| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2088022 = | 203 (0.680) | 14 (0.060) | 7/126 | NT | 7.6% | intergenic (+39/+56) | chp/USA300HOU_RS10560 | Chemotaxis inhibitory protein/Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2088070 = | 179 (0.760) | intergenic (+87/+8) | chp/USA300HOU_RS10560 | Chemotaxis inhibitory protein/Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GACAAGGCAGGTAATAGAATAAGCAGTTTTGGTAAGTTTAGTGCAGTTTGATAATTAGATATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2088128‑2088022‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccaaacctttatataTCTAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCTATTACCTGCCTTGTCTACCTCTCCTGTCGCTATATAACGACGTTGT > USA300TCH1516_ALE/2088070‑2088159 GACAAGGCAGGTAATAGAATAAGCAGTTTTGGTAAGTTTAGTGCAGTTTGATAATTAGATATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCT < 2:2574451/91‑1GACAAGGCAGGTAATAGAATAAGCAGTTTTGGTAAGTTTAGTGCAGTTTGATAATTAGATATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCT < 2:3135165/91‑1 ACAAGGCAGGTAATAGAATAAGCAGTTTTGGTAAGTTTAGTGCAGTTTGATAATTAGATATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTG > 1:109294/1‑91 ACAAGGCAGGTAATAGAATAAGCAGTTTTGGTAAGTTTAGTGCAGTTTGATAATTAGATATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTG > 1:3918796/1‑91 ACAAGGCAGGTAATAGAATAAGCAGTTTTGGTAAGTTTAGTGCAGTTTGATAATTAGATATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTG > 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USA300TCH1516_ALE/2088070‑2088159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |