New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2884263 | 36 (0.670) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 7.1% | coding (823/927 nt) | PP_2539 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2884322 | 45 (0.880) | coding (882/927 nt) | PP_2539 | LysR family transcriptional regulator |
AGGTGTCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGG > NC_002947/2884117‑2884411 | aGGTGTCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTc < 2:123937/149‑1 (MQ=255) tCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGgc > 2:111480/1‑149 (MQ=255) gTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGGGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGTCGCTCCGGGCGCTga < 2:183785/149‑1 (MQ=255) tCCACTGGCTACCTTTTCACCCTTCCCAACCTTAATGCTGCTTGACTATGACCGCACGTGGGGGGCAGGAATTCCCCGTGCGGTCGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTgagc < 1:271828/149‑1 (MQ=255) tCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCt < 6:345121/144‑1 (MQ=255) tCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCAGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCt > 5:345121/1‑144 (MQ=255) cACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTgagcga < 5:122939/148‑1 (MQ=255) aCTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTgagc < 4:267516/145‑1 (MQ=255) aCTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTgagc > 3:267516/1‑145 (MQ=255) gagaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGGCCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCg < 1:114892/147‑1 (MQ=255) gagaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGCCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGt < 7:176095/148‑1 (MQ=255) gaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCg < 1:207549/149‑1 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCa > 4:15503/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCACGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatg > 5:150344‑M1/1‑115 (MQ=255) cTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCAcc > 8:185962/1‑149 (MQ=255) ccTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGTTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTcgcg > 1:185577/1‑149 (MQ=255) ccTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTcgcg < 3:15503/149‑1 (MQ=255) cTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCgcgg > 7:127046/1‑149 (MQ=255) ctgctTGAAGAAGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGt > 8:103082/1‑148 (MQ=255) gATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTgc < 5:347321‑M2/149‑3 (MQ=255) aCCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggca < 7:148376‑M1/149‑66 (MQ=255) cccGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTgcggcac < 3:3053‑M2/149‑8 (MQ=255) ccGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTgcggcac < 2:179546‑M2/148‑8 (MQ=255) ccGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTgcggcac < 5:135195‑M2/148‑8 (MQ=255) gACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgc < 6:150344‑M1/149‑70 (MQ=255) gCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCtggtgg < 1:179546/148‑1 (MQ=255) aGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGTTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTggagg < 2:185577/149‑1 (MQ=255) ttCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTggag > 8:20572/1‑143 (MQ=255) ttCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTggag < 7:20572/143‑1 (MQ=255) cccGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGAcg > 6:7893/1‑149 (MQ=255) cGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGAcggc > 2:22549/1‑149 (MQ=255) tGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGAcggcgg > 8:71717/1‑149 (MQ=255) cGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGt < 1:111480/149‑1 (MQ=255) t‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGaa < 1:22549/149‑1 (MQ=255) gcggcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAgt < 7:185962/149‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGa < 4:179869/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGaa > 4:27861/1‑142 (MQ=255) cTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGaa < 3:27861/142‑1 (MQ=255) cTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGAc > 1:136051/1‑149 (MQ=255) gcagcGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCAt < 8:127046/149‑1 (MQ=255) cagcGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCAtt < 6:347321/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTc > 1:153640/1‑149 (MQ=255) tGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCg > 5:120255/1‑149 (MQ=255) tgtCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTg > 5:338771/1‑149 (MQ=255) gCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTgcggcaccgccagcgacaccagcaacccgcgctgctcggcaaaggccgccaccgcacggggaatgactgccaccaacgtc < 6:150344‑M2/149‑81 (MQ=255) gTGCCGCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgccagcgacaccagcaacccgcgctgctcggcaaaggccgccaccgcacggggaatgactgccaccaacgtcggg < 3:3053‑M1/149‑143 (MQ=255) gTGCCGCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgccagcgacaccagcaacccgcgctgctcggcaaaggccgccaccgcacggggaatgactgccaccaacgtcgg < 5:135195‑M1/148‑142 (MQ=255) gTGCCGCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgccagcgacaccagcaacccgcgctgctcggcaaaggccgccaccgcacggggaatgactgccaccaacgtcgg < 2:179546‑M1/148‑142 (MQ=255) tGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTgcggcaccgccagcgacaccagcaacccgcgctgctcggcaaaggccgccaccgcacggggaatgactgccaccaacgtcgggt < 7:148376‑M2/149‑85 (MQ=255) gCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTgg > 8:197809/1‑148 (MQ=255) ccGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCa < 6:338771/149‑1 (MQ=255) cGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCtgg > 4:97831/1‑78 (MQ=255) cGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCtgg < 3:97831/78‑1 (MQ=255) cGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAg > 8:207006/1‑149 (MQ=255) gCaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgccagcgacaccagcaacccgcgctgctcggcaaaggccgccaccgcacggggaatgactgccaccaacgtcgggtcatc < 5:347321‑M1/149‑148 (MQ=255) cTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAggg < 6:135195/149‑1 (MQ=255) cTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCACCATTGCTTTCCAGTACGTTGCCGAAGCGCTGGCAgg > 8:261336/1‑148 (MQ=255) | AGGTGTCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGT‑GGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGCTGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGG > NC_002947/2884117‑2884411 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |