| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 234750 | 270 (0.900) | 16 (0.060) | 14/140 | NT | 6.0% | intergenic (+48/+217) | USA300HOU_RS01045/gsiA | hypothetical protein/Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 234763 | 262 (1.000) | intergenic (+61/+204) | USA300HOU_RS01045/gsiA | hypothetical protein/Glutathione import ATP‑binding protein GsiA | |||||
TGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/234651‑234750‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcccccgcCACTATGTGAAGTGCGGGGGATTATTTATATTTTATTAGAATATTCAGATTTTTGAGTGTGTCAACTTAGCTTAGTCAATGTATATTTAA < USA300TCH1516_ALE/234763‑234674 TGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATA > 1:5081015/1‑91TGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATA > 1:1001265/1‑91 GAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAA > 2:4995096/1‑91 GAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAA > 1:4863584/1‑91 GAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAA > 1:5307723/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |