| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1960840 = | 279 (0.930) | 12 (0.050) | 13/126 | NT | 5.6% | intergenic (+860/+529) | USA300TCH1516_01817/USA300TCH1516_01818 | hypothetical protein/tRNA‑Ser |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1960879 = | 187 (0.800) | intergenic (+899/+490) | USA300TCH1516_01817/USA300TCH1516_01818 | hypothetical protein/tRNA‑Ser | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1960946‑1960840‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTAT > USA300TCH1516_ALE/1960879‑1960968 CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 1:3385277/91‑1CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 1:3303373/91‑1CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 2:3270530/91‑1CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 1:409668/91‑1CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 2:2311177/91‑1CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 2:4347399/91‑1CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTT < 2:4374439/91‑1 ATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTAC < 2:4214633/91‑1 TTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAATGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACT > 1:3524359/1‑91 TTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACT > 2:5366378/1‑91 TATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTT < 2:4500891/91‑1 TATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTT < 2:2523225/91‑1 ATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTT < 1:2567712/91‑1 ATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTT > 2:142440/1‑91 ATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTT > 1:508481/1‑91 TAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTA < 1:4334936/91‑1 TAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTA < 2:2552021/91‑1 AAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAG > 1:4353818/1‑91 AAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTAGACTAAATTATTACTAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TCGTTTACTTTAG > 2:2585636/1‑91 AAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGC > 2:5121412/1‑91 AAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGC > 2:4972923/1‑91 AAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGC > 2:2889870/1‑91 AAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGC < 2:2776717/91‑1 AAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTATACTTTAGC > 2:5560860/1‑91 AGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCC < 1:1187777/91‑1 GTAAAGCGTAGCATAACTAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCT > 1:5677726/1‑91 GTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCT < 1:5196683/91‑1 GTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCT > 2:4011187/1‑91 GTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCT > 1:1904613/1‑91 GTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCT > 1:1379045/1‑91 TAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTT > 1:35680/1‑91 AGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTAT > 2:3555228/1‑91 AGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTAT < 2:4191415/91‑1 AGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTAT > 2:4344741/1‑91 AGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTAT > 1:4178286/1‑91 AGCATAGCATAATCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTAT < 2:2715334/91‑1 aCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAATGGCTAAAGT‑AAACTA‑ATTACTTTAGCCTTTATT < 2:5113530/90‑1 GCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATT > 2:5162454/1‑91 GCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATT > 2:847395/1‑91 TAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGTAAAC‑TA‑ATTACTTTAGCCTTTATTAAT < 1:1900970/91‑1 AGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAACTA‑ATTACTTTAGCCTTTATTAATA < 1:756150/91‑1 AGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAACTTATTACTCAAGGCTAAACT‑CAT‑TAGTCTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCG > 2:1003681/1‑91 GTTAGTCGATTTTGAATAAATTCAACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAA‑CTAATTACTTTAGCCTATATTAATAATTTAGTCGAATT < 2:1274805/91‑1 TAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGTAAAC‑TA‑ATTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTA < 1:5222095/91‑1 AGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATATTTTAGTCGAATTTAT > 2:5035749/1‑91 TTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGTAAAC‑TA‑ATTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCG < 1:4131713/91‑1 AGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTAC > 2:3496922/1‑91 AAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTAT > 1:4110756/1‑91 AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCC > 1:3983731/1‑91 AT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCG > 1:1397178/1‑91 AT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCG > 1:1961731/1‑91 AT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCG > 2:1987199/1‑91 T‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGC > 2:463792/1‑91 T‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGC > 2:1339425/1‑91 TTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTA > 1:59855/1‑91 TACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAATTCTACTAACTCCTGGTTATGCTGCGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAG < 2:1184077/91‑1 TACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAG < 2:1306912/91‑1 TACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAG > 1:1872004/1‑91 TACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAG > 1:1872203/1‑91 TACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAG > 1:2755949/1‑91 TACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAG > 1:3053167/1‑91 ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGA < 1:4795210/91‑1 CTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGAT > 1:2616444/1‑91 CTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGAT < 2:5004845/91‑1 CTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGAT < 2:4732432/91‑1 CTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGAT > 2:1633487/1‑91 CTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCT > 1:5618604/1‑62 CTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCT < 2:5618604/62‑1 TTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTGACTCCTGGTTATGCTACGCTTTGCTTTATAATCCGCACGTAGATG > 2:5762213/1‑91 TTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATG < 2:3811154/91‑1 TTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATG > 1:2662345/1‑91 TTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTCTTAAAAATCGACTACCTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGC > 2:5640592/1‑91 AGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCG > 1:2881925/1‑91 GCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGA < 1:3122435/91‑1 GCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGA > 2:300759/1‑91 GCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGA > 1:1489242/1‑91 CCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGAT < 2:2824960/91‑1 CCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGAT < 2:2078202/91‑1 CCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGAT > 2:4740829/1‑91 CCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGAT > 1:2577500/1‑91 CCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGAT > 2:58683/1‑91 TTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTG < 1:2588256/91‑1 TTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTG < 1:176858/91‑1 TTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTG > 1:565784/1‑91 TTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTG < 2:767376/91‑1 TTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGTTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGA > 2:5681796/1‑91 TTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGA < 1:237130/91‑1 TTATGAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTTGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGA > 2:263435/1‑91 TATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGAT > 1:911449/1‑91 TATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGAT > 2:2199003/1‑91 TATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGAT > 2:2199333/1‑91 TATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGAT > 2:4578697/1‑91 TATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGAT > 1:5675211/1‑91 TATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGAT > 1:3385429/1‑91 ATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATT < 1:4007590/91‑1 ATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATT > 1:3289853/1‑91 ATTAATAATTTAGTCGAATTCATTAAAAATCGACTATCTCCTGGTTCTGCTCCGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATT < 2:3201415/91‑1 TTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTA > 1:3126494/1‑91 TTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTA > 1:51952/1‑91 TAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTAT > 1:1859691/1‑91 CGGATTATAAAGTAAAGCGTAGCATAACCAGGAGTTAGTCGATTTTTAATAAATTCGACTAAATTATTAATAAAGGCTAAAGT‑AAT‑TAGTTTACTTTAGCCTTTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1960946‑1960840‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTAT > USA300TCH1516_ALE/1960879‑1960968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |