| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 533510 = | NA (NA) | 6 (0.120) | 4/238 | NT | 21.7% | coding (775/1194 nt) | tufA | elongation factor Tu‑A |
| ? | NC_002947 | = 533506 | 24 (0.450) | coding (771/1194 nt) | tufA | elongation factor Tu‑A | |||||
TCGACCAGCCGTTCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTACCAAGCGTGACGACGTTGAGCGTGGCCAGGTTCTGGTCAAGCCAGGTTCGGTCAAGCCGCACACCA > NC_002947/533364‑533654 | tCGACCAGCCGTTCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTg > 5:121360/1‑148 (MQ=32) aCCAGCCGTTCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCAcc > 6:178931/1‑149 (MQ=32) cGTTCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGtt < 7:129028/149‑1 (MQ=32) ttCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTga < 6:99923/149‑1 (MQ=32) ttCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTga < 5:43177/149‑1 (MQ=32) cGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCtgcaccggtgttgagatgttccgcaag < 1:228845‑M2/149‑28 (MQ=255) cGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCtgcaccggtgttgagatgttccgcaag < 1:293844‑M2/149‑28 (MQ=255) gATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGc > 2:176588/1‑148 (MQ=32) gATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGc > 5:219713/1‑148 (MQ=32) aTCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGc > 4:268628/1‑147 (MQ=32) aaGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCtgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctg > 2:228845‑M2/1‑116 (MQ=255) aaGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCtgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctg > 2:293844‑M2/1‑116 (MQ=255) gATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAgg < 6:219713/147‑1 (MQ=32) gggTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTc < 1:39240/143‑1 (MQ=32) tGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCtgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaact < 5:210867‑M2/149‑59 (MQ=255) ccGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGGGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTgc < 5:102834/149‑1 (MQ=17) ggTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTctgct < 6:121360/149‑1 (MQ=32) gTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTgcggc < 3:141328/140‑1 (MQ=32) gTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTgcggc > 4:141328/1‑140 (MQ=32) tCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCtgctgc > 3:23257/1‑149 (MQ=32) tCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCtgctgc > 2:141601/1‑149 (MQ=32) tATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTg < 5:121934/149‑1 (MQ=32) aTCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGGACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTgg > 2:187649/1‑149 (MQ=17) gAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGCAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGACAACAGCGGCGTTCTGCTGCGTCGTa > 2:69535/1‑148 (MQ=255) aGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTAcc < 4:23257/149‑1 (MQ=32) aGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTAc > 4:61023/1‑148 (MQ=32) tGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTACCAAGc < 1:69535/149‑1 (MQ=32) tGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTACCAAGc > 3:101220/1‑149 (MQ=32) ggCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTACCAAGCg > 4:31435/1‑149 (MQ=32) tCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTACCAAGCGTgac < 1:141601/149‑1 (MQ=32) aTCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCtgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaa > 6:210867‑M2/1‑30 (MQ=255) caccaccaccacCtgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagc < 5:189212‑M2/149‑137 (MQ=255) caccaccaccacCtgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgccggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagc < 4:159868‑M2/149‑137 (MQ=255) accaccaccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagcc > 7:40057‑M2/1‑12 (MQ=255) accaccaccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagcc > 1:37137‑M2/1‑12 (MQ=255) accaccaccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagcc < 6:232412‑M2/149‑138 (MQ=255) caccaccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccg < 3:31672‑M2/148‑139 (MQ=255) accaccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgca > 4:57219‑M2/1‑9 (MQ=255) caccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcgttcaagccgcac < 6:322875‑M2/148‑142 (MQ=255) caccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcaca < 3:243246‑M2/149‑143 (MQ=255) ccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacacc > 4:131747‑M2/1‑5 (MQ=255) ccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacac < 1:209049‑M2/148‑144 (MQ=255) ccacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggt < 8:124112‑M2/121‑117 (MQ=255) cacctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacacc < 4:191990‑M2/148‑145 (MQ=255) acctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacaccaa > 7:154371‑M2/1‑3 (MQ=255) acctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacacc < 5:133964‑M2/147‑145 (MQ=255) cctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacaccaag > 5:161828‑M2/1‑2 (MQ=255) ctgcaccggtgttgagatgttccgcaagctgctggacgaaggtcgtgctggcgagaactgcggcgttctgctgcgtggtaccaagcgtgacgacgttgagcgtggccaggttctggtcaagccaggttcggtcaagccgcacaccaagt < 2:240257‑M2/149‑149 (MQ=255) | TCGACCAGCCGTTCCTGATGCCGATCGAAGACGTGTTCTCGATCTCGGGTCGTGGTACCGTTGTTACCGGTCGTATCGAGCGTGGCATCGTCCGCGTTCAGGATCCGCTGGAAATCGTTGGTCTGCGTGACACCACCACCACCACCTGCACCGGTGTTGAGATGTTCCGCAAGCTGCTGGACGAAGGTCGTGCTGGCGAGAACTGCGGCGTTCTGCTGCGTGGTACCAAGCGTGACGACGTTGAGCGTGGCCAGGTTCTGGTCAAGCCAGGTTCGGTCAAGCCGCACACCA > NC_002947/533364‑533654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |