| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1457708 = | 159 (0.530) | 8 (0.030) | 7/138 | NT | 5.0% | intergenic (+93/+38) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1457734 = | 165 (0.640) | intergenic (+119/+12) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG | |||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CTTTAGGGTTGCTGGAATAGTAGTGCAGTTGGCTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATA > USA300TCH1516_ALE/1457618‑1457798 | attattgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaa > 1:2026133‑M1/91‑91 (MQ=255) ttattgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaaa < 2:1289203‑M1/2‑1 (MQ=255) ttattgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaaa < 1:2520519‑M1/2‑1 (MQ=255) ttattgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaaa > 1:5784471‑M1/90‑91 (MQ=255) tattgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaaaa < 1:4063151‑M1/3‑1 (MQ=255) attgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaagtaaattaataaattaaatagtaaaatcaAAac < 1:5742185‑M1/4‑1 (MQ=255) attgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAac > 2:1746656‑M1/88‑91 (MQ=255) attgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAac > 1:5005078‑M1/88‑91 (MQ=255) attgccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAac < 1:638421‑M1/4‑1 (MQ=255) tccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAaccac > 2:4193440‑M1/85‑91 (MQ=255) gccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAaccac > 1:3372471‑M1/85‑91 (MQ=255) gccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAaccac > 1:2019101‑M1/85‑91 (MQ=255) ccggcattattggtggattattttgcattattttatcagcgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAaccacc < 1:5620004‑M1/8‑1 (MQ=255) ccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAaccacc < 1:5129370‑M1/8‑1 (MQ=255) ccggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAaccacc < 1:685987‑M1/8‑1 (MQ=255) ggcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAACCACCCg > 1:1608676‑M1/82‑91 (MQ=255) gcattattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAACCACCCGt < 1:3446130‑M1/11‑1 (MQ=255) ttattggtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAACCACCCGT‑Tca > 2:4246185‑M1/78‑91 (MQ=255) gtggattattttgcattattttatcaacgttattacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAACCACCCGT‑TCACACggg > 2:4665461‑M1/72‑91 (MQ=255) ttgcttgatttgatcaacaatgttacttagaaataaattaataaattaaatagtaaaatcaAAGCCGCCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGAt > 2:2032349‑M1/62‑91 (MQ=255) cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGAtttt < 2:5148842/91‑1 (MQ=31) cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGAtttt < 1:3881903/91‑1 (MQ=31) cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGA‑TCACACGGGTGGTGTTGAtttt > 2:4180546/1‑91 (MQ=9) tGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTa < 1:716518/91‑1 (MQ=32) gACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTAc > 2:3677246/1‑91 (MQ=33) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCTGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 2:5650399/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:1038520/91‑1 (MQ=37) gTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattt < 1:2279575/91‑1 (MQ=39) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 2:2731014/1‑91 (MQ=40) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:4275314/1‑91 (MQ=40) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:4885798/1‑91 (MQ=40) cAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaa < 2:2983465/91‑1 (MQ=255) cAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaa > 2:4063151/1‑91 (MQ=255) cAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGATTATAGCCGCAGACCATACTATCCGT‑TAACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttca > 2:2283315/1‑89 (MQ=14) aGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGCAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaat > 2:5612525/1‑91 (MQ=255) gTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaatt < 1:1634694/91‑1 (MQ=255) gTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaatt < 2:4013411/91‑1 (MQ=255) tGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaattt > 2:4958115/1‑91 (MQ=255) tGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaattt > 2:3069223/1‑91 (MQ=255) tGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaattt < 1:3666728/91‑1 (MQ=255) gCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaattta < 1:2409945/91‑1 (MQ=255) cccTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttat > 2:5032555/1‑91 (MQ=255) ccTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttatt > 1:3914449/1‑91 (MQ=255) ttttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaa > 1:1390539/1‑91 (MQ=255) ttttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaa > 1:1936654/1‑91 (MQ=255) tttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaat > 1:2714633/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt > 2:1125143/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt > 2:1682278/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt < 2:5212410/91‑1 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt > 2:5345497/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt > 1:4153705/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt < 1:3598061/91‑1 (MQ=255) aGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaattta > 1:817585/1‑91 (MQ=255) aGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaattta > 1:840267/1‑91 (MQ=255) aGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaattta > 2:76823/1‑91 (MQ=255) gggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTtaatttattaatttat < 2:1825754/91‑1 (MQ=255) ggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTaatttattaatttatt > 1:5071780/1‑91 (MQ=255) cTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTc > 1:5338207/1‑91 (MQ=255) tGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCt < 1:286517/91‑1 (MQ=255) ccAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAg < 1:146338/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:833907/91‑1 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 1:4551671/1‑91 (MQ=255) 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aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 1:1257695/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 2:3217146/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 2:2410541/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTATGTAATAACGTTg > 2:3757876/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg < 2:2471767/91‑1 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg < 2:5136501/91‑1 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 2:4982486/1‑91 (MQ=255) aattaaatagtaaaatcaAAACCACCCGTGTGA‑ACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg < 1:982938‑M1/73‑1 (MQ=255) 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gCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaata > 2:1459405/1‑91 (MQ=255) ccGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaataa > 2:660386/1‑91 (MQ=255) cGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAaataat > 1:1915876/1‑91 (MQ=255) gCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATg > 2:710757/1‑91 (MQ=255) cAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt > 2:2219472/1‑69 (MQ=255) cAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 1:2219472/69‑1 (MQ=255) cAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGc > 2:1428719/1‑91 (MQ=255) cAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGc < 1:710760/91‑1 (MQ=255) gAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCaa < 1:2948205/91‑1 (MQ=255) aaCAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCaaa < 2:4414738/91‑1 (MQ=255) aaCAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCaaa < 1:2172035/91‑1 (MQ=255) aCAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCaaaa < 1:374800/91‑1 (MQ=255) cAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaat > 2:2630123/1‑91 (MQ=255) AAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaata < 2:456654‑M1/91‑1 (MQ=255) | CTTTAGGGTTGCTGGAATAGTAGTGCAGTTGGCTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGT‑TCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATA > USA300TCH1516_ALE/1457618‑1457798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |