New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3249435 = | 59 (1.100) | 4 (0.080) | 4/254 | NT | 7.1% | coding (1055/1704 nt) | ureC | urease subunit alpha |
? | NC_002947 | 3249516 = | 48 (0.930) | coding (1136/1704 nt) | ureC | urease subunit alpha |
GTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGT > NC_002947/3249368‑3249657 | gTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCa < 6:222508/149‑1 (MQ=255) tGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCAc < 3:257688/149‑1 (MQ=255) gCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCAcc < 2:249920/148‑1 (MQ=255) cTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCAc > 6:64284/1‑145 (MQ=255) cTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGa < 5:64284/149‑1 (MQ=255) gCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATg > 3:102145/1‑147 (MQ=255) gCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGaa < 5:119043/149‑1 (MQ=255) gttgtcgctgtacggggtgtccggtgccagcggcccgcgacgcagcttcatctggtGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCAc > 6:13977‑M1/57‑139 (MQ=255) gttgtcgctgtacggggtgtccggtgccagcggcccgcgacgcagcttcatctggtGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCAc < 5:13977‑M1/83‑1 (MQ=255) aCGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTc > 6:207624/1‑149 (MQ=255) atgcgccgcGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCgg < 7:72522/146‑1 (MQ=255) tCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGc > 7:145337/1‑149 (MQ=255) gccgcGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCg > 2:323656/1‑149 (MQ=255) cgcgAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCt < 1:323656/149‑1 (MQ=255) gAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGc < 3:234266/149‑1 (MQ=255) ccATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCg > 1:183242/1‑149 (MQ=255) ccATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCg < 5:107748/149‑1 (MQ=255) gCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGaca < 3:54906/148‑1 (MQ=255) ccGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACAcccc < 4:102145/148‑1 (MQ=255) ccGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCg < 8:145337/149‑1 (MQ=255) ccGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCg < 8:294580/149‑1 (MQ=255) gAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTa > 3:207714/1‑149 (MQ=255) ggACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACa < 1:54203/149‑1 (MQ=255) ggACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACa < 6:76666/149‑1 (MQ=255) aCATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGc < 7:198069/149‑1 (MQ=255) aCATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCgg < 5:207624/149‑1 (MQ=255) gtgcgccacctgccaggtgcgcagcaccacctcgccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatggcaaaggcgcACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAAc > 6:13977‑M2/84‑139 (MQ=255) gtgcgccacctgccaggtgcgcagcaccacctcgccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatggcaaaggcgcACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAAc < 5:13977‑M2/56‑1 (MQ=255) ggCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTc > 3:129405/1‑147 (MQ=255) GCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAg > 1:328840‑M1/1‑149 (MQ=255) gccacctgccaggtgcgcagcaccacctcgccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatggcaaaggcgcACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAgcg > 4:115959‑M2/80‑149 (MQ=255) GCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAgcg < 2:232216‑M1/149‑1 (MQ=255) cATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCg > 2:147561/1‑149 (MQ=255) cATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCg > 5:237451/1‑149 (MQ=255) aTGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACCCCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTCCATCGc > 4:168689/1‑149 (MQ=255) gACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGcc > 3:266455/1‑148 (MQ=255) cTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTAc > 5:341121/1‑139 (MQ=255) cTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTAc < 6:341121/139‑1 (MQ=255) cTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAg > 5:341021/1‑148 (MQ=255) tCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTcgcg > 6:109310/1‑85 (MQ=255) tCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTcgcg < 5:109310/85‑1 (MQ=255) gTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTa < 1:232216/147‑1 (MQ=255) cGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCaa > 2:76153/1‑141 (MQ=255) cGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCaa < 1:76153/141‑1 (MQ=255) acctcgccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatggcaaaggcgcACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCaa < 3:115959‑M2/94‑1 (MQ=255) ggCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGCCAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCAACAACCCgg > 8:142687/1‑149 (MQ=255) tgagtgCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCAc < 6:182206/144‑1 (MQ=255) gCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGCACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCAcc < 8:181427/149‑1 (MQ=255) cGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCa < 2:282130/149‑1 (MQ=255) tgctgcGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCAcc < 5:84258/131‑1 (MQ=255) tgctgcGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCAcc > 6:84258/1‑131 (MQ=255) cgcACCTGGCAGGTGGTGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATgg < 5:137413/131‑1 (MQ=255) cgcACCTGGCAGGTGGAGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATgg > 6:137413/1‑131 (MQ=255) gcACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGc < 4:266455/149‑1 (MQ=255) aCCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTc < 4:129405/149‑1 (MQ=255) gcTGGCAGTGGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGGCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCg < 4:207714/148‑1 (MQ=255) cTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCgg > 3:262509/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCgg < 6:341021/149‑1 (MQ=255) ggCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTg > 1:202429/1‑149 (MQ=255) gCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTg < 4:262509/148‑1 (MQ=255) aCCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGt > 5:300042/1‑142 (MQ=255) aCCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACAGCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGt < 6:300042/142‑1 (MQ=255) | GTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCCGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGTACACCATCAACCCGGCACTCACCCATGGCATCGGTCACGAAGTGGGCTCGGTGGAGGT > NC_002947/3249368‑3249657 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |