| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 903240 = | 278 (0.930) | 15 (0.060) | 9/140 | NT | 6.2% | coding (1888/2373 nt) | USA300HOU_RS04470 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 903267 = | 211 (0.810) | coding (1915/2373 nt) | USA300HOU_RS04470 | hypothetical protein | |||||
TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATTGGCATTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/903339‑903240‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcattaaaGAGAATTTTAAAATCAAAGAAGACTATATAAAAAATCAGCAAGTGCTAGAGTATGTGCTTTATAAAGCAATTAATTTAGATTTTGAAACC > USA300TCH1516_ALE/903267‑903356 TAATTGCTTTGTAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTAGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:5841831/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTGTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATTCC‑ATTAAAATT > 1:5262718/1‑91TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:5299362/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:2751279/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:1563093/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:1660379/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:5648407/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:3925596/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT < 1:433349/91‑1TAATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTCTTTATATAGTCCTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATT > 1:4880736/1‑91 AATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATTG < 1:1702572/91‑1 AATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATTG > 2:1052295/1‑91 ATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATTGG < 1:1035700/91‑1 ATTGCTTTATAAAGCACATACTCTAGCACTTGCTGATTTTTTATATAGTCTTCTTTGATTTTAAAATTCTCTTTAATGCC‑ATTAAAATTGG < 2:2033422/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |