ=255) ccTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGcc > 7:292965/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGCAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGc < 1:190022/148‑1 (MQ=255) cTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagcaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcggg < 8:77260‑M2/149‑74 (MQ=255) tCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagaaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgggt < 4:123450‑M2/149‑75 (MQ=255) ggCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagaaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgggtcaa > 3:123450‑M2/1‑72 (MQ=255) gCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGc > 5:146836/1‑149 (MQ=255) aGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTg < 5:160209/135‑1 (MQ=255) aGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTg > 6:160209/1‑135 (MQ=255) tGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTggg > 2:238365/1‑148 (MQ=255) ggcggcGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGc > 1:94278/1‑148 (MQ=255) gcggcgCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGc > 6:2547/1‑147 (MQ=255) gcggcgCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGc > 2:59614/1‑147 (MQ=255) gcggcgCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCaa < 2:162630/149‑1 (MQ=255) gcggcgCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCaa < 8:167321/149‑1 (MQ=255) gcggcgCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCaa < 8:292965/149‑1 (MQ=255) agcaAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGa > 1:141254/1‑149 (MQ=255) agcaAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGa < 4:44485/149‑1 (MQ=255) caAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGata > 4:223682/1‑149 (MQ=255) aaGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTCCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGatat < 6:186484/149‑1 (MQ=255) aGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACACTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAATTCGGCCGTGatat > 4:46869/1‑148 (MQ=255) gCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAg > 4:3712/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGa < 6:146836/149‑1 (MQ=255) ggCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTTGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGc < 6:313275/149‑1 (MQ=255) ccGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGGCCTTGCACACCCAGCGCGACCGACTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTTGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCaa < 4:87955/149‑1 (MQ=255) aaGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAAcc < 4:39566/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCctgcccgaggcaccgccgaactgcaggaccagcaggcgcgggcgcagttcctgcaggcgctgacggtggcgggtcaaagcacccagtacaccggccagtttcatgcccagggtcaccggggt > 7:77260‑M2/1‑27 (MQ=255) ccGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCgggg > 3:75027/1‑149 (MQ=255) gAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCgggg > 7:99882/1‑147 (MQ=255) cAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGgt < 6:308287/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGgtgt < 3:99319/149‑1 (MQ=255) aaGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGttt < 2:94278/147‑1 (MQ=255) gACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCaa > 2:291258/1‑121 (MQ=255) aCCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCtt < 1:238365/148‑1 (MQ=255) cccTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCt < 8:99882/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCctgctg > 2:42898/1‑149 (MQ=255) | TTTGACCCGCCACCGTCAGCGCCTGCAGGAACTGCGCCCGCGCCTTCTGGTCCTGCAGTTCGGCGGTGCCTCGGGCAGCCTGGCGGCGCTGGGCAGCAAGGCGATGCCGGTGGCCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTG > NC_002947/1572394‑1572686 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |