New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5165795 = | 45 (0.840) | 4 (0.080) | 4/254 | NT | 7.7% | coding (2085/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
? | NC_002947 | 5165832 = | 53 (1.020) | coding (2048/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
CGAGGTCGCCGGGTCGATCGGGCCGTAGTGCACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACG > NC_002947/5165648‑5165941 | cgAGGTCGCCGGGTCGATCGGGCCGTAGTGCACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGGCCTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTggccg < 1:35707/149‑1 (MQ=255) tggccagaagaccgaagagggagactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtgg < 3:227808‑M1/2‑1 (MQ=255) ggccagaagaccgaagagggcgactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtgg > 7:32441‑M1/147‑148 (MQ=255) gaagaccgaagagggcgactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtGGcc < 1:202908‑M1/4‑1 (MQ=255) gggTCGATCGGGCCGTAGTGCACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGcgc < 2:276539/149‑3 (MQ=255) gaccgaagagggcgactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtGGCCAGCGGCt < 4:234780‑M1/11‑1 (MQ=255) gTCGATCGGGCCGTAGTGCACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGa < 4:18473/149‑1 (MQ=255) gATCGGGCCGTAGTGCACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATc < 7:139509/148‑1 (MQ=255) cACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCt > 5:204442/1‑149 (MQ=255) ccGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTg > 4:23602/1‑149 (MQ=255) ggccgacggccgacCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGc > 3:316333/1‑149 (MQ=255) agcggcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCAt > 3:234780‑M1/107‑148 (MQ=255) gcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATgc > 4:261562‑M1/103‑146 (MQ=255) gcgcttctgggtgcatccatcttcgggcctggggcgcaagcgcccgcagtgggtcatggctgccgagctggtcgaaaccaccaagctgtatgcgcgcatggtGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATgc < 3:261562‑M1/44‑1 (MQ=255) gATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATa > 1:78628/1‑147 (MQ=255) gagCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGttt < 2:237748/149‑1 (MQ=255) gATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGAc > 8:168039/1‑147 (MQ=255) tCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCgg > 3:213861/1‑148 (MQ=255) aGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGc > 1:59423/1‑148 (MQ=255) gCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCAt > 1:181472/1‑149 (MQ=255) caccacCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGa > 2:49116/1‑149 (MQ=255) accaccTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGAc > 7:58329/1‑149 (MQ=255) accTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCa < 8:58329/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCAc > 4:227808/1‑149 (MQ=255) cccGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTg < 2:59423/147‑1 (MQ=255) gcgcTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGtt > 3:77034/1‑115 (MQ=255) gcgcTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGtt < 4:77034/115‑1 (MQ=255) gcTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGgcgc > 3:286959/1‑149 (MQ=255) ttcttcTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCtt > 7:186676/1‑149 (MQ=255) cccAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGccc > 3:261699/1‑148 (MQ=255) ccAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGccc > 1:211016/1‑147 (MQ=255) ccAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGccc > 5:301867/1‑147 (MQ=255) gTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGc > 4:325550/1‑149 (MQ=255) tGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGcc < 2:78628/149‑1 (MQ=255) g‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGaa < 3:23602/149‑1 (MQ=255) g‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGaa < 3:98914/149‑1 (MQ=255) cTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCg > 4:257662/1‑146 (MQ=255) tCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCg > 4:228769/1‑145 (MQ=255) tCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCAAGCGcccgcagt < 2:287336/142‑6 (MQ=255) gAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAgatg > 2:202908/1‑149 (MQ=255) gAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAga < 3:228769/147‑1 (MQ=255) aaaTGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAgatgg < 2:211016/149‑1 (MQ=255) aaTGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAgatgga < 6:301867/149‑1 (MQ=255) gTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCa > 7:55557/1‑149 (MQ=255) tcttctTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCAcc > 4:5405/1‑149 (MQ=255) tcttctTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCAcc > 8:300668/1‑149 (MQ=255) gATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGATCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAgc > 3:79327/1‑149 (MQ=255) gATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGaa < 3:325550/147‑1 (MQ=255) gATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAgc > 2:39206/1‑149 (MQ=255) gATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAgc > 2:33946/1‑149 (MQ=255) aGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGATCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCTCCCAGAAGcgcc < 4:79327/148‑1 (MQ=255) gTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGc < 4:27778/119‑1 (MQ=255) gTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGc > 3:27778/1‑119 (MQ=255) ccggccAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACg < 4:316333/149‑1 (MQ=255) | CGAGGTCGCCGGGTCGATCGGGCCGTAGTGCACCGGCCGACGGCCGACCAGGATCAGCCCGTAGAGCGTGATCTGCTCGTAGGCCACCACCTGCCCGCGCTTCTTCTCCCAGTGCGG‑CTCGAAATGGTTCTTCTTGATCAGGTGGCCGGCCAGCGGCTCGATCCAGTCCGGCTCGATCTTGGCCACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACG > NC_002947/5165648‑5165941 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |