| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1457708 = | 159 (0.530) | 8 (0.030) | 7/138 | NT | 5.0% | intergenic (+93/+38) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1457734 = | 165 (0.640) | intergenic (+119/+12) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGCAATAATA > USA300TCH1516_ALE/1457650‑1457824 | cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGAtttt > 2:5347440/1‑91 (MQ=31)cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGAtttt > 1:1403845/1‑91 (MQ=31)cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGA‑TCACACGGGTGGTGTTGAtttt > 2:4180546/1‑91 (MQ=9) tGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTa < 1:716518/91‑1 (MQ=32) gACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTAc > 2:3677246/1‑91 (MQ=33) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:4508815/1‑91 (MQ=35) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:1574482/1‑91 (MQ=35) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCTGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 2:5650399/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:1038520/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat > 1:4286367/1‑91 (MQ=37) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:4885798/1‑91 (MQ=40) cAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaa > 2:4063151/1‑91 (MQ=255) cAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaa < 2:2983465/91‑1 (MQ=255) gTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaatt < 1:1634694/91‑1 (MQ=255) cccTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttat > 2:5032555/1‑91 (MQ=255) acgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaaaaccacccgttcacacgggtggtttTGATTTTACTatttaattta < 1:237363‑M2/20‑1 (MQ=255) ttttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaa > 1:1936654/1‑91 (MQ=255) ttttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaa > 1:2622760/1‑91 (MQ=255) tttgAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGTCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaa < 2:1840493/91‑1 (MQ=255) tttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaat > 1:2714633/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt < 1:3598061/91‑1 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt < 2:5212410/91‑1 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt > 2:1682278/1‑91 (MQ=255) gggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTtaatttattaatttat > 1:63906/1‑91 (MQ=255) ggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTaatttattaatttatt > 1:5071780/1‑91 (MQ=255) ggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTaatttattaatttatt > 2:4274092/1‑91 (MQ=255) ggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTaatttattaatttatt > 1:2004475/1‑91 (MQ=255) gCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAatttattt < 2:3081261/91‑1 (MQ=255) tGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCt < 1:286517/91‑1 (MQ=255) ccAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAg < 1:146338/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 1:3845772/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt > 1:2020579/1‑91 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 2:1444793/1‑91 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 2:3653431/1‑91 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 1:4093405/1‑91 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 2:2710392/1‑91 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat < 1:5452896/91‑1 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat < 2:4935144/91‑1 (MQ=255) aaggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaata > 1:4468881/1‑91 (MQ=255) ggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAAc < 1:2483045/91‑1 (MQ=255) aataaattaaatagtaaaatcaAAACCACCCGT‑GTGAACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAAc < 1:5850140‑M1/69‑1 (MQ=255) aaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGt > 2:2325028/1‑91 (MQ=255) aaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGt > 1:4160032/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 2:2410541/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 2:3217146/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 1:1257695/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg < 2:2471767/91‑1 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 2:5139850/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 2:4982486/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 1:1879182/1‑91 (MQ=255) aattaaatagtaaaatcaAAACCACCCGTGTGA‑ACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg < 1:982938‑M1/73‑1 (MQ=255) gCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGa < 1:1364580/91‑1 (MQ=255) gCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGa < 2:3846536/91‑1 (MQ=255) cTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTCTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGAt < 1:4579432/91‑1 (MQ=255) cTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGA‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTATAAGTAATAAAGTTGAt > 2:3341134/1‑91 (MQ=255) tataGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATaa > 2:810514/1‑91 (MQ=255) taGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATaaaa > 1:5326089/1‑91 (MQ=255) taGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATaaaa < 1:3889711/91‑1 (MQ=255) taGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATaaaa > 1:972639/1‑91 (MQ=255) aGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaat < 1:2202042/91‑1 (MQ=255) aGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaat > 1:750682/1‑91 (MQ=255) aGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaat > 1:4832803/1‑91 (MQ=255) gCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaata > 2:1459405/1‑91 (MQ=255) gtaaaatcaAAACCACCCGTGTGA‑ACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaataa < 1:3423743‑M1/82‑1 (MQ=255) cGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaataat < 2:5566212/91‑1 (MQ=255) gCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATg > 2:710757/1‑91 (MQ=255) cAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 1:2219472/69‑1 (MQ=255) cAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGc < 1:710760/91‑1 (MQ=255) gAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCaa < 1:2948205/91‑1 (MQ=255) atcaaaaccacccgtgtgaacgggcggcttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAACATTGTTGATCAAATCAAGCaa > 2:2032349‑M2/31‑91 (MQ=255) aaCAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCaaa < 1:2172035/91‑1 (MQ=255) AACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaataa > 2:224720‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaataat < 2:4774498‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaataat < 1:4038764‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATc < 2:896543‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATc < 1:3706824‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATc < 1:4544165‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccac < 1:3689780‑M1/91‑1 (MQ=255) cccgtgtgaacgggtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccac > 2:4665461‑M2/21‑91 (MQ=255) CCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccacc < 1:3191810‑M1/91‑1 (MQ=255) CGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccacca < 2:2214350‑M1/91‑1 (MQ=255) CGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccacca > 2:1051450‑M1/1‑91 (MQ=255) GT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa < 1:15993‑M1/91‑1 (MQ=255) GT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa < 1:3494463‑M1/91‑1 (MQ=255) tCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaata > 1:3440145/1‑91 (MQ=255) tCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaata > 1:3079104/1‑91 (MQ=255) cacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATg > 2:729613/1‑91 (MQ=255) cacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATCTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATTCACCAATAATg < 2:5828462/91‑1 (MQ=255) acgggtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGc > 1:822731‑M2/12‑91 (MQ=255) gtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCcgga > 2:4193440‑M2/8‑90 (MQ=255) gtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGc < 1:1778036‑M2/84‑1 (MQ=255) gtggtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGc < 2:2193224‑M2/84‑1 (MQ=255) gtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGCaat > 1:5005078‑M2/5‑91 (MQ=255) gtttTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATGCCGGCaat > 2:1746656‑M2/5‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |