| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 263532 | 265 (0.890) | 18 (0.070) | 12/140 | NT | 7.1% | intergenic (+31/‑305) | pflA/ugpQ_2 | Pyruvate formate‑lyase‑activating enzyme/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 263550 | 242 (0.930) | intergenic (+49/‑287) | pflA/ugpQ_2 | Pyruvate formate‑lyase‑activating enzyme/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic | |||||
GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/263433‑263532‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcatatgcCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < USA300TCH1516_ALE/263550‑263461 GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCATAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA > 1:4564329/1‑91GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA > 1:4194673/1‑91GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA < 2:3165986/91‑1GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA > 1:2424104/1‑91GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAA < 1:279044/91‑1 ATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAA > 2:1205854/1‑91 ATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAA > 2:5210457/1‑91 TGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAG < 2:1611100/91‑1 TGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAG < 2:5455802/91‑1 GATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGC < 1:4535971/91‑1 ATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTTAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCA < 2:3479670/91‑1 TGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCAT > 1:3851262/1‑91 TGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCAT < 1:4504553/91‑1 GAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATA < 1:507892/91‑1 GAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATA > 2:1103359/1‑91 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT < 2:4016414/91‑1 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT < 2:1859668/91‑1 AAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATAT > 1:1608034/1‑91 GCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC > 1:377939/1‑91 GCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC > 1:2004435/1‑91 GCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC > 2:483106/1‑91 CAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCT < 1:1946474/91‑1 TACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAGATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCTTATGCCCCTTCACTCTTGAA < 2:4333336/91‑1 ACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 1:3835762/91‑1 CCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 1:4094128/91‑1 CCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 2:3809629/91‑1 CCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGT < 1:373712/91‑1 CGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTT < 2:4399948/91‑1 CGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTT < 2:5053791/91‑1 TTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGC < 1:3833615/91‑1 TAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGC < 1:3667421/91‑1 TAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCT < 2:3653992/91‑1 TAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCT < 1:3525769/91‑1 AACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAG‑AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTT < 2:658893/91‑1 ACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGACAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTT < 2:1185831/91‑1 CTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTT < 1:2202034/91‑1 TTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAAGAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTC < 1:1677749/91‑1 TTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTAT < 1:1441010/91‑1 GAAAAGAAAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCT < 1:2511260/91‑1 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT > 2:667611/1‑91 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT < 2:148060/91‑1 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT > 2:2523564/1‑91 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT < 2:3596669/91‑1 AAGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGT > 2:667464/1‑91 AGCATATGCCCGTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT > 2:5815589/1‑91 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 2:2257660/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 2:5168663/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 2:831114/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 1:247754/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT < 1:3180363/91‑1 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT > 2:1011390/1‑91 AGCATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTATCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTT > 1:5806319/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 1:4404579/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 2:4483150/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA < 2:4080556/91‑1 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 1:640633/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 2:3046259/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 1:818295/1‑91 CATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTGGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAA > 1:5669659/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:1456686/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 2:1738434/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:4373101/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 2:1692998/1‑91 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC < 2:105453/91‑1 ATATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGCATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAAC > 1:4844977/1‑91 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA > 2:1049958/1‑91 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA < 1:2561035/91‑1 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA > 1:3211886/1‑91 TATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACA > 2:1902145/1‑91 ATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACAT < 1:5225917/91‑1 ATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACAT < 2:2994752/91‑1 ATGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGATTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACAT < 1:5171386/91‑1 TGCCCCTTCACTCTTGAATTTGCATACGCATTATTTTCGGCCTAAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATt > 2:2262156/1‑90 TGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATA > 1:99918/1‑91 TGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGATAACATA > 1:3187017/1‑91 TGCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCATTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATA > 2:1897858/1‑91 GCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAA > 2:116157/1‑91 GCCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAA > 2:578147/1‑91 CCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC > 2:2106993/1‑91 CCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < 2:1965803/91‑1 CCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC > 2:2696213/1‑91 CCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTACGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC > 2:3488665/1‑91 GATGATGAAGCTGTTAAAGCAGCCTACCGTTATGTTAACTTCAAAGGGAAAATTCCCGTTGAATTATAAATACAATTCAGACCGAAAAGAAAGCATATGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/263433‑263532‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcatatgcCCCTTCACTCTTGAAGTTGCATATGCTTTCTTTTCGGTCTGAATTGTATTTATAATTCAACGGGAATTTTCCCTTTGAAGTTAACATAAC < USA300TCH1516_ALE/263550‑263461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |