New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 118853 = | 362 (1.210) | 17 (0.070) | 10/140 | NT | 5.7% | intergenic (+401/+92) | norB_1/USA300HOU_RS00550 | Quinolone resistance protein NorB/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 118888 = | 248 (0.950) | intergenic (+436/+57) | norB_1/USA300HOU_RS00550 | Quinolone resistance protein NorB/hypothetical protein |
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
AGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAGACAGTAAAAATTAAATTTCAGTTGTTGCAATTTCTTCATCTGTA > USA300TCH1516_ALE/118798‑118978 | cATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACa < 1:4539341/91‑1 (MQ=255) cATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACa < 1:26867/91‑1 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 1:4141235/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 1:5457253/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 1:912817/1‑91 (MQ=255) ttattaTATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATg < 1:1680889/91‑1 (MQ=255) tattatATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTATACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGc > 2:4819492/1‑91 (MQ=255) tattatATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGc > 1:2351369/1‑91 (MQ=255) tataTCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATc < 1:5052461/91‑1 (MQ=255) tataTCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATc > 1:1606921/1‑91 (MQ=255) tataTCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATc > 1:1943340/1‑91 (MQ=255) atatCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCt > 2:4336548/1‑91 (MQ=255) tCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGaa > 2:3054003/1‑91 (MQ=255) tCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGaa > 2:14083/1‑91 (MQ=255) 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ataGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑tt < 2:2464853/91‑1 (MQ=255) ataGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑tt > 1:3955532/1‑91 (MQ=255) taGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑ttt > 2:3552505/1‑91 (MQ=255) taGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑tat < 2:4573480/91‑3 (MQ=255) aGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑tttt < 1:518466/91‑1 (MQ=255) aGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑tttt < 1:4696493/91‑1 (MQ=255) gCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTa > 2:1335998/1‑91 (MQ=255) gCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTa > 2:3297203/1‑91 (MQ=255) gCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTa > 1:1026628/1‑91 (MQ=255) aTTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTaaaaa < 1:5392389/91‑1 (MQ=255) aTTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTaaaaa < 2:4182991/91‑1 (MQ=255) attAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTaaaaaa > 2:770255/2‑91 (MQ=255) ttAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTaaaaaaa < 1:1509583/91‑1 (MQ=255) tAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAat > 2:2159893/1‑91 (MQ=255) aaGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAAACCATGAATGTTGTATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTATAA‑TTTAAAAAAAata < 2:2417687/91‑1 (MQ=255) aGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAatat < 1:5651531/91‑1 (MQ=255) aGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACACATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAatat > 1:5820392/1‑91 (MQ=255) gATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATg < 1:245731/91‑1 (MQ=255) gATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATg < 1:3075612/91‑1 (MQ=255) gATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATg < 2:2845307/91‑1 (MQ=255) gATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCAACTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATg > 2:3848962/1‑91 (MQ=255) taataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGaa < 1:1831113/91‑1 (MQ=255) taataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGaa > 2:5456848/1‑91 (MQ=255) ataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCTAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAata < 1:5541463/91‑1 (MQ=255) ataaATTTTGCGAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAata < 1:847742/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATataaa < 1:3478780/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATataaa > 2:1123834/1‑91 (MQ=255) ttttGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATataaat > 1:593290/1‑91 (MQ=255) tGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAg < 2:675534/91‑1 (MQ=255) gCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAGa > 2:2572293/1‑91 (MQ=255) gCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAA‑TTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAGa > 2:3780925/1‑91 (MQ=255) gCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTATAA‑AAATAAAAAAATATGAATATAAATAAGa < 2:4022434/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |