| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1955657 | 194 (0.650) | 20 (0.080) | 10/138 | NT | 9.8% | intergenic (‑711/+411) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1955663 | 201 (0.780) | intergenic (‑717/+405) | gdmA/lukDv_2 | Lantibiotic gallidermin/Leucotoxin LukDv | |||||
Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
AATATAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTAAAACTACCCGTCTTTTCACAACCAAAGCTACAAAAAAGATGGCTAG > USA300TCH1516_ALE/1955567‑1955747 | aataTAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC > 1:654782‑M1/1‑91 (MQ=255)aataTAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCC > 1:2357598‑M1/1‑91 (MQ=255) atatAGAAGTCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCt < 2:5565005‑M1/91‑2 (MQ=255) atatAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGccc < 1:2775397/91‑1 (MQ=255) atatAGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGccc < 2:2790625/91‑1 (MQ=255) tataGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCt < 2:5605637/91‑1 (MQ=255) tataGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACAGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCt > 2:3957327/1‑91 (MQ=255) aGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCtgaaa < 2:1567933‑M1/91‑6 (MQ=255) aGAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTc > 1:3797765/1‑91 (MQ=255) gAAGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCtgaaag < 2:5078989‑M1/91‑7 (MQ=255) aaGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCtgaaagg < 1:1876035‑M1/91‑8 (MQ=255) aaGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCtgaaagg < 1:1666367‑M1/91‑8 (MQ=255) aaGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAg > 2:4812553‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGGCTAATTATAAAAATACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATATAAAAAGACAAATAGAGCCtgaaagg < 2:5788078‑M1/91‑8 (MQ=255) 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aaaTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTATTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGt > 2:3011150/1‑91 (MQ=255) aaTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTATAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATCTGCTGTa < 1:5627795/91‑1 (MQ=255) aaTACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCtgaaagggctctatttgtcttt < 1:5325938‑M1/91‑23 (MQ=255) tACCTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATc < 1:4636255/91‑1 (MQ=255) ccTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCt > 2:2326555/1‑91 (MQ=255) cTGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCtt < 2:4785248/91‑1 (MQ=255) tGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTa > 1:2010837/1‑91 (MQ=255) tGGCGATTAATAAACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTa > 1:1302623/1‑91 (MQ=255) 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taaACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAg > 2:2858633/1‑91 (MQ=255) taaACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAg > 1:1111250/1‑91 (MQ=255) taaACTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATAAATAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAg < 2:567616/91‑1 (MQ=255) aaaCTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGc > 1:937662/1‑91 (MQ=255) aCTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCctttcaggctctatttgtctttttaaatatattaagtgcta > 1:2431190‑M1/1‑50 (MQ=255) cTGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGt < 1:143338/91‑1 (MQ=255) tGTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGtt < 1:269076/91‑1 (MQ=255) gTTTCCGTTTTTTAGCACTTAATATATTTAAAAAGACAAATAGAGCCCTTTCAGGCTCTATTTGCTGTATCCTTAACAACAGAAGCTGTTa > 1:4079006/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |