| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 384771 | 307 (1.030) | 15 (0.060) | 8/144 | NT | 5.2% | coding (1840/1956 nt) | licR | putative licABCH operon regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 384781 | 274 (1.020) | coding (1830/1956 nt) | licR | putative licABCH operon regulator | |||||
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
AATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATCCCTTCAGT > USA300TCH1516_ALE/384682‑384861 | aaTGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTGAGAAATCTCGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGcc < 1:1590347/91‑1 (MQ=255)aaTGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGcc < 2:5311734/91‑1 (MQ=255)aaTGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGcc < 1:209786/91‑1 (MQ=255) tgtgTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑tt > 1:889577/1‑91 (MQ=255) tgtgTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑tt < 2:5501914/91‑1 (MQ=255) tgtgTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑tt > 1:572634/1‑91 (MQ=255) gtgtTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑ttt > 1:3056371/1‑91 (MQ=255) tgttgtTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTa > 2:2942917/1‑91 (MQ=255) gttgttTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTaa > 1:662933/1‑91 (MQ=255) ttgttTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTaaa < 1:4577323/91‑1 (MQ=255) gttTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAAtg < 2:1174931/91‑1 (MQ=255) gttTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAAtg < 1:1735629/91‑1 (MQ=255) gttTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAAtg < 1:3875206/91‑1 (MQ=255) ttAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTg > 2:1088897‑M2/1‑90 (MQ=255) tAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCacatttaaaggc < 1:1883838‑M1/91‑13 (MQ=255) tAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTgc > 1:525425‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTgca > 2:3853293‑M2/1‑88 (MQ=255) ttttAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCacatttagaggcatt < 1:5630208‑M1/91‑16 (MQ=255) ttttAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTgcatt > 1:2383026‑M2/1‑86 (MQ=255) ttttAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTgcatt > 2:3681570‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaaaTATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTgggg > 1:297695/1‑91 (MQ=255) aaaaaTATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTgggg > 2:1559163/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGggt < 2:558497/91‑1 (MQ=255) aaaTATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGggtg > 2:709766/1‑91 (MQ=255) tatTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTc > 2:2232900/1‑91 (MQ=255) tatTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTc > 2:2809947/1‑91 (MQ=255) tatTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTc > 1:4739773/1‑91 (MQ=255) atTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTcc < 2:209777/91‑1 (MQ=255) atTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTcc > 1:2531037/1‑91 (MQ=255) ttCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCg < 2:1674634/91‑1 (MQ=255) tCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGt < 2:3056594/91‑1 (MQ=255) cccATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGtt > 2:4946514/1‑91 (MQ=255) ccATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTg < 1:3459140/91‑1 (MQ=255) cATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGc > 1:3598477/1‑91 (MQ=255) cATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGc > 2:4120624/1‑91 (MQ=255) cATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGc > 1:4510848/1‑91 (MQ=255) aTCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCt < 1:199104/91‑1 (MQ=255) aTCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCt > 1:5511917/1‑91 (MQ=255) cTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTaa < 2:5820839/91‑1 (MQ=255) aGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGTGTGGTCCGTTGCTAATGt > 1:5766757/1‑91 (MQ=255) aGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGt < 1:1156438/91‑1 (MQ=255) aGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGt < 1:2303438/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTaa > 2:3506271/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTaa > 1:2036976/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAACGTaa < 2:4078343/91‑1 (MQ=255) taacgatcccgttcaccttgtaattacattagcaacggaccacCCCAATGCCCATTTAAA‑G‑GCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAAtt < 2:1880851‑M1/48‑1 (MQ=255) tCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGt < 1:5436939/86‑1 (MQ=255) tCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTa > 2:3727179/1‑91 (MQ=255) cTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTAc < 1:5293639/91‑1 (MQ=255) cTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTAc < 2:2497278/91‑1 (MQ=255) cTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTAc < 1:4055609/91‑1 (MQ=255) ttGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACa > 1:4138254/1‑91 (MQ=255) tGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACaa > 2:4636076/1‑91 (MQ=255) gTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAg < 2:3217768/91‑1 (MQ=255) gTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAg > 2:2335668/1‑91 (MQ=255) gTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAg > 1:3648225/1‑91 (MQ=255) tCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAgg < 2:335309/91‑1 (MQ=255) cGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTGGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGt < 2:5444203/91‑1 (MQ=255) cGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGt > 1:3246034/1‑91 (MQ=255) gATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTg < 2:5716904/91‑1 (MQ=255) gATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTg < 2:5356487/91‑1 (MQ=255) aGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACggg < 1:1925096/91‑1 (MQ=255) cGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATc > 1:1498865/1‑91 (MQ=255) gTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCg < 2:2690138/91‑1 (MQ=255) gTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCg < 1:2761777/91‑1 (MQ=255) ttGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGt > 2:5110070/1‑91 (MQ=255) ttGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGt < 1:5001053/91‑1 (MQ=255) ttGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGt < 2:790241/91‑1 (MQ=255) cTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAg < 1:3976594/91‑1 (MQ=255) cTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAg > 1:4208915/1‑91 (MQ=255) tAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCt > 1:4780655/1‑91 (MQ=255) aGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCttt < 1:427719/91‑1 (MQ=255) aGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCttt < 1:4402765/91‑1 (MQ=255) ttCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTtacta < 1:959986/91‑1 (MQ=255) tCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTCATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTtactac > 2:646953/1‑91 (MQ=255) cGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTAcc > 1:1268412/1‑91 (MQ=255) cGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTAcc < 2:2852229/91‑1 (MQ=255) cGCTTAACTGTCCCAACGCC‑‑TTTAAATGTCCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTAcc > 1:5388331/1‑91 (MQ=255) gCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCa > 2:4315046/1‑91 (MQ=255) ttAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCaaa > 2:4793748/1‑91 (MQ=255) aaCTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGa < 1:2174983/91‑1 (MQ=255) aaCTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGa > 1:5223588/1‑91 (MQ=255) aaCTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGa < 2:297695/91‑1 (MQ=255) aCTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGAt > 1:1460877/1‑91 (MQ=255) tGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATaa < 1:1016915/91‑1 (MQ=255) tCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTgcattgggacagttaagcgaatgcttaagcaacgacttatatcgacaagatttcttagatgggaatattttt < 1:5470589‑M2/91‑73 (MQ=255) tCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATc > 1:2904598/1‑91 (MQ=255) cccAATGCacatttaaaggcattgggacagttaagcgaatgcttaagcaacgacttatatcgacaagatttcttagatgggaatattttta < 1:3352666‑M1/91‑84 (MQ=255) CCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATcc < 1:2682675‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATcc < 1:167469‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATcc > 2:1332326‑M1/1‑91 (MQ=255) CCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATccc < 1:509715‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATCCCt > 1:1554925‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATCCCt > 1:3710333‑M1/1‑91 (MQ=255) AATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATCCCtt < 2:195537‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGCacatttaaaggcattgggacagttaagcgaatgcttaagcaacgacttatatcgacaagatttcttagatgggaatatttttaaaat > 2:2555782‑M1/1‑4 (MQ=255) gCacatttaaaggcattgggacagttaagcgaatgcttaagcaacgacttatatcgacaagatttcttagatgggaatatttttaaaatta < 2:1418231‑M1/91‑90 (MQ=255) gCacatttaaaggcattgggacagttaagcgaatgcttaagcaacgacttatatcgacaagatttcttagatgggaatatttttaaaatta > 2:5208982‑M1/1‑2 (MQ=255) gCacatttaaaggcattgggaaagttaagcgaatgcttaagcaacgacttatatcgacaagatttcttagatgggaatattattaaaatta > 2:3117642‑M1/1‑2 (MQ=255) CC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATCCCTTCAGt > 2:4244542‑M1/1‑91 (MQ=255) | AATGTGTTGTTTAATTTTAAAAATATTCCCATCTAAGAAATCTTGTCGATATAAGTCGTTGCTTAAGCATTCGCTTAACTGTCCCAATGCC‑‑TTTAAATGTGCATTGGGGTGGTCCGTTGCTAATGTAATTACAAGGTGAACGGGATCGTTAGCTTTACTACCAAAGATAATCCCTTCAGT > USA300TCH1516_ALE/384682‑384861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |