| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 118853 = | 362 (1.210) | 17 (0.070) | 10/140 | NT | 5.7% | intergenic (+401/+92) | norB_1/USA300HOU_RS00550 | Quinolone resistance protein NorB/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 118888 = | 248 (0.950) | intergenic (+436/+57) | norB_1/USA300HOU_RS00550 | Quinolone resistance protein NorB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 452 total aligned reads displayed.
GAACAGTGTCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAGACAGTAAAA > USA300TCH1516_ALE/118763‑118943 | acagatgaagaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaaaattagagattcagatgcatgta < 1:2076508‑M1/1‑1 (MQ=255) cagatgaagaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaatattagagattcagatgcatgtaa < 2:3655459‑M1/2‑1 (MQ=255) agatgaagaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatattattttaaaattagagattcagatgcatgtaaa > 2:5057620‑M1/89‑91 (MQ=255) aCAGTGTCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACaaaa > 1:2172383/1‑91 (MQ=255) gatgaagaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaaaattagagattcagatgcatgtaaaa < 1:2768013‑M1/4‑1 (MQ=255) aGTGTCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACaaaaaa < 2:568643/91‑1 (MQ=255) gtgtCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCATTGATTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTCACCAAAAAAg > 2:2127857/1‑91 (MQ=255) tgtCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGCAGCGTTATTATATCATTGTCTATAGCGGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAGAACGc > 2:1257634/1‑91 (MQ=255) tgtCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGc > 2:4794454/1‑91 (MQ=255) gaagaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaaaattagagattcagatgcatgtAAAAAGc > 2:554641‑M1/85‑91 (MQ=255) gtCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGcc > 1:5747729/1‑91 (MQ=255) gtCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGcc > 1:4401523/1‑91 (MQ=255) gtCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGcc < 2:459919/91‑1 (MQ=255) aagaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaaaattagagattcagatgcatgtAAAAAGcc < 1:1257634‑M1/8‑1 (MQ=255) tCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCa > 1:1804547/1‑91 (MQ=255) agaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaaaattagagattcagatgcatgtAAAAAGCCa > 1:4019679‑M1/83‑91 (MQ=255) gaaattgcaacaactgaaatttaatttttactgtcttatttatattcatatttttttaaaattagagattcagatgcatgtAAAAAGCCaa < 2:1659106‑M1/10‑1 (MQ=255) ccGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCaa < 1:2244105/91‑1 (MQ=255) cGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAAc > 1:1346669/1‑91 (MQ=255) gTCATGCTTACCGCAGACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTATAATAAACAAAAAAGCCAAcc < 2:1702600/91‑1 (MQ=255) tCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAAccc > 2:1899937/1‑91 (MQ=255) tGCTTACCGCATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATg > 2:3079115/1‑91 (MQ=255) 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cATACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGa < 1:5787991/91‑1 (MQ=255) aTACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGAt > 1:5563616/1‑91 (MQ=255) aTACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGAt < 2:3437634/91‑1 (MQ=255) tACTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGAtt < 1:114405/91‑1 (MQ=255) aCTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTg < 2:3765036/91‑1 (MQ=255) cTAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTgg < 2:1331098/91‑1 (MQ=255) tAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGc < 1:3160214/91‑1 (MQ=255) tAATGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGc < 1:1579779/91‑1 (MQ=255) aaTGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCt > 1:3476412/1‑91 (MQ=255) aTGAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCtt > 1:1281095/1‑91 (MQ=255) gAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCtttt > 2:787499/1‑91 (MQ=255) gAAGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCtttt > 1:4757434/1‑91 (MQ=255) aGCATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCCAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTa < 2:3944414/91‑1 (MQ=255) cATTATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACa > 1:463493/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 1:4168682/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 2:4958011/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt < 1:3029358/91‑1 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 2:4931157/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 2:3899065/1‑91 (MQ=255) attattATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACAt > 1:912817/1‑91 (MQ=255) ttattaTATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATg < 1:5467637/91‑1 (MQ=255) ttattaTATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATg < 1:1880697/91‑1 (MQ=255) tattatATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGc > 2:2642924/1‑91 (MQ=255) attatATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCa > 1:3936934/1‑91 (MQ=255) tataTCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATc > 2:2754143/1‑91 (MQ=255) atatCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCt > 2:3281898/1‑91 (MQ=255) tatCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTg < 1:2642924/91‑1 (MQ=255) tatCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTg < 1:4273914/91‑1 (MQ=255) tatCAGAGTTTATAGCCGCTTTAAGATAATAAATTTTGGTAAACAAAAAATCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTg < 1:4885524/91‑1 (MQ=255) atCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGa > 1:5091007/1‑91 (MQ=255) tCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGaa > 2:14083/1‑91 (MQ=255) gtTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATctct < 1:3134512/91‑1 (MQ=255) 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ataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCTAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAata < 1:5541463/91‑1 (MQ=255) ataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAata < 2:3786040/91‑1 (MQ=255) ataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAata < 2:5316716/91‑1 (MQ=255) ataaATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAata > 1:1632079/1‑91 (MQ=255) ataaATTTTGCGAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAata < 1:847742/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAAtata > 1:4818443/1‑91 (MQ=255) ttttGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAATataaat > 1:593872/1‑91 (MQ=255) tGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTTTACATGCATCTGAATCTCTAATTTTAAAAAAATATGAATATAAATAAg < 2:675534/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |