| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 65368 = | 276 (0.920) | 20 (0.080) | 13/134 | NT | 7.8% | intergenic (+200/+55) | adhD/USA300HOU_RS00280 | Putative alcohol dehydrogenase D/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 65401 = | 242 (0.970) | intergenic (+233/+22) | adhD/USA300HOU_RS00280 | Putative alcohol dehydrogenase D/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CTTAACAATGATTTACAAACAATTATTAATCATTATCTATCAAAATGAAAACTATATTCTAATAAAACTAGAGCATCCTTCACTTTTGCGGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/65470‑65368‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgaaggatgctcTAGTTTTATTAGAATATAGTTTTCATTTTGATAGATAATGATTAATAATTGTTTGTAAATCATTGTTAAGTACCGTTGTAATAGAGTCAT > USA300TCH1516_ALE/65401‑65490 CTTAACAATGATTTACAAACAATTATTAATCATTATCTATCAAAACGAAAACTATATTCTAATAAAACTAGAGCATCCTTCACTTTTGCGG > 2:5679630/1‑91 TTAACAATGATTTACAAACAATTATTAATCATTATCTATCAAAATGAAAACTATATTCTAATAAAACTAGAGCATCCTTCACTTTTGCGGT < 2:2666429/91‑1 TTAACAATGATTTACAAACAATTATTAATCATTATCTATCAAAATGAAAACTATATTCTAATAAAACTAGAGCATCCTTCACTTTTGCGGT > 1:3945572/1‑91 TAACAATGATTTACAAACAATTATTAATCATTATCTATCAAAATGAAAACTATATTCTAATAAAACTAGAGCATCCTTCACTTTTGCGGTG > 1:387686/1‑91 TAACAATGATTTACAAACAATTATTAATCATTATCTATCAAAATGAAAACTATATTCTAATAAAACTAGAGCATCCTTCACTTTTGCGGTG > 2:523982/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |