| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1955663 | 201 (0.780) | intergenic (‑717/+405) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1955557‑1955657‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaatagagccTGAAAGGGCTCTATTTGTCTTTTTAAATATATTAAGTGCTAAAAAACGGAAACAGTTTATTAATCGCCAGGTATTTTTATAATTAGCCTT < USA300TCH1516_ALE/1955663‑1955574 CTCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGAC > 2:1862635/1‑91CTCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGAC > 2:2123343/1‑91 TCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACA < 1:1538505/91‑1 TCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACA > 1:2019214/1‑91 TCAACTGATAATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACA > 1:2757310/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |