New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 933397 = | 248 (0.830) | 18 (0.070) | 14/130 | NT | 9.2% | intergenic (+14/+45) | USA300HOU_RS04645/yjlD | hypothetical protein/NADH dehydrogenase‑like protein YjlD |
? | USA300TCH1516_ALE | 933437 = | 155 (0.640) | intergenic (+54/+5) | USA300HOU_RS04645/yjlD | hypothetical protein/NADH dehydrogenase‑like protein YjlD |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
ATGAATATGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/933307‑933487 | tatcatggaccgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaa > 2:334490‑M1/91‑91 (MQ=255) tGAATATGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTaa > 1:2670164/1‑91 (MQ=255) aaTATGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTaaaa < 2:2588320/91‑1 (MQ=255) aaTATGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTaaaa < 1:5411359/91‑1 (MQ=255) atggaccgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAg > 2:855042‑M1/87‑91 (MQ=255) atggaccgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAg < 1:2373295‑M1/5‑1 (MQ=255) atatGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGTATGAATAATATACACATAACTAAAAg < 2:1561655/91‑1 (MQ=255) atatGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAg > 1:1189483/1‑91 (MQ=255) tatGTAGCAGATGGTTATATACAAAGAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGc > 2:4901793/1‑91 (MQ=255) ggaccgcactgtaacaggacgactctcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCa > 2:4265281‑M1/85‑91 (MQ=255) ggaccgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCa > 1:1416061‑M1/85‑91 (MQ=255) ggaccgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCa > 1:3108037‑M1/85‑91 (MQ=255) tGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCaa < 1:5094384/91‑1 (MQ=255) tGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCaa > 1:4808603/1‑91 (MQ=255) gTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAAt > 2:2312060/1‑91 (MQ=255) accgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAAt > 2:4210825‑M1/83‑91 (MQ=255) tAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATg > 1:3226980/1‑91 (MQ=255) ccgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAATg > 1:1740993‑M1/82‑91 (MQ=255) cgcactgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatccccatggttaaaattaAAAAGCAATGt < 1:3129303‑M1/11‑1 (MQ=255) gCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTc < 1:970141/91‑1 (MQ=255) gCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTc < 1:1624572/91‑1 (MQ=255) actgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAATGTCAg > 2:4722246‑M1/78‑91 (MQ=255) aGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAg < 2:2123002/91‑1 (MQ=255) aGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAg > 2:2474804/1‑91 (MQ=255) gATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGt < 2:3518830/91‑1 (MQ=255) ctgtaacaggacgactcgcttctattttaaaatccgacgtactttggttatataaatatcacaataataaaaaaaaAAAAGCAATGTCAGt > 2:586630‑M1/77‑91 (MQ=255) tGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTaa > 2:4156176/1‑91 (MQ=255) tGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTaa < 2:795564/91‑1 (MQ=255) tGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTCATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTaa < 1:5355026/91‑1 (MQ=255) gTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATa > 2:3786139/1‑91 (MQ=255) gTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATa > 1:3512294/1‑91 (MQ=255) tatataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAgt > 2:384247/1‑91 (MQ=255) tatataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAgt > 2:4095741/1‑91 (MQ=255) atataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAgtg > 2:633253/1‑91 (MQ=255) atataCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAgtg > 2:3101967/1‑91 (MQ=255) gacgactcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAATGTCAGTAATAGtgtg > 2:3245875‑M1/68‑91 (MQ=255) taCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGa > 1:3706140/1‑91 (MQ=255) taCAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGa < 2:5090964/91‑1 (MQ=255) cgactcgcttctatcttacaatccggcgtactttggttatatagatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGaa > 2:2402717‑M1/66‑91 (MQ=255) acaaacaaAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGaa < 1:2192596/91‑1 (MQ=255) ctcgcttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTg > 1:3910698‑M1/63‑91 (MQ=255) aacaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTg > 2:2065393/1‑91 (MQ=255) aacaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTg > 2:5443863/1‑91 (MQ=255) acaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGa < 2:1035220/91‑1 (MQ=255) acaaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGa < 1:3752394/91‑1 (MQ=255) caaaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGAc < 1:3867652/91‑1 (MQ=255) aaGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACAt < 1:5467555/91‑1 (MQ=255) ttctattttaaaatccggcgtactttggttatataaatatcacaatggttaaaattaAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACAtt > 1:4131074‑M1/58‑91 (MQ=255) gCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTg > 2:3584721/1‑91 (MQ=255) aaaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATCGTGTGAACTGATATTGCt > 1:4890030/1‑91 (MQ=255) aaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCtt > 2:3698219/1‑91 (MQ=255) aaTCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCtt < 2:5661806/91‑1 (MQ=255) tCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCtttt < 1:4625600/91‑1 (MQ=255) tCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCtttt < 2:3994329/91‑1 (MQ=255) cACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCttttt > 1:5668046/1‑91 (MQ=255) cACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCttttt < 1:33919/91‑1 (MQ=255) cTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaa > 1:5530078/1‑91 (MQ=255) tCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaat > 2:5310112/1‑91 (MQ=255) cGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaatt < 1:5310112/91‑1 (MQ=255) gATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaattt > 1:4159300/1‑91 (MQ=255) tttATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaatttta > 1:1543407/1‑91 (MQ=255) tttATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTttttaatttta < 2:2848873/91‑1 (MQ=255) 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ccAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATtgt < 2:2229829/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTTGTGACTGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGa < 2:3743323/91‑1 (MQ=255) aaaGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGat < 1:5500347/91‑1 (MQ=255) aaGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGata < 1:2524992/91‑1 (MQ=255) aaGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGata > 1:2044902/1‑91 (MQ=255) aGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGatat < 2:4597018/91‑1 (MQ=255) cTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATAttt > 2:302780/1‑91 (MQ=255) cTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATAttt < 2:5598401/91‑1 (MQ=255) 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aTAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGAt < 2:4684078/91‑1 (MQ=255) tAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGAtt < 2:1316399/91‑1 (MQ=255) tAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGAtt < 1:212247/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGAtttt > 2:5366844/1‑91 (MQ=255) tAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTaa < 1:63632/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTaa < 2:1908734/91‑1 (MQ=255) | ATGAATATGTAGCAGATGGTTATATACAAACAAAGCAAATCACTCGATTTATAGACCAAAAGCTTGTGAATGAATAATATACACATAACTAAAAGCAATGTCAGTAATAGTGTGAACTGACATTGCTTTTTAATTTTAACCATTGTGATATTTATATAACCAAAGTACGCCGGATTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/933307‑933487 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |