New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2646981 = | 46 (0.850) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.8% | coding (333/2499 nt) | PP_2316 | ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 2647029 = | 39 (0.780) | coding (285/2499 nt) | PP_2316 | ABC transporter permease |
GTTCGACCCACACTTCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCATGGCGCCGTTTAGGC > NC_002947/2646881‑2647177 | gTTCGACCCACACTTCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGAcc < 4:66493/149‑1 (MQ=255) gtactgcagggcagcgcgccggcccgcgagcaacagctcgatgccggcaaggcactgggcttgcgccatgcacgcgtggtcgagttcaccagcgtgGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCCGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCAc > 3:140631‑M1/97‑147 (MQ=255) aCCCACACTTCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCt > 2:112686/1‑149 (MQ=255) cacaCTTCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGt < 6:171308/149‑1 (MQ=255) acacTTCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGt > 2:212874/1‑148 (MQ=255) ttCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACt > 3:118012/1‑149 (MQ=255) cGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTc < 1:67819/148‑1 (MQ=255) ccAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGAc < 2:188937/149‑1 (MQ=255) cAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGAcc > 4:197823/1‑149 (MQ=255) ggggCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCTGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCAc < 1:10291/149‑1 (MQ=255) ggCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCAcgc < 5:291371/149‑1 (MQ=255) ggCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCAcgc < 3:197823/149‑1 (MQ=255) aGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTg > 3:237585/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGACCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCa > 6:189628/1‑149 (MQ=255) gtgtTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGccc < 7:188880/149‑1 (MQ=255) tgtTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGcc > 3:144308/1‑147 (MQ=255) tgtTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCa < 6:104574/149‑1 (MQ=255) tcttcGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGACACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGt < 1:212874/148‑1 (MQ=255) cATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCg > 3:200525/1‑149 (MQ=255) tGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGa < 4:327835/149‑1 (MQ=255) ggAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTg > 5:272342/1‑149 (MQ=255) gAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGcaac < 2:87262/149‑4 (MQ=255) tACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCggg > 3:186580/1‑149 (MQ=255) ttGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCg > 5:291832/1‑149 (MQ=255) ggTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTg < 5:189628/148‑1 (MQ=255) gTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCa < 4:118012/149‑1 (MQ=255) gTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACACGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCa < 4:93769/149‑1 (MQ=255) ggCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGt < 8:256583/148‑1 (MQ=255) gtggtcggcggcgacaatggcatccggctgtccagcgtaaaggccgccgacCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTAc > 3:140631‑M2/52‑147 (MQ=255) cGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGgc > 1:206842/1‑128 (MQ=255) cGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGgc < 2:206842/128‑1 (MQ=255) cGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTAc > 6:344111/1‑145 (MQ=255) gtcggcggcgacaatggcatccggctgtccagcgtaaaggccgccgacCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGAt < 4:140631‑M2/101‑1 (MQ=255) cggcggcgacaatggcatccagctgtccagcgtaaaggccgccgacCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTAc > 1:156808‑M2/47‑142 (MQ=255) CGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCg > 4:186580‑M1/1‑149 (MQ=255) GCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGGCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGcc > 7:279276‑M1/1‑149 (MQ=255) cTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGcc > 4:140443/1‑147 (MQ=255) aGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGc < 6:277973/112‑1 (MQ=255) aGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGc < 4:60155/112‑1 (MQ=255) aGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGgc > 7:82114/1‑149 (MQ=255) tGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGgcgcg > 6:144986/1‑149 (MQ=255) gATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCg > 2:127849/1‑139 (MQ=255) gATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCg < 1:127849/139‑1 (MQ=255) cATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTg > 8:133557/1‑148 (MQ=255) cATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTg > 1:50423/1‑148 (MQ=255) aTTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCa > 4:220165/1‑149 (MQ=255) ttGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCAt < 1:112686/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCAt < 4:200525/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCATGgc < 4:144308/149‑1 (MQ=255) gccgccgacCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCATGgcgc < 2:50423‑M2/140‑1 (MQ=255) cgacCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCATGGCGCCGttt < 6:149672‑M2/145‑1 (MQ=255) cACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCATGGCGCCGTTTAggc > 7:192669/1‑149 (MQ=255) | GTTCGACCCACACTTCGCCAGGGGCAGGGCCGCCGCCGGGTGTTTCTTCGGCATAAGGTGCCGGAGCGCTGCGTACTTGCCCGCGCAATGGGTAGGCGCCGTCGGCGGCCTTTACGCTGGACAGCTGGATGCCATTGTCGCCGCCGACCACGCTGGTGA‑ACTCGACCACGCGTGCATGGCGCAAGCCCAGTGCCTTGCCGGCATCGAGCTGTTGCTCGCGGGCCGGCGCGCTGCCCTGCAGTACCAGATCGGCGCCCAGAAACTCGCTGGCGCGCAGCTGCATGGCGCCGTTTAGGC > NC_002947/2646881‑2647177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |