| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1457708 = | 159 (0.530) | 8 (0.030) | 7/138 | NT | 5.0% | intergenic (+93/+38) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1457734 = | 165 (0.640) | intergenic (+119/+12) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG | |||||
ATTGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGGGTGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1457808‑1457708‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgggtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGCAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1457734‑1457823 ATTGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTGAGAAATAAATTAATAAATTAAATCGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑A > 2:5422943/1‑91 TTGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑AC > 1:3522594/1‑91 TTGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑AC < 1:15993/91‑1 TTGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑AC > 2:850466/1‑91 TTGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑AC > 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2:1051450/1‑91 TGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACG > 1:3068414/1‑91 TGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACG > 2:1445612/1‑91 TGGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACG < 2:2214350/91‑1 GGTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGG < 1:3191810/91‑1 GTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGGG < 1:3150526/91‑1 GTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGGG < 1:3150617/91‑1 GTGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGGG < 1:3689780/91‑1 TGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGGGT < 1:978523/91‑1 TGGATTATTTTGCATTATTTTATCAACGTTATTACTTAGAAATAAATTAATAAATTAAATAGTAAAATCAAAACCACCCGTGTGA‑ACGGGT < 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USA300TCH1516_ALE/1457808‑1457708‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgggtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGCAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1457734‑1457823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |