New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3625930 = | 39 (0.720) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 7.3% | coding (573/939 nt) | PP_3196 | nodulation protein d1 |
? | NC_002947 | 3625996 = | 39 (0.750) | coding (507/939 nt) | PP_3196 | nodulation protein d1 |
AAGCCGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGATCATCTCGAAGGTAATCTGCGGCGCCTC > NC_002947/3625850‑3626139 | aaGCCGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATc > 8:280316/1‑149 (MQ=255) aaGCCGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATc < 7:58496/149‑1 (MQ=255) aGCCGTACTTGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTTTCAGATTCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCt < 1:299246/149‑1 (MQ=255) aGCCGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCt > 1:24768/1‑149 (MQ=255) ccGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTc < 1:165024/149‑1 (MQ=255) cgaggtcgacatgatgatcgtgcccgagcgctatctcatcgagggccatccggcgcagctgctgttcgaggaagatCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTcc > 5:86162‑M1/77‑149 (MQ=255) cGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTcc > 2:36266/1‑149 (MQ=255) cGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTcc < 1:36266/149‑1 (MQ=255) gTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAAca < 7:280316/149‑1 (MQ=255) aCCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTgc < 7:200695/149‑1 (MQ=255) cTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGAt > 1:132447/1‑149 (MQ=255) ccgagcgctatctcatcgagggccatccggcgcagctgctgttcgaggaagatCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCtt < 6:307614‑M1/71‑1 (MQ=255) tCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTc > 1:262039/1‑148 (MQ=255) gTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATga < 2:24768/149‑1 (MQ=255) tGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGAt > 3:282068/1‑146 (MQ=255) tGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATgag < 3:304681/149‑1 (MQ=255) gTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAgc < 2:262039/149‑1 (MQ=255) ttGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAgcg > 8:59989/1‑149 (MQ=255) gCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGCACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCTCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCgg < 7:163854/149‑1 (MQ=255) aCCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGatcat > 2:76673/1‑149 (MQ=255) ggaagatcatgtctgcgtggtgtggcgcgacaaccccgaggtgggcgagcatctgacacttgagcagtacatgATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTcg > 5:86162‑M2/74‑149 (MQ=255) ccATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTcg > 1:192615/1‑149 (MQ=255) cATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTcgc > 4:16587/1‑149 (MQ=255) aagatcatgtctgcgtggtgtggcgcgacaaccccgaggtgggcgagcatctgacacttgagcagtacatgATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCgg < 6:307614‑M2/53‑1 (MQ=255) gCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCcgcg > 7:29334/1‑148 (MQ=255) CATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCgcgc > 8:15905‑M1/1‑148 (MQ=255) GTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCAt < 8:127100‑M1/147‑1 (MQ=255) cgtggtgtggcgcgacaaccccgaggtgggcgagcatctgacacttgagcagtacatgATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCaa < 6:86162‑M2/90‑1 (MQ=255) tCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTAGCGCCACACAACGCAGACATGATCTTCATCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGCCATCGCCGCGCATCAGCAATTc > 4:112066/1‑149 (MQ=255) acAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACAACGCAGACATGATATTCCTAGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCCATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTc > 3:132950/2‑149 (MQ=255) aaGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCgg > 3:111432/1‑149 (MQ=255) aGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGgc < 2:192615/149‑1 (MQ=255) aGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGgc > 2:20666/1‑149 (MQ=255) gATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTg > 8:193377/1‑149 (MQ=255) gCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGat > 6:225761/1‑103 (MQ=255) gCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGat < 5:225761/103‑1 (MQ=255) gCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCg > 4:196685/1‑149 (MQ=255) tCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGcc > 2:63196/1‑149 (MQ=255) tCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGAGCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGcc > 3:215/1‑149 (MQ=255) cGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCt > 7:109348/1‑149 (MQ=255) cACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGc < 8:29334/149‑1 (MQ=255) cTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGa > 1:200519/1‑149 (MQ=255) ggggTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTg > 7:256833/1‑133 (MQ=255) ggggTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTg < 8:256833/133‑1 (MQ=255) gggTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGc > 4:315182/1‑136 (MQ=255) gggTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGc < 3:315182/136‑1 (MQ=255) tCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGATCATCTCGaa < 1:76673/149‑1 (MQ=255) tCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGATCATCTCGa < 1:20666/148‑1 (MQ=255) gcCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCACCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGa > 7:177783/1‑135 (MQ=255) gcCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCACCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGa < 8:177783/135‑1 (MQ=255) catgATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGTCGCTACTGTCGCCTGGGCCGATCATCTCGAAGGTAATCTGCGGCGcctc < 7:193377‑M2/144‑1 (MQ=255) | AAGCCGTACTGGTTCATGAACCAGTCCTCGATGCTCAAGTGACGGTTGCGGCCAAAGCCTACCGAGATGTGGCCCATCTGCATGTACTGCTCAAGTGTCAGATGCTCGCCCACCTCGGGGTTGTCGCGCCACACCACGCAGACATGATCTTCCTCGAACAGCAGCTGCGCCGGATGGCCCTCGATGAGATAGCGCTCGGGCACGATCATCATGTCGACCTCGCCGCGCATCAGCAATTCGGCGCTACTGTCGCCTGGGCCGATCATCTCGAAGGTAATCTGCGGCGCCTC > NC_002947/3625850‑3626139 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |