| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 118853 = | 362 (1.210) | 17 (0.070) | 10/140 | NT | 5.7% | intergenic (+401/+92) | norB_1/USA300HOU_RS00550 | Quinolone resistance protein NorB/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 118888 = | 248 (0.950) | intergenic (+436/+57) | norB_1/USA300HOU_RS00550 | Quinolone resistance protein NorB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AAATTTAATTTTTACTGTCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/118952‑118853‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggctttttACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAGACAGTAAAAATTAAATTTCAGTTGTTGCAATTTCTTCATCTGT > USA300TCH1516_ALE/118888‑118977 AAATTTAATTTTTACTGTCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAATGTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGT > 2:5690303/1‑91AAATTTAATTTTTACTGTCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGT > 1:1252657/1‑91AAATTTAATTTTTACTGTCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGT < 2:2114338/91‑1AAATTTAATTTTTACTGTCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGT < 1:2459744/91‑1 AATTTAATTTTTACTGTCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCACAATTCATGGGTT > 2:3723877/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |