| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 384771 | 307 (1.030) | 15 (0.060) | 8/144 | NT | 5.2% | coding (1840/1956 nt) | licR | putative licABCH operon regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 384781 | 274 (1.020) | coding (1830/1956 nt) | licR | putative licABCH operon regulator | |||||
GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/384674‑384771‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccaatgcACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTAA < USA300TCH1516_ALE/384781‑384692 GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC < 1:1038030/91‑1GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC > 1:917416/1‑91GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC > 1:5612826/1‑91GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC > 2:890726/1‑91GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC < 2:305700/91‑1GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC < 2:383025/91‑1GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTC > 2:389889/1‑91GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATACGCTTAACTGTC < 2:1608307/91‑1 TTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCC > 1:1159944/1‑91 TTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCCTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCC < 2:2460006/91‑1 TTAAAGCAACGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCC < 2:5555366/91‑1 TAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAGTCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCC < 2:5675381/91‑1 TAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCC < 1:3945894/91‑1 TAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCC < 1:2945852/91‑1 AAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCA < 1:3565727/91‑1 AAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCA > 2:845801/1‑91 AAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAA < 1:3271636/91‑1 AAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAA > 1:4194848/1‑91 AAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAA > 1:2915485/1‑91 AAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAA > 1:12767/1‑91 AAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAA > 2:3657282/1‑91 AGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAAT > 2:3928785/1‑91 AGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAAT < 1:3835867/91‑1 AGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAAT < 2:2391572/91‑1 AGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAAT > 2:3812412/1‑91 GCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAAcg > 1:4120004/1‑89 GCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATG < 1:1593870/91‑1 GCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATG < 2:1065362/91‑1 GCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATG < 1:1593817/91‑1 GCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATG < 1:4398015/91‑1 TGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAA < 1:1906662/91‑1 TGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAA < 2:2198956/91‑1 TGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAA < 1:2577951/91‑1 TGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAA < 2:680243/91‑1 GTTTAATTTTAAAAGTATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCACTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA < 1:5365842/91‑1 GTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA < 2:2802441/91‑1 GTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA < 1:2742150/91‑1 TTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA‑G < 1:1156264/91‑1 TTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA‑G < 1:5044731/91‑1 TTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA‑G < 1:4365166/91‑1 TAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA‑G‑GC < 1:1883838/91‑1 TTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAGA‑G‑GCATT < 1:5630208/91‑1 AAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGA < 1:5470589/91‑1 CGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGC‑C‑TTTAAATGTGCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACA > 1:5225949/1‑91 TTAACTGTCCCAATGC‑C‑TTTAAATGTGCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAA > 1:2283752/1‑91 CCCAATGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTA < 1:3352666/91‑1 AATGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAA > 1:2383026/1‑91 AATGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAA > 2:3681570/1‑91 ATGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAAT > 2:2555782/1‑91 ATGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAAT > 1:4962747/1‑91 TGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATT < 1:1311537/91‑1 TGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATT > 1:1532947/1‑91 TGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATT > 2:3853293/1‑91 TGCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATT > 1:5501240/1‑91 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTA > 1:5012936/1‑91 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTA > 2:5208671/1‑91 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTA > 2:5208982/1‑91 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTA > 1:525425/1‑91 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTA < 2:1418231/91‑1 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATAGTTTTAAAATTA > 2:5860086/1‑91 GCACATTTAAA‑G‑GCATTGGGAAAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTATTAAAATTA > 2:3117642/1‑91 CACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTAA > 2:1088897/1‑91 GTTAAAGCAATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/384674‑384771‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccaatgcACATTTAAA‑G‑GCATTGGGACAGTTAAGCGAATGCTTAAGCAACGACTTATATCGACAAGATTTCTTAGATGGGAATATTTTTAAAATTAA < USA300TCH1516_ALE/384781‑384692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |