| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 234750 | 270 (0.900) | 16 (0.060) | 14/140 | NT | 6.0% | intergenic (+48/+217) | USA300HOU_RS01045/gsiA | hypothetical protein/Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 234763 | 262 (1.000) | intergenic (+61/+204) | USA300HOU_RS01045/gsiA | hypothetical protein/Glutathione import ATP‑binding protein GsiA | |||||
Only 100 of 413 total aligned reads displayed.
AAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTT > USA300TCH1516_ALE/234660‑234840 | aaGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCAAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGC < 2:2828602‑M1/91‑1 (MQ=255) agagTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCa > 1:5676755/1‑91 (MQ=255) gagTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCAc > 2:800300/1‑91 (MQ=255) gagTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCAc > 2:4976136/1‑91 (MQ=255) tAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTc < 1:976499/91‑1 (MQ=255) aGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTcac < 1:2180894/91‑1 (MQ=255) gTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCcactatgt < 1:2968558‑M1/91‑9 (MQ=255) gTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTcaca < 1:5493373/91‑1 (MQ=255) tGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACAt < 1:5216944/91‑1 (MQ=255) tGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACAt < 1:1862512/91‑1 (MQ=255) gACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATa > 1:3905753/1‑91 (MQ=255) aCGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAg < 2:5114476/91‑1 (MQ=255) cGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCcactatgtgaag < 2:2138072‑M1/91‑13 (MQ=255) cGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGt < 1:3274146/91‑1 (MQ=255) gTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTg < 1:1409106/91‑1 (MQ=255) gTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTg < 1:531162/91‑1 (MQ=255) ttAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCcactatgtgaagtg < 1:3037062‑M1/91‑15 (MQ=255) ttAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGg > 1:2891581‑M2/1‑90 (MQ=255) tAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCcactatgtgaagtgc < 2:3570473‑M1/91‑16 (MQ=255) aaaTATACATTGACTAAGCTAAGTTGTCACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGgcg < 2:4773011‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaTATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGgcg < 2:727071‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGgcgg < 1:1255727‑M2/91‑5 (MQ=255) atatACATTGAGTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTCATAAAATATCAATAATCCACCGCACTTCAGATAGTGgcggg < 2:5835332‑M2/91‑6 (MQ=255) ataCATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTAAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGgcggggg > 1:3966924‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGgcgggggatt > 2:3389647‑M2/1‑81 (MQ=255) aTTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAttt > 2:704968/1‑91 (MQ=255) ttGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTa > 2:3842965/1‑91 (MQ=255) tGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCcactatgtgaagtgcgggggattatt < 1:3715234‑M1/91‑27 (MQ=255) tGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTAt < 2:4690884/91‑1 (MQ=255) ctaagctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCt < 2:2610247/91‑1 (MQ=255) aagctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTgg < 1:2777131/91‑1 (MQ=255) agctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGc > 2:3806778/1‑91 (MQ=255) agctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGc < 1:4207912/91‑1 (MQ=255) gctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCg > 1:3411509/1‑91 (MQ=255) gctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCg > 1:1521822/1‑91 (MQ=255) gctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCg < 1:615693/91‑1 (MQ=255) gctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCg > 1:5013523/1‑91 (MQ=255) ctaagTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGt < 1:1364576/91‑1 (MQ=255) 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cacacTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGcc > 1:5409135/1‑91 (MQ=255) cacTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCa < 1:4288370/91‑1 (MQ=255) acTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCaa > 2:4359508/1‑91 (MQ=255) cTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCaaa > 2:3005934/1‑91 (MQ=255) cTCAAAAATCTGAATATTCTAAAAAAAGATAAATAATCCCCCGCcactatgtgaagtgcggtggattatttatattttattagaatattca < 2:1207374‑M1/91‑48 (MQ=255) tCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTTGCGTTTAAATGCCCAAAg > 2:2442418/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAg < 1:3112020/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTa > 2:4192162/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |