| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 775565 | 227 (0.760) | 12 (0.050) | 10/142 | NT | 5.3% | coding (549/1182 nt) | nagA | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 775573 | 232 (0.880) | coding (557/1182 nt) | nagA | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase | |||||
GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/775467‑775565‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcacctTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < USA300TCH1516_ALE/775573‑775484 GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGT > 1:5185808/1‑91GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATATATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGCGACTGCTAACGGACTAGTAAAGATTATGAGGT > 1:4891191/1‑91 CTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTT < 2:457120/91‑1 TCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTT < 2:4308025/91‑1 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 1:1178301/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 2:4396840/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG < 2:1117112/91‑1 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 1:2216083/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 2:3587158/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 2:249034/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 2:5514315/1‑91 AACATCCGCAGTACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC < 2:4654338/91‑1 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 1:5758793/1‑91 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 1:5278245/1‑91 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 2:4684000/1‑91 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC < 1:3420239/91‑1 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC < 1:5156764/91‑1 ACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCA < 1:2158866/91‑1 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC < 2:4052622/91‑1 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC > 2:4125281/1‑91 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC < 1:4361961/91‑1 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC < 2:5014448/91‑1 TCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT < 1:4555379/91‑1 TCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT > 2:5089690/1‑91 TCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT < 1:2172027/91‑1 CCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTa > 2:3548008/1‑90 CGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTC > 2:2873323/1‑91 AATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAAC > 1:4412025/1‑91 TACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT < 1:1917891/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 1:5433629/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 1:5433988/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 1:3617256/91‑1 CGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑A < 1:4767169/91‑1 TGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGT < 1:2873323/91‑1 TACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGC < 1:3214118/91‑1 CATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGT < 1:2455373/91‑1 TTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCA < 1:3048408/91‑1 CTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTGAAGTTG‑A‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTG > 2:4412025/1‑91 AGATTATGACGTTTGCACC‑TGAAGTTGA‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATC > 1:1777346/1‑91 ATGACGTTTGCACC‑TGAAGTT‑GAAGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAA > 1:4744220/1‑91 TTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGC > 2:2686507/1‑91 TTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGC > 1:3288997/1‑91 TTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCG < 1:378081/91‑1 TTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCG > 1:53755/1‑91 CACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC > 2:2467720/1‑91 CACCTTCAACTG‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC < 1:37351/91‑1 cCCTGCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCGTAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA < 2:2674/90‑1 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA > 1:833334/1‑91 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA < 2:4379453/91‑1 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA > 1:3758315/1‑91 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA > 1:3304926/1‑91 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA < 2:5066429/91‑1 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA > 1:1907460/1‑91 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA < 2:605388/91‑1 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA < 2:2813416/91‑1 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA > 2:340663/1‑91 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA > 1:216941/1‑91 CTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAAC > 2:726291/1‑91 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < 2:132711/91‑1 GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/775467‑775565‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcacctTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < USA300TCH1516_ALE/775573‑775484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |