| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3242761 = | 137 (1.220) | 3 (0.030) | 3/482 | 12.7 | 2.2% | coding (554/1488 nt) | uxaA | altronate hydrolase |
| ? | NC_000913 | 3242787 = | 134 (1.240) | coding (528/1488 nt) | uxaA | altronate hydrolase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GCAGTAATACCAGAAAGACCGTCAGAACCACCGCACTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAGGTGTGGCTGAAGAGGAACACGCCGTCAGTACCTTCGGCGTTGTTGGTCTCTTTCAGAAAACGGTTCTGGATCTGCCGCGCGATGCCGTTGACACAGCCCACGGTTGGCAGGATCCACAGCTCATTACGCACCCCGACATCGCCGTTAGCGCGACGATAGATCTGCACTTCACGATCTGCCGCTTGCGCAGGCAGATCCTGAAAATCAGGTTGATAGCGATACTGATCCAGATCGCTCAGATTCGTGCGCGTATTG > NC_000913/3242491‑3243081 | gCAGTAATACCAGAAAGACCGTCAGAACCACCGCACTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTAt > 1:142949/1‑301 (MQ=255) aaaaggtggaaGAACGTCAGAACCACAGAACCACAAACAAAACTTCAGTTGTCGGAGTTTGCATGGATCGCGTTTTTCGTTGCGCGTCTAGTTATAGAGCCGATTCAAATGCACGATGCCGGGTTTGATCTCATCATCCGTCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCATGAGCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCGAGACCAATCACCAGAACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAAtg < 1:401393/292‑1 (MQ=255) aaTACCAGAAAGACCGTCAGAACCACCGCACTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATNAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAAtg < 1:1012034/301‑1 (MQ=255) aaTACCAGAAAGACCGTCAGAACCACCGCACTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAAtg < 1:1040160/301‑1 (MQ=255) cGTCAGAACCACCGCACTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGCTCGTCGCCCAg > 1:626938/1‑301 (MQ=255) cTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCATCATGTTTTGCAGCCTGGTGCGGGTCGTAATGTGATCGTCGCCCCGCTGTGAGCAGCCGTAg > 1:344324/1‑301 (MQ=255) cTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAg > 1:240547/1‑301 (MQ=255) cTCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTAGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGAAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAg > 1:680078/1‑301 (MQ=255) tacgcacgaaaCTTCAGTTCGGCGATTTTGCCTTGCTTCCGATTATCGGTGCGCATCACGTTATACAGCTGGTGCAAATGCGCGATTCCTGCTTCGATCTCTTCATCCTGCTGTGGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGAGCGATATCGCCCAGCGTATCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTGGCAGCAGGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAgg < 1:84427/293‑1 (MQ=255) tCCAGACCAAACTTCAGTTCGCTGAGTTTGCCTGGCTCGCGTTTATCGTTGCGCATCACGTTATACAGCTGATGCAAATGCTCGATTCCGGCTTCGATCTCATCATCCTGCTGTTGGCAGATCATGAAATGAACGCGTTCAGGATCGATATCGCCCAGCGTTTCACGGAATGCGGCAACCTGGTTGTTTTCACAGCCCAGACCAATCACCAGCACTGCGCCTGCGTTCGGGTGGCGCACCATGTTTTGCAGCATGGTGCGGGTATTAATGTGATCGTCGCCCAGCTGTGAGCAGCCGTAgg < 1:947158/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |