| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 133002 = | 303 (1.010) | 16 (0.060) | 10/152 | NT | 5.2% | coding (118/996 nt) | yfiZ_1 | putative siderophore transport system permease protein YfiZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 133036 = | 298 (1.050) | coding (84/996 nt) | yfiZ_1 | putative siderophore transport system permease protein YfiZ | |||||
ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/133095‑133002‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgtATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > USA300TCH1516_ALE/133036‑133125 ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGG > 2:1640704/1‑91ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACAGTGATACAGG < 2:4879943/91‑1ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTAACTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGG > 1:4491995/1‑91 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATTCGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:5711067/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 2:3108181/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 2:4260060/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 2:4875394/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:3399127/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:2218454/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 2:5532197/91‑1 CGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCG < 1:3476711/91‑1 CGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCG < 1:2590693/91‑1 CGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCG > 2:1277197/1‑91 TATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCATCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCATTCATT > 2:2782905/1‑91 AGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAG > 1:2177530/1‑91 ATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAA > 2:568278/1‑91 ATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAA > 1:63538/1‑91 TGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAG > 2:4599280/1‑91 GCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGTCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGA > 2:5608513/1‑91 CTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGAT > 2:4777380/1‑91 TGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTT > 1:673733/1‑91 TGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTT > 1:4710586/1‑91 TCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTA > 2:2856584/1‑91 CACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTAT > 1:5514726/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 2:478191/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 2:23236/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 2:2714329/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 1:4280523/1‑91 ACCAGGTACGGTGACACAAGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 2:1863729/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:5703213/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT < 2:4027816/91‑1 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:3710136/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT < 2:4253488/91‑1 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT < 1:1398383/91‑1 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:3709992/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:2205445/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:101700/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT < 1:4116026/91‑1 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 1:2992202/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT < 1:1560615/91‑1 CGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTA > 2:4032606/1‑91 CGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTA < 2:2650319/91‑1 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA > 2:2860421/1‑91 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA < 1:2673959/91‑1 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA > 1:1726840/1‑91 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > 2:3425981/1‑91 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA < 2:3271828/91‑1 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA < 2:1123253/91‑1 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > 1:5666634/1‑91 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCACCGTAAA > 2:5358563/1‑91 ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/133095‑133002‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgtATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > USA300TCH1516_ALE/133036‑133125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |