| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 933397 = | 248 (0.830) | 18 (0.070) | 14/130 | NT | 9.2% | intergenic (+14/+45) | USA300HOU_RS04645/yjlD | hypothetical protein/NADH dehydrogenase‑like protein YjlD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 933437 = | 155 (0.640) | intergenic (+54/+5) | USA300HOU_RS04645/yjlD | hypothetical protein/NADH dehydrogenase‑like protein YjlD | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GACTCGCTTCTATTTTAAAATCCGGCGTACTTTGGTTATATAAATATCACAATGGTTAAAATTAAAAAGCAATGTCAGTTCACACTATTACTGACATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/933500‑933397‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actgacattgcttttTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAAATAGAAGCGAGTCGTCCTGTTACAGTGCGGTCCATGATA > USA300TCH1516_ALE/933437‑933526 GACTCGCTTCTATTTTAAAATCCGGCGTACTTTGGTTATATAAATATCACAATGGTTAAAATTAAAAAGCAATGTCAGTTCACACTATTAC > 2:2769721/1‑91 ACTCGCTTCTATTTTAAAATCCGGCGTACTTTGGTTATATAAATATCACAATGGTTAAAATTAAAAAGCAATGTCAGTTCACACTATTACT < 2:1156711/91‑1 CTCGCTTCTATTTTAAAATCCGGCGTACTTTGGTTATATAAATATCACAATGGTTAAAATTAAAAAGCAATGTCAGTTCACACTATTACTG > 1:53826/1‑91 CTCGCTTCTATTTTAAAATCCGGCGTACTTTGGTTATATAAATATCACAATGGTTAAAATTAAAAAGCAATGTCAGTTCACACTATTACTG < 2:1700178/91‑1 CTCGCTTCTATTTTAAAATCCGGCGTACTTTGGTTATATAAATATCACAATGGTTAAAATTAAAAAGCAATGTCAGTTCACACTATTACTG < 1:3158649/91‑1 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |