New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2746917 = | 60 (1.110) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 5.4% | coding (852/1287 nt) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | 2746963 = | 47 (0.910) | coding (806/1287 nt) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
GGTATCGCTGCTGCCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGG > NC_002947/2746815‑2747106 | ggTATCGCTGCTGCCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCa < 3:38117/149‑1 (MQ=255) gTATCGCTGCTGCCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAg > 5:221652/1‑149 (MQ=255) gTATCGCTGCTGCCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAg < 6:308989/149‑1 (MQ=255) caaaccccgatcactcgcatgaagttgcgggtcgaagtgatggatgggggggtcgaaagggacaagttcgggagcgacctggatgaaatggaacacctGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGgtg > 3:95349‑M1/99‑149 (MQ=255) gctgctGCCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGgtgt < 7:219417/148‑1 (MQ=255) ctgcCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCa < 8:78346/148‑1 (MQ=255) ctgcCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCAt < 2:265389/149‑1 (MQ=255) ctgcCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCAt < 1:95255/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCAttt > 2:324230/1‑148 (MQ=255) cGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCa < 8:276047/149‑1 (MQ=255) cGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCa < 6:10467/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCa > 4:261018/1‑147 (MQ=255) tGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCa < 3:261018/147‑1 (MQ=255) cTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGt < 8:296921/149‑1 (MQ=255) cTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCGGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGt < 2:266189/149‑1 (MQ=255) tCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTc > 4:156991/1‑149 (MQ=255) gccgcTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGGTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACt < 7:4735/149‑1 (MQ=255) cTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCtt < 7:121055/148‑1 (MQ=255) gAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCt > 6:311712/1‑149 (MQ=255) aaTACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGAccccc < 2:161753/147‑1 (MQ=255) aaTACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGAccccc > 1:161753/1‑147 (MQ=255) ccAGTCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTcatcc < 3:207567/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGATGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCGAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTcatcc < 1:105389/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTcatcca > 3:270334/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGAccccc < 8:274971/139‑1 (MQ=255) gCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGAccccc > 7:274971/1‑139 (MQ=255) tCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACtt < 1:112654/148‑1 (MQ=255) gagaAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGACATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGa > 8:200648/1‑149 (MQ=255) aGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCg > 3:258531/1‑148 (MQ=255) aTCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACt > 6:249761/1‑149 (MQ=255) aTCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTCTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTGCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTATCGACCCCCTCATCCATCACATCGACCCGCACCt > 7:151350/1‑149 (MQ=255) aGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCAt < 6:221652/149‑1 (MQ=255) gTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAg > 4:236497/1‑69 (MQ=255) gTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAg < 3:236497/69‑1 (MQ=255) gTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCAc < 1:173416/129‑1 (MQ=255) gTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCAc > 2:173416/1‑129 (MQ=255) gTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGc > 4:123943/1‑149 (MQ=255) ttGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGc > 3:94611/1‑148 (MQ=255) aCCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGt > 3:295618/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGa > 2:181124/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGa > 2:60852/1‑149 (MQ=255) gTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGt < 1:60852/149‑1 (MQ=255) gTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCATCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGt > 2:22015/1‑149 (MQ=255) tCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGtt > 7:274520/1‑149 (MQ=255) cacctggtgcgcgaaggcgtggcgtatgcccgcagcatggacagcagcaccAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCCCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTg > 3:95349‑M2/52‑149 (MQ=255) ttCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGa < 6:93679/133‑1 (MQ=255) ttCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCACTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTg > 4:67986/1‑147 (MQ=255) ggtgcgcgaaggcgtggcgtatgcccgcagcatggacagcagcaccAGGTGGTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGAc > 6:204283‑M2/47‑114 (MQ=255) ggtgcgcgaaggcgtggcgtatgcccgcagcatggacagcagcaccAGGTGCTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGAc < 5:204283‑M2/68‑1 (MQ=255) GTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTc > 4:270334‑M1/1‑149 (MQ=255) CTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTg > 4:295618‑M1/1‑149 (MQ=255) ctgTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTggg < 6:143539/148‑1 (MQ=255) tCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGaaa < 1:324230/148‑1 (MQ=255) cATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATg < 3:156991/148‑1 (MQ=255) cGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGCCCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAg > 4:30724/1‑149 (MQ=255) cGGACATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCa < 7:200648/148‑1 (MQ=255) ccacgccTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCa < 2:2335/117‑1 (MQ=255) ccacgccTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCa > 1:2335/1‑117 (MQ=255) cgcgCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCt < 8:274520/147‑1 (MQ=255) cgcACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAg < 5:311712/149‑1 (MQ=255) gcaccAGGGGCTCCATTTCATCCAGGACTCTCCCGAACTTGTCCCATTCGACCCCCTCATCCATCACATCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAgg < 4:249741‑M2/144‑1 (MQ=255) | GGTATCGCTGCTGCCGTGGCGCTCGACCTGGGCGCCGCTGTCCTGGTAGTCGAATACCAGGCTGTCGAGAAAGGCATCAAGGTTGACCCGGCAGGTCGCTTCGGTGCTGCTGTCCATGCTGCGGGCATACGCCACGCCTTCGCGCACCAGGTGTTCCATTTCATCCAGGTCGCTCCCGAACTTGTCCCTTTCGACCCCCTCATCCATCACTTCGACCCGCAACTTCATGCGAGTGATCGGGGTTTGCAGGTCGTGGGAAATGGCCGCCAGCAACTGCATGCGTTCCTTGAGG > NC_002947/2746815‑2747106 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |