BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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Only 100 of 325 total aligned reads displayed.

ACATAAATTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTATA  >  USA300TCH1516_ALE/1960790‑1960969

acaTAAATTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATtaa                                                                                           <  1:2717655/91‑1 (MQ=255)

  aTAAATTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATtaata                                                                                         >  1:5646341/1‑91 (MQ=255)

    aaaTTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTaataat                                                                                       <  1:2968041/91‑1 (MQ=255)

     aaTTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAAtt                                                                                      <  2:4057505/91‑1 (MQ=255)

      aTTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAAttt                                                                                     <  2:1266427/91‑1 (MQ=255)

       ttAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTCAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTa                                                                                    >  2:1354723/1‑91 (MQ=255)

       ttAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTa                                                                                    >  1:618401/1‑91 (MQ=255)

         aaCAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGt                                                                                  >  2:1446868/1‑91 (MQ=255)

          aCAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTc                                                                                 >  1:4493447/1‑91 (MQ=255)

           cAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCg                                                                                >  1:4251663/1‑91 (MQ=255)

             gtagtCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGaa                                                                              <  1:3594342/91‑1 (MQ=255)

             gtagtCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGaa                                                                              >  1:2824960/1‑91 (MQ=255)

             aggagttagtcgatttttaataaattcgactaacttattactcaaggctaaactcattagtctactttagcctttattAATAATTTAGTCg                                                                                >  2:1003681‑M2/79‑91 (MQ=255)

               agtCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAAtt                                                                            <  2:5156760/91‑1 (MQ=255)

                ataaCCTGTTCGCAGTTATATAAATTACAAATGTAATAAATGCTAATGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAAttt                                                                           <  2:5687643/88‑1 (MQ=255)

                 tCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATtta                                                                          <  1:1446615/91‑1 (MQ=255)

                 tCACCTGTTCGCAGTCCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATtta                                                                          <  2:4524326/91‑1 (MQ=255)

                  cACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAAttt                                                                           <  1:2208604/89‑1 (MQ=255)

                  cACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAAttt                                                                           >  2:2208604/1‑89 (MQ=255)

                   tagtcgatttttaataaattcgactaaattattaataaaggctaaagtaaactaattactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATtta                                                                          <  1:5222095‑M2/19‑1 (MQ=255)

                   aCCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATttatt                                                                        <  2:5093627/91‑1 (MQ=255)

                    ccTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCTATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATttatta                                                                       <  2:5800274/91‑1 (MQ=255)

                    ccTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATttatta                                                                       <  2:1298163/91‑1 (MQ=255)

                    ccTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATttatta                                                                       <  2:3006282/91‑1 (MQ=255)

                    ccTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATttatta                                                                       >  2:739763/1‑91 (MQ=255)

                     cTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTaa                                                                      >  1:264084/1‑91 (MQ=255)

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                          cGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATc                                                                 <  1:3086546/91‑1 (MQ=255)

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                          cGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATc                                                                 <  2:4606240/91‑1 (MQ=255)

                            cAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGa                                                               >  1:1001359/1‑91 (MQ=255)

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                             ttaataaattcgactaaattattaataaaggctaaagtaaactaattactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCg                                                                <  1:4131713‑M2/29‑1 (MQ=255)

                              gTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACt                                                             <  2:4361139/91‑1 (MQ=255)

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                                tCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTaa                                                           <  1:712845/91‑1 (MQ=255)

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                                               attAATAAAGGCTAAAGTAAT‑TA‑GTTTACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTa                                            <  1:1900970‑M1/88‑1 (MQ=255)

                                                gCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGATTATGCTAc                                           >  2:2382049/1‑91 (MQ=255)

                                                   ATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGct                                        <  2:4191415‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                   ATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGATTatgctatgct                                        <  2:2715334‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                       AGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGctttac                                    >  1:1379045‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                        GGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGctttact                                   <  1:3832663‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                         aggctaaagtaattagtttactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGctttac                                    >  2:3496922‑M2/35‑91 (MQ=255)

                                                         GCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGctttactt                                  >  2:2889870‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                                           TAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGctttacttta                                <  2:2552021‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                           TAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGctttacttta                                <  1:4334936‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                            AAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTtat                               >  1:2937729‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                                                  taattagtttactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATc                           >  2:3781132‑M2/26‑91 (MQ=255)

                                                                  AACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCg                         <  1:409668‑M1/91‑1 (MQ=255)

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                                                                   aattagtttactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATcc                          >  1:3983731‑M2/25‑91 (MQ=255)

                                                                    cTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCa                       <  2:1539476/91‑1 (MQ=255)

                                                                    cTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCa                       <  2:1768682/91‑1 (MQ=255)

                                                                    attagtttactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCg                         >  2:1987199‑M2/24‑91 (MQ=255)

                                                                           tactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAATTCTACTAACTCCTGGTTATGCTGCGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAg                  <  2:1184077‑M2/75‑1 (MQ=255)

                                                                           tactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAg                  >  1:1872004‑M2/17‑91 (MQ=255)

                                                                           tactttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAg                  >  2:5349066‑M2/17‑91 (MQ=255)

                                                                            actttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGa                 <  1:4795231‑M2/76‑1 (MQ=255)

                                                                             ctttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCt                                             <  2:5618604‑M2/48‑1 (MQ=255)

                                                                             ctttagcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGAt                <  1:1945102‑M2/77‑1 (MQ=255)

                                                                                 agcctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCg            >  1:2881925‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                   cctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgat          >  1:2577500‑M2/9‑91 (MQ=255)

                                                                                   cctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgat          >  2:4740829‑M2/9‑91 (MQ=255)

                                                                                   cctttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgat          <  2:2824960‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                      ttattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgattga       <  1:237130‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                       tattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgattgat      >  1:5675211‑M2/5‑91 (MQ=255)

                                                                                       tattAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgattgat      >  1:911449‑M2/5‑91 (MQ=255)

                                                                                        attAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgattgatt     >  1:3289853‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                        attAATAATTTAGTCGAATTCATTAAAAATCGACTATCTCCTGGTTCTGCTCCGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCgattgatt     <  2:3201415‑M2/88‑1 (MQ=255)

                                                                                           aataatTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGattata  >  1:4378430/1‑91 (MQ=255)

ACATAAATTAACAGTAGTCACCTGTTCGCAGTTCTATAAATTACAAATGCAATAAAGGCTAAAGTAAACTA‑ATT‑ACTTTAGCCTTTATTAATAATTTAGTCGAATTTATTAAAAATCGACTAACTCCTGGTTATGCTACGCTTTACTTTATAATCCGCACGTAGATGCCGATTGATTATA  >  USA300TCH1516_ALE/1960790‑1960969

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.